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- PDB-4m61: Crystal structure of unliganded anti-DNA Fab A52 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m61
タイトルCrystal structure of unliganded anti-DNA Fab A52
要素
  • Fab A52 heavy chain
  • Fab A52 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Eilat, D. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure determination of anti-DNA Fab A52.
著者: Stanfield, R.L. / Eilat, D.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab A52 light chain
B: Fab A52 heavy chain
C: Fab A52 light chain
D: Fab A52 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,14723
ポリマ－95,3224
非ポリマー1,82519
水13,854769
1
A: Fab A52 light chain
B: Fab A52 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,62212
ポリマ－47,6612
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
2
C: Fab A52 light chain
D: Fab A52 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,52511
ポリマ－47,6612
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.784, 61.380, 121.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab A52 light chain


分子量: 24150.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: NZB/NZW F1
#2: 抗体 Fab A52 heavy chain


分子量: 23510.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: NZB/NZW F1
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.07 M sodium citrate, 2% PEG400, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→43 Å / Num. all: 94152 / Num. obs: 94152 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4662 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MRF

1mrf


解像度: 1.62→21.694 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 9434 10.02 %
Rwork0.1919 --
obs0.1959 94118 96.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→21.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6690 0 95 769 7554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1829725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9182556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841085
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.63840.3642970.35562781X-RAY DIFFRACTION95
1.6384-1.65770.3343130.28672877X-RAY DIFFRACTION97
1.6577-1.67790.31963300.25052796X-RAY DIFFRACTION97
1.6779-1.69910.3293130.25082837X-RAY DIFFRACTION96
1.6991-1.72150.29433370.25642782X-RAY DIFFRACTION97
1.7215-1.7450.27443270.23462800X-RAY DIFFRACTION96
1.745-1.770.29443320.23512779X-RAY DIFFRACTION96
1.77-1.79640.30813370.23832789X-RAY DIFFRACTION96
1.7964-1.82440.25513240.20972769X-RAY DIFFRACTION95
1.8244-1.85430.27292830.21442837X-RAY DIFFRACTION96
1.8543-1.88630.24923190.20682763X-RAY DIFFRACTION94
1.8863-1.92060.24742910.20582793X-RAY DIFFRACTION96
1.9206-1.95750.25893210.19342725X-RAY DIFFRACTION94
1.9575-1.99740.24272840.19782793X-RAY DIFFRACTION95
1.9974-2.04080.2332990.1932780X-RAY DIFFRACTION94
2.0408-2.08820.24523030.21072741X-RAY DIFFRACTION94
2.0882-2.14040.25023300.20412726X-RAY DIFFRACTION94
2.1404-2.19820.23873090.1882791X-RAY DIFFRACTION94
2.1982-2.26280.23023100.19152765X-RAY DIFFRACTION95
2.2628-2.33580.22632970.19082773X-RAY DIFFRACTION94
2.3358-2.41920.24493190.20292763X-RAY DIFFRACTION95
2.4192-2.51590.26523010.19582866X-RAY DIFFRACTION96
2.5159-2.63020.24913280.18942800X-RAY DIFFRACTION96
2.6302-2.76860.23023180.1922868X-RAY DIFFRACTION97
2.7686-2.94170.24373440.1982864X-RAY DIFFRACTION98
2.9417-3.16820.21653090.1912878X-RAY DIFFRACTION98
3.1682-3.48590.21563150.17212940X-RAY DIFFRACTION98
3.4859-3.98750.20793180.16452943X-RAY DIFFRACTION99
3.9875-5.01360.16773110.1453001X-RAY DIFFRACTION100
5.0136-21.69590.1963150.19153064X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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