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- PDB-4lxc: The antimicrobial peptidase lysostaphin from Staphylococcus simulans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lxc
タイトルThe antimicrobial peptidase lysostaphin from Staphylococcus simulans
要素Lysostaphin
キーワードHYDROLASE / PEPTIDASE FAMILY M23 / PEPTIDOGLYCAN HYDROLASE / METALLOPEPTIDASE / PEPTIDOGLYCAN
機能・相同性
機能・相同性情報


lysostaphin / cell wall organization / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 ...: / Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / SH3 Domains / Distorted Sandwich / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus simulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sabala, I. / Jagielska, E. / Bardelang, P.T. / Czapinska, H. / Dahms, S.O. / Sharpe, J.A. / James, R. / Than, M.E. / Thomas, N.R. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: Febs J. / : 2014
タイトル: Crystal structure of the antimicrobial peptidase lysostaphin from Staphylococcus simulans.
著者: Sabala, I. / Jagielska, E. / Bardelang, P.T. / Czapinska, H. / Dahms, S.O. / Sharpe, J.A. / James, R. / Than, M.E. / Thomas, N.R. / Bochtler, M.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Other
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysostaphin
B: Lysostaphin
C: Lysostaphin
D: Lysostaphin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,83617
ポリマ-112,7104
非ポリマー1,12613
00
1
A: Lysostaphin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4354
ポリマ-28,1781
非ポリマー2583
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysostaphin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5315
ポリマ-28,1781
非ポリマー3544
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lysostaphin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2432
ポリマ-28,1781
非ポリマー651
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lysostaphin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6276
ポリマ-28,1781
非ポリマー4505
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Lysostaphin
B: Lysostaphin
ヘテロ分子

C: Lysostaphin
D: Lysostaphin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,83617
ポリマ-112,7104
非ポリマー1,12613
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation24_555-z+1/4,-y+1/4,-x+1/41
Buried area9370 Å2
ΔGint-296 kcal/mol
Surface area44400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)282.013, 282.013, 282.013
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALAAA278 - 38532 - 139
21METMETALAALABB278 - 38532 - 139
31METMETALAALACC278 - 38532 - 139
41METMETALAALADD278 - 38532 - 139
12LYSLYSLYSLYSAA403 - 493157 - 247
22LYSLYSLYSLYSBB403 - 493157 - 247
32LYSLYSLYSLYSCC403 - 493157 - 247
42LYSLYSLYSLYSDD403 - 493157 - 247

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Lysostaphin / Glycyl-glycine endopeptidase


分子量: 28177.551 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 248-493 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus simulans (バクテリア)
: Staphylococcus simulans bv. staphylolyticus / 遺伝子: lss, U66883.1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10547, lysostaphin
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 8.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 85.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES and 1.6 M magnesium sulphate, 2 mM tetraglycine phosphinic acid. EDTA and ammonium sulphate as additives improved crystal quality, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月1日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 48693 / Num. obs: 48693 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.4 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.295 / Rsym value: 0.295 / Net I/σ(I): 17.34
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 37.9 % / Rmerge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 5.34 / Num. unique all: 3539 / Rsym value: 0.908 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBFlibデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1R77, 2B0P
解像度: 3.5→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.823 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.796 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.659 / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NCS AND TLS REFINEMENT HAS BEEN USED. DEPENDING ON THE RESOLUTION CUTOFF WE OBSERVED A WILSON B VALUE IN THE RANGE OF 30 AND 80 AND KEPT THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NCS AND TLS REFINEMENT HAS BEEN USED. DEPENDING ON THE RESOLUTION CUTOFF WE OBSERVED A WILSON B VALUE IN THE RANGE OF 30 AND 80 AND KEPT THE ATOMIC B AT A FIXED VALUE OF 36 OBSERVED FOR THE DEPOSITED DATA CUTOFF.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28684 2435 5 %RANDOM
Rwork0.26777 ---
obs0.26873 48689 100 %-
all-48689 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.566 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7540 0 49 0 7589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0217822
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.92310623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.421312593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4575967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96923.795332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.977151190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8191524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0350.021647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.25073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.23728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1180.23822
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1820.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.54769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.52029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it027653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it033053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.52970
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A1412medium positional1.270.5
12B1412medium positional0.620.5
13C1412medium positional0.710.5
14D1412medium positional0.520.5
21A1217medium positional0.390.5
22B1217medium positional0.280.5
23C1217medium positional0.340.5
24D1217medium positional0.350.5
11A1412medium thermal02
12B1412medium thermal02
13C1412medium thermal02
14D1412medium thermal02
21A1217medium thermal02
22B1217medium thermal02
23C1217medium thermal02
24D1217medium thermal02
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 162 -
Rwork0.304 3371 -
obs-3533 99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.83261.3968-1.96695.11971.23087.6882-0.0527-0.5427-0.3860.00580.1473-0.2949-0.44280.1956-0.0946-0.34250.10220.1897-0.20180.0048-0.243462.69160.3899.911
26.90850.8367-0.12585.2525-0.04246.02940.05040.2341-0.02160.0348-0.14460.3174-0.1379-0.03180.0942-0.44450.04460.0573-0.4653-0.0692-0.343876.92138.984-37.336
312.143-0.4425-3.64516.2427-1.40799.3435-0.5714-0.0029-2.1458-0.0822-0.09660.6850.4359-0.25410.668-0.21110.10210.3583-0.36230.06510.349236.99141.6667.705
45.3725-0.0607-0.83346.0934-0.44475.2265-0.3208-0.1613-0.35760.13490.10470.30520.2901-0.03810.2161-0.36250.0690.1554-0.4118-0.0059-0.427977.96313.398-19.344
514.61672.889-3.96114.0204-0.11649.19220.20620.8431.36880.11280.10170.2334-0.6667-0.3823-0.3079-0.25190.14830.0625-0.24260.1409-0.241770.02768.663-27.012
65.52141.6436-2.34278.05430.34757.42460.05790.85510.1207-0.3467-0.30360.8036-0.3883-0.97770.2456-0.37510.1140.0614-0.1097-0.0532-0.097847.157.145-20.196
77.92412.1008-1.31268.4317-2.31766.03120.14960.48690.2662-0.19850.27990.7712-0.0709-0.8718-0.4296-0.41790.0587-0.0361-0.2078-0.0112-0.171446.76927.756-28.133
89.6508-1.4176-3.73113.0166-0.65819.0875-0.5436-0.4664-0.69730.02290.2880.73410.5019-0.53240.2556-0.2086-0.07060.0709-0.10870.04470.060939.48812.956-7.616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A248 - 370
2X-RAY DIFFRACTION1A601
3X-RAY DIFFRACTION2B254 - 370
4X-RAY DIFFRACTION2B601
5X-RAY DIFFRACTION3C249 - 370
6X-RAY DIFFRACTION3C601
7X-RAY DIFFRACTION4D249 - 370
8X-RAY DIFFRACTION4D601
9X-RAY DIFFRACTION5A395 - 480
10X-RAY DIFFRACTION6B395 - 480
11X-RAY DIFFRACTION7C395 - 480
12X-RAY DIFFRACTION8D395 - 480

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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