ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show PHASER2.1.4位相決定 Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.11 データ抽出 Show MacromolecularCrystallography Data Collector (MxDC)データ収集
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 4M7J解像度 : 2.09→24.87 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.942 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.927 / WRfactor Rfree : 0.2743 / WRfactor Rwork : 0.2367 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.3 / FOM work R set : 0.8196 / SU B : 10.287 / SU ML : 0.141 / SU R Cruickshank DPI : 0.2244 / SU Rfree : 0.1861 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.224 / ESU R Free : 0.186 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2513 3113 5.1 % RANDOM Rwork 0.2176 - - - obs 0.2194 61241 96.65 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 115.63 Å2 / Biso mean : 38.3666 Å2 / Biso min : 16.23 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -3.53 Å2 0 Å2 -0.56 Å2 2- - 4.95 Å2 -0 Å2 3- - - -1.19 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.09→24.87 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 6706 0 41 272 7019
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.01 0.02 6950 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.458 1.952 9498 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.809 5 874 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg35.136 24 270 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg16.416 15 1091 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg19.608 15 28 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.095 0.2 1067 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.021 5254 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.947 1.826 3502 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.548 2.727 4372 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.33 1.96 3448
Refine LS restraints NCS Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Weight position : 0.05
Ens-ID Dom-ID Auth asym-ID 数 Rms dev position (Å)1 1 L284 0.12 1 2 C284 0.12 2 1 H269 0.13 2 2 B269 0.13
LS精密化 シェル 解像度 : 2.09→2.122 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.309 182 - Rwork 0.279 3483 - all - 3665 - obs - - 78.58 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 8) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.5243 1.2964 1.0926 2.9374 -0.4415 9.4807 -0.2696 0.4271 0.0655 -0.1576 0.2972 0.1159 0.3434 -0.6573 -0.0276 0.1166 -0.0944 0.0383 0.1307 0.0059 0.0682 -31.3605 7.8124 0.8532 2 1.2866 2.8277 1.7132 8.0708 2.8377 2.9769 0.0644 -0.0129 -0.1022 0.2747 0.0642 -0.161 0.0937 0.0248 -0.1286 0.0949 0.0234 0.027 0.042 -0.0017 0.1987 -17.156 21.6411 31.9297 3 2.9842 1.9317 1.6608 3.1027 1.8604 5.8909 -0.2103 0.1879 0.265 -0.0065 0.1794 -0.1082 -0.5375 0.4184 0.0309 0.1706 -0.1013 -0.028 0.1017 0.0172 0.0752 -18.3522 22.666 -7.044 4 3.1089 -0.0537 0.899 5.6836 -3.8032 6.4474 0.0678 -0.0685 -0.6412 -0.0883 -0.1143 -0.4673 0.2335 0.7627 0.0464 0.0703 0.0219 -0.0026 0.1844 -0.0807 0.348 -2.4994 20.2319 26.3707 5 0.3885 0.5718 0.3422 3.1229 1.0254 3.3345 -0.0319 0.0638 -0.0661 -0.1335 0.0136 -0.0452 0.1024 0.4914 0.0184 0.0644 -0.0262 -0.012 0.1292 0.0199 0.0453 -50.7576 9.7066 61.8769 6 3.5818 1.7838 -4.7878 2.5396 -3.4841 9.7748 0.0413 -0.1433 0.0771 0.1289 -0.0998 -0.1395 -0.205 0.3575 0.0585 0.067 -0.0328 -0.0188 0.033 -0.0054 0.114 -47.6358 5.5721 26.575 7 3.0377 1.0539 -0.0301 2.3966 -0.7281 7.0486 -0.1461 -0.0042 0.3799 -0.1888 -0.0339 0.0139 -0.454 0.178 0.1799 0.21 -0.0622 -0.009 0.0221 0.0037 0.198 -55.323 30.4166 57.3955 8 1.0153 -0.3311 -0.3935 6.0223 1.5957 2.0419 0.0026 0.1481 0.0074 -0.0691 0.0421 0.0109 -0.13 -0.0918 -0.0447 0.0938 0.0062 -0.0055 0.0827 0.0247 0.1221 -61.8128 12.5108 25.0082
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 H1 - 116 2 X-RAY DIFFRACTION 2 H117 - 213 3 X-RAY DIFFRACTION 3 L1 - 115 4 X-RAY DIFFRACTION 4 L116 - 213 5 X-RAY DIFFRACTION 5 C1 - 115 6 X-RAY DIFFRACTION 6 C116 - 213 7 X-RAY DIFFRACTION 7 B1 - 116 8 X-RAY DIFFRACTION 8 B117 - 213