[日本語] English
万見
- PDB-4moh: Pyranose 2-oxidase V546C mutant with 2-fluorinated glucose -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4moh
タイトルPyranose 2-oxidase V546C mutant with 2-fluorinated glucose
要素Pyranose 2-oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / FAD-BINDING / SUBSTRATE COMPLEX / FLAVINYLATION / INTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold - #50 / Pyranose 2-oxidase / Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold / : / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose / Pyranose 2-oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Trametes ochracea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Binding of Fluorinated Glucose and Galactose to Trametes multicolor Pyranose 2-Oxidase Variants with Improved Galactose Conversion.
著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.
履歴
登録2013年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7234
ポリマ－70,5581
非ポリマー1,1653
水6,089338
1
A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,89216
ポリマ－282,2324
非ポリマー4,66012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area25100 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area79570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.490, 102.490, 118.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: タンパク質 Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase


分子量: 70558.070 Da / 分子数: 1 / 断片: PYRANOSE 2-OXIDASE / 変異: V546C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 糖 ChemComp-SHG / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose / 2-フルオロ-2-デオキシ-β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO5
識別子タイププログラム
b-D-Glcp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS A CLONING ARTIFACT

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.1 M MES, 50 mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月6日 / 詳細: Rh-coated Si mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator, Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→51.24 Å / Num. all: 37326 / Num. obs: 37326 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 14.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.967 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1163 3.1 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 36162 99.9 %-
all-36162 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.12 Å20 Å20 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 77 338 4956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.024740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8991.9666449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00837778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0955575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.34124.489225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22615759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9851527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 149 -
Rwork0.187 4724 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41810.276-0.10070.4876-0.21370.2538-0.06640.0743-0.04-0.10450.0612-0.05140.00610.00140.00520.0574-0.01610.0250.0483-0.02690.038962.204146.231734.3993
20.60060.1154-0.08310.94670.2630.5027-0.06530.0941-0.0661-0.09250.0847-0.0788-0.02020.0429-0.01940.0737-0.03110.02540.0853-0.00490.028171.567856.987927.2789
30.47340.0371-0.06970.4510.15060.2945-0.04390.045-0.0048-0.04730.0404-0.0367-0.0212-0.02120.00350.0671-0.01940.010.06070.00520.036767.461464.155340.6241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2A160 - 347
3X-RAY DIFFRACTION3A348 - 618

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る