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万見
- PDB-4m7y: Staphylococcus aureus Type II pantothenate kinase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m7y
タイトルStaphylococcus aureus Type II pantothenate kinase in complex with a pantothenate analog
要素Type II pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / pantothenate kinase / inhibitor / antibacterial / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type II pantothenate kinase, bacterial / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2GH / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Type II pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mottaghi, K. / Hong, B. / Tempel, W. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2016
タイトル: Discovery of Potent Pantothenamide Inhibitors of Staphylococcus aureus Pantothenate Kinase through a Minimal SAR Study: Inhibition Is Due to Trapping of the Product.
著者: Hughes, S.J. / Barnard, L. / Mottaghi, K. / Tempel, W. / Antoshchenko, T. / Hong, B.S. / Allali-Hassani, A. / Smil, D. / Vedadi, M. / Strauss, E. / Park, H.W.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年12月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II pantothenate kinase
B: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,16835
ポリマ－59,9122
非ポリマー2,25633
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.960, 56.130, 68.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-458-

HOH

詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Type II pantothenate kinase / PanK-II / Pantothenic acid kinase


分子量: 29955.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MW2 / 遺伝子: coaW, MW2054 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-TR / 参照: UniProt: Q8NVG0, pantothenate kinase

-
非ポリマー , 5種, 226分子

#2: 化合物 ChemComp-2GH / N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-pentyl-beta-alaninamide


分子量: 368.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H29N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 22 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.01 M inhibitor, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M ATP were added to the protein sample. Crystal condition: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M BTP, 1.1 % w/v Cyclohexylethanoyl-N- ...詳細: 0.01 M inhibitor, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M ATP were added to the protein sample. Crystal condition: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M BTP, 1.1 % w/v Cyclohexylethanoyl-N-hydroxyethylglucamide., pH 7.0, vapor diffusion

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 48878 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.850.95225407358999
1.85-1.90.7582.5924444349899.3
1.9-1.950.6053.323768339999.1
1.95-2.010.4624.2223250332099.2
2.01-2.080.3115.8622804318299.7
2.08-2.150.2676.8322363313299.9
2.15-2.230.2417.8620919298699.5
2.23-2.320.1919.8920542290699.4
2.32-2.430.15411.4619692276799.9
2.43-2.550.13412.9419448269099.5
2.55-2.680.10715.9817613251299.1
2.68-2.850.08619.7117422239899.8
2.85-3.040.07622.6915263220598.7
3.04-3.290.05929.0114715211699.1
3.29-3.60.0534.9313967194299.9
3.6-4.030.04538.4912611177499.2
4.03-4.650.03942.0110495152699
4.65-5.690.03841.539436132199.5
5.69-8.050.03642.447499104199.8
8.050.02749.88397657496.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0027精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4m7x

4m7x


解像度: 1.8→26.532 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.208 / WRfactor Rwork: 0.167 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.661 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED. INHIBITOR RESTRAINTS WERE BASED ON PRODRG CALCULATIONS. COOT AND THE MOLPROBITY SERVER WERE ALSO USED DURING ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED. INHIBITOR RESTRAINTS WERE BASED ON PRODRG CALCULATIONS. COOT AND THE MOLPROBITY SERVER WERE ALSO USED DURING REFINEMENT. SOME DUMMY ATOMS AND PHOSPHATE IONS B303, B304, A303, B305 OF THE MODEL REPRESENT ELECTRON DENSITY THAT APPEARS TO ARISE FROM A LARGER, UNIDENTIFIED MOLECULE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 2074 4.25 %thin shells (sftools)
Rwork0.1761 ---
obs0.178 48796 99.227 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 83.01 Å2 / Biso mean: 31.734 Å2 / Biso min: 15.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.136 Å20 Å2-0.599 Å2
2---0.646 Å20 Å2
3----1.721 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3950 0 159 193 4302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.024282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.9765863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7513.0029025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4365559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49924.696181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43415647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7751517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02988
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8470.2924210.2713153360799.085
1.847-1.89700.2743484351199.231
1.897-1.95200.2563364340198.912
1.952-2.0110.2833340.2212975333499.25
2.011-2.07700.1853182319799.531
2.077-2.1490.2591250.1762960309699.645
2.149-2.230.2262080.1782781300499.501
2.23-2.3200.1722896291499.382
2.32-2.4230.2182550.1672490276099.457
2.423-2.5400.1772675268899.516
2.54-2.6760.2132000.1732289252398.652
2.676-2.83600.182399240599.751
2.836-3.030.2591550.1922058224298.707
3.03-3.26900.1872097212598.682
3.269-3.5750.1981130.1651827194699.692
3.575-3.9880.1721180.1431645177699.268
3.988-4.5880.153600.121491157398.601
4.588-5.5780.121100.1521319133799.402
5.578-7.720.263560.1951005106399.812
7.72-26.5320.216190.17663265499.541
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91660.16740.40131.23650.51532.9544-0.0312-0.1160.02860.13030.0125-0.06260.02480.10870.01870.02070.00830.00540.02420.00010.0522-16.177522.46-23.9676
21.13250.43440.3891.89680.92792.2046-0.01160.1354-0.1072-0.07740.1197-0.19990.27430.3818-0.1080.08530.05070.04530.1007-0.02490.0801-10.20877.9957-46.8829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 266
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 266
4X-RAY DIFFRACTION2B301 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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