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万見
- PDB-4m93: Unliganded 2 crystal structure of S25-26 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m93
タイトルUnliganded 2 crystal structure of S25-26 Fab
要素(S25-26 Fab (IgG1k) ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Groove-type Recognition of Chlamydiaceae-specific Lipopolysaccharide Antigen by a Family of Antibodies Possessing an Unusual Variable Heavy Chain N-Linked Glycan.
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Saldova, R. / Muniyappa, M. / Brade, L. / Rudd, P.M. / Harvey, D.J. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2013年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年7月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
H: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
C: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
B: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,16810
ポリマ－95,5094
非ポリマー6606
水4,900272
1
L: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
H: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9763
ポリマ－47,7542
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
2
C: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
B: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1937
ポリマ－47,7542
非ポリマー4385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.894, 88.806, 101.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21C
12H
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010L1 - 218
2010C1 - 218
1020H1 - 218
2020B1 - 218

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 LCHB

#1: 抗体 S25-26 Fab (IgG1k) light chain


分子量: 24356.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C
#2: 抗体 S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain


分子量: 23398.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 276分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES, 0.2M calcium acetate, 10% (V/V) isopropanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日 / 詳細: Vertical focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→25 Å / Num. obs: 61241 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.09-2.162.90.57759880.846196.8
2.16-2.253.20.46560410.927197.3
2.25-2.353.30.38860740.947197.7
2.35-2.483.30.30460921.053197.8
2.48-2.633.30.21461051.069198
2.63-2.843.30.1561301.03198.2
2.84-3.123.30.10861331.127198.4
3.12-3.573.30.08761791.089198.8
3.57-4.493.30.0862091.001199
4.49-253.30.07662901.04198.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.77 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.68 Å
Translation2.5 Å28.68 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MacromolecularCrystallography Data Collector (MxDC)データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M7J

4m7j


解像度: 2.09→24.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.2743 / WRfactor Rwork: 0.2367 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8196 / SU B: 10.287 / SU ML: 0.141 / SU R Cruickshank DPI: 0.2244 / SU Rfree: 0.1861 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2513 3113 5.1 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
obs0.2194 61241 96.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.63 Å2 / Biso mean: 38.3666 Å2 / Biso min: 16.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.53 Å20 Å2-0.56 Å2
2--4.95 Å2-0 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→24.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6706 0 41 272 7019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9529498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8095874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13624270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.416151091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6081528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9471.8263502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5482.7274372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.331.963448
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11L2840.12
12C2840.12
21H2690.13
22B2690.13
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.122 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 182 -
Rwork0.279 3483 -
all-3665 -
obs--78.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.52431.29641.09262.9374-0.44159.4807-0.26960.42710.0655-0.15760.29720.11590.3434-0.6573-0.02760.1166-0.09440.03830.13070.00590.0682-31.36057.81240.8532
21.28662.82771.71328.07082.83772.97690.0644-0.0129-0.10220.27470.0642-0.1610.09370.0248-0.12860.09490.02340.0270.042-0.00170.1987-17.15621.641131.9297
32.98421.93171.66083.10271.86045.8909-0.21030.18790.265-0.00650.1794-0.1082-0.53750.41840.03090.1706-0.1013-0.0280.10170.01720.0752-18.352222.666-7.044
43.1089-0.05370.8995.6836-3.80326.44740.0678-0.0685-0.6412-0.0883-0.1143-0.46730.23350.76270.04640.07030.0219-0.00260.1844-0.08070.348-2.499420.231926.3707
50.38850.57180.34223.12291.02543.3345-0.03190.0638-0.0661-0.13350.0136-0.04520.10240.49140.01840.0644-0.0262-0.0120.12920.01990.0453-50.75769.706661.8769
63.58181.7838-4.78782.5396-3.48419.77480.0413-0.14330.07710.1289-0.0998-0.1395-0.2050.35750.05850.067-0.0328-0.01880.033-0.00540.114-47.63585.572126.575
73.03771.0539-0.03012.3966-0.72817.0486-0.1461-0.00420.3799-0.1888-0.03390.0139-0.4540.1780.17990.21-0.0622-0.0090.02210.00370.198-55.32330.416657.3955
81.0153-0.3311-0.39356.02231.59572.04190.00260.14810.0074-0.06910.04210.0109-0.13-0.0918-0.04470.09380.0062-0.00550.08270.02470.1221-61.812812.510825.0082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2H117 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4L116 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6C116 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 116
8X-RAY DIFFRACTION8B117 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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