PDB-4moi: Pyranose 2-oxidase H450G/V546C double mutant with 3-fluorinated g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4moi

タイトル

Pyranose 2-oxidase H450G/V546C double mutant with 3-fluorinated glucose

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / FAD-BINDING / SUBSTRATE COMPLEX / FLAVINYLATION / INTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Binding of Fluorinated Glucose and Galactose to Trametes multicolor Pyranose 2-Oxidase Variants with Improved Galactose Conversion.
著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4moi.cif.gz	456.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4moi.ent.gz	380.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4moi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4moi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4moi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4moeC 4mofC 4mogC 4mohC 4mojC 4mokC 4molC 4momC 4mooC 4mopC 4moqC 4morC 4mosC 1tt0 2igo 3pl8 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lsi-1 3fdy-1 2ign-2 4moh-1 3k4n-1 2igm-1 2igo-2 1tzl-2 4mof-1 3k4j-1 3k4k-1 3bg7-2 2igo-1 4mok-d 3k4m-2 3lsh-d 3bg6-2 2ign-1 2f6c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

143 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
286 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.504, 101.504, 238.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase

分子量: 70476.969 Da / 分子数: 2 / 変異: H450G, V546C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase

#2: 化合物

ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂

分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂

#3: 糖

ChemComp-G3F / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-glucopyranose / 3-デオキシ-3-フルオロ-β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁FO₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

THIS IS A CLONING ARTIFACT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1 M MES, 50 mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.946496 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月12日 / 詳細: unfocused
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.946496 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.73 Å / Num. all: 98867 / Num. obs: 98867 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→45.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 7.175 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	2000	2 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.197	96838	100 %	-
all	-	96838	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9070	0	130	635	9835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	9442
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.03	1.965	12846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.058	3	15476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.089	5	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.007	24.509	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.167	15	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.552	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	10466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	267	-
R_work	0.253	12930	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2678	-0.2149	0.1757	0.4749	-0.2128	0.1878	0.0392	0.0985	0.0279	-0.0511	-0.0682	-0.0581	0.0119	0.0109	0.0289	0.0406	0.0192	0.0333	0.1093	0.0211	0.0603	54.9532	61.2307	32.9758
2	0.4972	-0.0274	-0.0969	0.3365	-0.1003	0.3497	0.0244	0.1659	0.0286	-0.0854	-0.0388	-0.0453	-0.0072	-0.0421	0.0144	0.0296	0.0201	0.009	0.0951	0.0286	0.048	43.2864	70.0891	30.0821
3	1.3565	0.1943	-0.4941	1.0167	-0.1561	1.779	0.0412	0.0628	0.1811	-0.0207	-0.0771	-0.3533	-0.1368	0.2379	0.0359	0.0219	0.0057	0.0253	0.0949	0.0838	0.1948	61.7205	79.6824	32.1878
4	0.9814	0.6504	0.2593	0.8232	0.0007	0.4156	0.0751	0.0643	-0.1472	0.0178	-0.0359	-0.0068	0.1398	-0.0913	-0.0391	0.0572	-0.031	0.0056	0.1139	-0.0342	0.0593	22.2735	53.8299	45.255
5	0.3716	0.0859	-0.1106	0.398	-0.1187	0.3945	0.024	0.0971	0.0837	-0.0459	-0.0461	-0.104	-0.0397	0.0047	0.0221	0.0189	0.012	0.0165	0.0674	0.0415	0.0725	47.5885	76.0458	38.625
6	0.2442	-0.1481	-0.2035	0.4527	0.1522	0.2816	0.0264	0.0738	0.0029	-0.0116	-0.0494	0.037	-0.0028	-0.0529	0.023	0.0263	0.0103	-0.019	0.1004	-0.0188	0.0674	46.1299	40.7521	34.3639
7	0.689	0.1277	0.2282	0.4293	0.0942	0.4668	0.0155	0.033	-0.0107	-0.0356	-0.0293	-0.0234	0.0218	0.0572	0.0137	0.0428	0.0179	0.0218	0.1058	-0.0138	0.0553	64.5212	33.4025	28.2861
8	1.4342	-0.0841	0.7076	0.7702	0.1847	1.4958	0.0402	0.015	-0.1449	-0.0049	-0.018	0.1867	0.134	-0.181	-0.0222	0.0171	-0.0033	-0.017	0.0993	-0.0564	0.0953	39.2258	25.2679	27.2907
9	0.6534	0.4196	-0.1254	0.9215	0.2068	0.4201	0.0378	0.0446	0.1101	-0.012	-0.009	-0.0287	-0.1011	0.0494	-0.0288	0.0487	-0.0054	0.0063	0.0872	0.025	0.0636	77.4467	48.4812	46.5615
10	0.2137	0.1402	0.1693	0.3382	0.0864	0.4108	0.0198	0.0451	-0.0542	-0.038	-0.0264	0.0764	0.0462	-0.0376	0.0066	0.0271	0.0081	-0.0132	0.0799	-0.043	0.0875	53.1147	25.3654	36.4333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 138
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	139 - 306
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	307 - 360
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	361 - 462
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	463 - 618
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	43 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	164 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	293 - 358
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	359 - 474
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	475 - 618

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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