PDB-3lsm: Pyranose 2-oxidase H167A mutant with flavin N(5) sulfite adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lsm

タイトル

Pyranose 2-oxidase H167A mutant with flavin N(5) sulfite adduct

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC oxidoreductase / H167A mutant / Rossmann fold / PHBH fold / homotetramer / covalently linked FAD / flavin n(5)-sulfite adduct

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Divne, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: H-bonding and positive charge at the N5/O4 locus are critical for covalent flavin attachment in trametes pyranose 2-oxidase.
著者: Tan, T.C. / Pitsawong, W. / Wongnate, T. / Spadiut, O. / Haltrich, D. / Chaiyen, P. / Divne, C.

履歴

登録	2010年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lsm.cif.gz	474.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lsm.ent.gz	386.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lshC 3lsiC 3lskC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k4c-d 4mof-1 4moo-1 3lsk-d 4moq-1 3k4l-1 2f5v-1 4mop-d 4mor-d 4mol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

142 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
284 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.568, 101.568, 249.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase

分子量: 69346.711 Da / 分子数: 2 / 変異: H167A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(D+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase

#4: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 4種, 1177分子

#2: 化合物	ChemComp-SFD / (S)-10-((2S,3S,4R)-5-((S)-((S)-(((2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)-2,3,4-TRIHYDROXYPENTYL)-7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-2,3,4,4A-TETRAHYDROBENZO[G]PTERIDINE-5(10H)-SULFONIC ACID / N5-SULFONO FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 867.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₈P₂S
#3: 化合物	ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン分子量: 80.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₃
#5: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03908
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→29.2 Å / Num. obs: 143007 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.891 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
FFT		モデル構築
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0066	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
FFT		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.7→29.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.022 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	2871	2 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.16	140136	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9058	0	168	1169	10395

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	9460
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.066	1.966	12874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.162	3.001	19165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.803	5	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.23	24.497	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.427	15	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.344	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.241	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	10490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.27	1.5	5746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.462	1.5	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.056	2	9338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.117	3	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.838	4.5	3536
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.79 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	412	-
R_work	0.222	20043	-
obs	-	-	99.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1918	-0.1355	0.1421	0.2543	-0.1399	0.1848	0.0175	0.013	-0.0234	-0.0337	-0.0092	0.0077	0.0383	0.0084	-0.0083	0.0705	0.0043	0.0027	0.0622	0.0026	0.0339	5.041	9.769	-24.133
2	0.459	0.1077	-0.122	0.3168	-0.1125	0.3394	-0.0023	0.0391	-0.0007	-0.0387	0.016	0.051	0.0078	-0.0507	-0.0137	0.0718	0.0082	-0.0229	0.0546	0.0014	0.0283	-12.121	17.169	-31.848
3	0.8096	0.0676	-0.0733	0.604	-0.1255	0.8578	-0.0028	0.0196	0.0032	-0.0168	-0.0414	-0.1194	-0.0703	0.1635	0.0442	0.0578	-0.004	0.0016	0.0655	0.0188	0.0582	12.092	25.161	-30.975
4	0.7617	0.6824	0.1474	0.8345	0.0492	0.3307	0.0287	0.0069	-0.0591	0	-0.0157	-0.0116	0.0331	-0.0063	-0.013	0.0658	0.0068	-0.009	0.0555	-0.0095	0.0516	-27.616	2.006	-14.85
5	0.2508	0.0629	-0.0991	0.2291	-0.1118	0.3411	0.0187	0.0123	0.0271	-0.0042	-0.0166	-0.0204	-0.0227	0.02	-0.0021	0.0649	0.0051	-0.0045	0.0433	0.0037	0.0358	-2.121	25.3	-22.982
6	0.2709	-0.134	-0.1303	0.3	0.0345	0.134	0.0123	0.0275	-0.0289	-0.0736	-0.0127	0.0465	-0.0137	-0.0071	0.0003	0.0789	-0.0019	-0.031	0.0525	-0.0174	0.0529	-5.172	-12.009	-24.387
7	0.4783	0.0278	0.1608	0.6045	-0.0214	0.404	-0.0143	0.0531	-0.0438	-0.1292	-0.0005	0.0151	0.0404	0.0612	0.0148	0.0965	0.0113	0.0074	0.0522	-0.0207	0.0292	12.858	-19.783	-30.612
8	0.5189	0.0302	0.0743	1.0754	0.0527	1.0161	0.0074	0.0185	-0.0836	-0.122	-0.0447	0.3344	0.1148	-0.1354	0.0374	0.0721	-0.012	-0.0531	0.0477	-0.049	0.1569	-11.789	-27.474	-30.509
9	0.7989	0.6249	-0.1543	1.0401	-0.1055	0.3756	0.0252	-0.0082	0.0446	0.0102	-0.0405	-0.0022	-0.0551	0.0287	0.0153	0.0747	0.0044	0.0033	0.073	0.0072	0.0383	27.157	-3.848	-13.574
10	0.3791	0.093	0.1588	0.4124	0.0592	0.3993	0.018	0.023	-0.0946	-0.0639	-0.0136	0.0806	0.0473	-0.0064	-0.0044	0.0611	0.0034	-0.0104	0.0227	-0.0223	0.0628	2.01	-27.341	-21.769

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	157 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	294 - 359
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	360 - 473
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	474 - 618
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	43 - 159
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	160 - 293
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	294 - 359
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	360 - 473
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	474 - 618

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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