PDB-4mof: Pyranose 2-oxidase H450G mutant with 2-fluorinated glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mof

タイトル

Pyranose 2-oxidase H450G mutant with 2-fluorinated glucose

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / FAD-BINDING / SUBSTRATE COMPLEX / FLAVINYLATION / INTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Binding of Fluorinated Glucose and Galactose to Trametes multicolor Pyranose 2-Oxidase Variants with Improved Galactose Conversion.
著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mof.cif.gz	241.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mof.ent.gz	196.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mof_validation.pdf.gz	730.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mof_full_validation.pdf.gz	738.6 KB	表示
XML形式データ	4mof_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	4mof_validation.cif.gz	44.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4moeC 4mogC 4mohC 4moiC 4mojC 4mokC 4molC 4momC 4mooC 4mopC 4moqC 4morC 4mosC 1tt0 2igo 3pl8 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k4l-1 3lsk-d 3k4c-d 4moo-1 4mop-d 2igk-1 3k4b-1 4mol-d 4mog-1 3k4n-1 4moi-1 3fdy-1 4mor-d 2ign-2 3lsm-1 2igk-2 1tzl-2 2f6c-1 3k4j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

71.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
286 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.340, 102.340, 128.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase

分子量: 70472.961 Da / 分子数: 1 / 変異: H450G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase

#2: 化合物

ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂

分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂

#3: 糖

ChemComp-G2F / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-フルオロ-D-ブドウ糖

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₁FO₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

THIS IS A CLONING ARTIFACT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000 , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月3日 / 詳細: Rh-coated Si mirrors
放射	モノクロメーター: Double-crystal monochromator, Si (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→54.42 Å / Num. all: 58446 / Num. obs: 58446 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 11.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4176 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 4.253 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19353	1796	3.1 %	RANDOM
R_work	0.15819	-	-	-
all	0.15929	56649	-	-
obs	0.15929	56649	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.663 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4512	0	65	622	5199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.02	4698
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.977	1.964	6393
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.042	3	7700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.696	5	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.427	24.484	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.236	15	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.45	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.175	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	5214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	950

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.95 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	212	-
R_work	0.197	7374	-
obs	-	-	96.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2383	0.0711	-0.0467	0.16	-0.13	0.2069	-0.0023	0.0223	-0.0007	-0.0226	0.002	0.0077	0.0117	-0.0024	0.0003	0.0383	0.0012	0.0063	0.0336	-0.0116	0.0266	62.1631	47.3042	39.7882
2	0.3225	-0.1878	-0.1179	0.593	0.2066	0.3462	0.0322	0.0445	0.0385	-0.0523	-0.0225	-0.0221	-0.0676	0.0144	-0.0097	0.0556	-0.0089	0.0172	0.0615	0.0171	0.0301	70.3807	64.4617	32.4235
3	0.978	-0.188	-0.2384	1.3552	0.124	0.9196	0.0287	0.0608	-0.1897	-0.0254	-0.034	0.0002	0.1566	0.1146	0.0053	0.0525	0.0204	0.0106	0.0271	-0.0249	0.0666	77.597	38.2871	32.3887
4	1.2765	-0.7516	-0.0249	0.8348	-0.0827	0.4275	-0.0053	0.0394	0.105	0.0042	-0.0062	0.0639	-0.0739	-0.0982	0.0115	0.0552	-0.0078	-0.0019	0.0513	-0.001	0.0587	54.0544	78.6398	49.7689
5	0.3874	-0.141	-0.1077	0.3421	0.1647	0.4174	0.0039	0.0239	-0.0381	-0.0237	0.005	-0.0382	0.0207	0.0543	-0.0089	0.0399	-0.0042	0.0098	0.044	0.0008	0.0461	77.043	53.7521	42.0317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	174 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	294 - 356
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	357 - 469
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	470 - 618

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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