PDB-4moo: Pyranose 2-oxidase H450G mutant with 2-fluorinated galactose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4moo

タイトル

Pyranose 2-oxidase H450G mutant with 2-fluorinated galactose

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / FAD-BINDING / SUBSTRATE COMPLEX / FLAVINYLATION / INTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Binding of Fluorinated Glucose and Galactose to Trametes multicolor Pyranose 2-Oxidase Variants with Improved Galactose Conversion.
著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4moo.cif.gz	238.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4moo.ent.gz	194.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4moo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4moo_validation.pdf.gz	724.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4moo_full_validation.pdf.gz	732.5 KB	表示
XML形式データ	4moo_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	4moo_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4moo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4moo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4moeC 4mofC 4mogC 4mohC 4moiC 4mojC 4mokC 4molC 4momC 4mopC 4moqC 4morC 4mosC 1tt0 2igo 3pl8 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mof-1 3k4l-1 3k4c-d 4mop-d 3lsk-d 4mol-d 2f6c-1 1tzl-2 2igk-1 3lsm-1 4mor-d 2ign-2 4mog-1 3fdy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

71.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
286 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.672, 101.672, 127.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase

分子量: 70472.961 Da / 分子数: 1 / 変異: H450G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase

#2: 化合物

ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂

分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂

#3: 糖

ChemComp-GAF / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-galactopyranose / 2-DEOXY-2-FLUORO-GALACTOSE

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁FO₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

THIS IS A CLONING ARTIFACT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1 M MES, 50 mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日 / 詳細: Rh-coated Si mirrors
放射	モノクロメーター: Double-crystal monochromator, Si (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→54.03 Å / Num. all: 80572 / Num. obs: 80572 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Net I/σ(I): 27.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 6649 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 3.518 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22371	1907	2.4 %	RANDOM
R_work	0.1908	-	-	-
all	0.19159	78664	-	-
obs	0.19159	78664	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.353 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4536	0	65	514	5115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.02	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.109	1.964	6425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.062	3	7736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.191	5	575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.601	24.509	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.713	15	758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.96	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.185	0.2	702
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	952

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.739 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	222	-
R_work	0.219	10506	-
obs	-	-	98.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3268	-0.7372	-1.3186	1.6185	-0.2755	4.2109	0.0253	0.3181	-0.1641	-0.2005	-0.0353	0.0618	0.2739	-0.1473	0.01	0.0709	-0.0059	0.0013	0.0877	-0.0201	0.0398	71.2256	49.2684	19.0992
2	0.2325	0.0788	-0.0652	0.0828	-0.0353	0.0569	-0.0152	-0.003	0.0026	-0.01	0.0209	0.0162	0.0062	-0.0189	-0.0057	0.0305	0.0075	0.0039	0.0281	-0.0032	0.018	59.1743	45.9727	44.5419
3	0.3246	-0.126	-0.0551	0.3776	0.0934	0.3451	-0.0035	0.0362	-0.0159	-0.0493	0.0078	-0.0224	-0.0015	0.0281	-0.0044	0.0548	-0.0072	0.01	0.0603	0.0065	0.0455	71.757	56.1838	33.5836
4	2.0343	-0.9015	0.0615	0.7487	0.0156	0.4936	-0.0461	0.0087	0.1251	0.0188	0.0177	0.0313	-0.05	-0.1129	0.0285	0.0613	0.005	-0.0036	0.0603	0.0089	0.0673	52.5495	80.6834	48.3999
5	0.2824	-0.1139	-0.0758	0.3157	0.1137	0.2799	-0.0136	0.0159	-0.0353	-0.0185	0.0145	-0.0357	0.0159	0.0248	-0.0009	0.0334	0.0007	0.0098	0.0373	0.0007	0.0416	75.3043	54.2758	42.2609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 173
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	174 - 370
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	371 - 461
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	462 - 618

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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