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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4moq | ||||||
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Title | Pyranose 2-oxidase V546C mutant with 2-fluorinated galactose | ||||||
![]() | Pyranose 2-oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / FAD-BINDING / SUBSTRATE COMPLEX / FLAVINYLATION / INTRACELLULAR | ||||||
Function / homology | ![]() pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for Binding of Fluorinated Glucose and Galactose to Trametes multicolor Pyranose 2-Oxidase Variants with Improved Galactose Conversion. Authors: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 466.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 384.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 976.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 995.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 53.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 81.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4moeC ![]() 4mofC ![]() 4mogC ![]() 4mohC ![]() 4moiC ![]() 4mojC ![]() 4mokC ![]() 4molC ![]() 4momC ![]() 4mooC ![]() 4mopC ![]() 4morC ![]() 4mosC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 70558.070 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: V546C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Sugar | #4: Chemical | ChemComp-MES / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THIS IS A CLONING ARTIFACT | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 Details: 0.1 M MES, 50 mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 17, 2013 / Details: Rh coated meridionally focussing mirror |
Radiation | Monochromator: Fixed-exit LN2 cooled double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→47.32 Å / Num. all: 173572 / Num. obs: 173572 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 25.3 % / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.7 Å / Redundancy: 25.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 28468 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.532 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→47.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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