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- PDB-1tzl: Crystal Structure of Pyranose 2-Oxidase from the White-Rot Fungus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tzl
タイトルCrystal Structure of Pyranose 2-Oxidase from the White-Rot Fungus Peniophora sp.
要素pyranose oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GMC oxidoreductase / glucose-methanol-choline family / large inner cavity
機能・相同性
機能・相同性情報


pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold - #50 / Pyranose 2-oxidase / Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold / : / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyranose 2-oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Peniophora sp. SG (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bannwarth, M. / Bastian, S. / Heckmann-Pohl, D. / Giffhorn, F. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of pyranose 2-oxidase from the white-rot fungus peniophora sp.
著者: Bannwarth, M. / Bastian, S. / Heckmann-Pohl, D. / Giffhorn, F. / Schulz, G.E.
履歴
登録2004年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pyranose oxidase
B: pyranose oxidase
C: pyranose oxidase
D: pyranose oxidase
E: pyranose oxidase
F: pyranose oxidase
G: pyranose oxidase
H: pyranose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)566,54816
ポリマ－560,2638
非ポリマー6,2848
水38,8042154
1
A: pyranose oxidase
B: pyranose oxidase
C: pyranose oxidase
D: pyranose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,2748
ポリマ－280,1324
非ポリマー3,1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22740 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area83240 Å2
手法PISA
2
E: pyranose oxidase
F: pyranose oxidase
G: pyranose oxidase
H: pyranose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,2748
ポリマ－280,1324
非ポリマー3,1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22700 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area83240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.879, 103.596, 169.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly is tetramer of chains (A,B,C and D) or (E,F,G and H)

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要素

#1: タンパク質
pyranose oxidase / Pyranose 2-oxidase


分子量: 70032.930 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Peniophora sp. SG (菌類) / 遺伝子: p2ox / プラスミド: pET24a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8J136, pyranose oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, MES, tributyl phosphine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97934, 0.97950, 0.93926
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月14日
詳細: N2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.97951
30.939261
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 228044 / Num. obs: 228044 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 3.99 / Observed criterion σ(I): 3.99 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.42
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique all: 35967 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.35→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.636 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.99 / σ(I): 3.99 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22575 9088 4 %RANDOM
Rwork0.17398 ---
all0.17604 228316 --
obs0.17604 219141 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å2-1.04 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3---2.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36392 0 424 2154 38970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02137800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.95251464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.80954608
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.25576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0229280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.217238
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.22575
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7641.523072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.436237504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.572314728
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9034.513960
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 633
Rwork0.211 15987

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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