PDB-4lxc: The antimicrobial peptidase lysostaphin from Staphylococcus simulans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lxc

タイトル

The antimicrobial peptidase lysostaphin from Staphylococcus simulans

要素

Lysostaphin

キーワード

HYDROLASE / PEPTIDASE FAMILY M23 / PEPTIDOGLYCAN HYDROLASE / METALLOPEPTIDASE / PEPTIDOGLYCAN

機能・相同性

機能・相同性情報

lysostaphin / cell wall organization / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus simulans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Sabala, I. / Jagielska, E. / Bardelang, P.T. / Czapinska, H. / Dahms, S.O. / Sharpe, J.A. / James, R. / Than, M.E. / Thomas, N.R. / Bochtler, M.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the antimicrobial peptidase lysostaphin from Staphylococcus simulans.
著者: Sabala, I. / Jagielska, E. / Bardelang, P.T. / Czapinska, H. / Dahms, S.O. / Sharpe, J.A. / James, R. / Than, M.E. / Thomas, N.R. / Bochtler, M.

履歴

登録	2013年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月16日	Group: Other
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lxc.cif.gz	361 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lxc.ent.gz	298.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lxc_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lxc_full_validation.pdf.gz	499.5 KB	表示
XML形式データ	4lxc_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	4lxc_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/4lxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/4lxc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qp5C 4qpbC 1r77S 2b0pS 1qwy 2b13 2b44 3it5 3it7 4bh5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xso-d 1a6f-2 2fsa-3 2ci8-1 1lif-1 2ri7-d 6i29-1 3qzv-d 1vi7-d 2rr9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysostaphin

B: Lysostaphin

C: Lysostaphin

D: Lysostaphin

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysostaphin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysostaphin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Lysostaphin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysostaphin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Lysostaphin

B: Lysostaphin

ヘテロ分子

C: Lysostaphin

D: Lysostaphin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	282.013, 282.013, 282.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	212
Space group name H-M	P4₃32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	A	A	278 - 385	32 - 139
2	1	MET	MET	ALA	ALA	B	B	278 - 385	32 - 139
3	1	MET	MET	ALA	ALA	C	C	278 - 385	32 - 139
4	1	MET	MET	ALA	ALA	D	D	278 - 385	32 - 139
1	2	LYS	LYS	LYS	LYS	A	A	403 - 493	157 - 247
2	2	LYS	LYS	LYS	LYS	B	B	403 - 493	157 - 247
3	2	LYS	LYS	LYS	LYS	C	C	403 - 493	157 - 247
4	2	LYS	LYS	LYS	LYS	D	D	403 - 493	157 - 247

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Lysostaphin / Glycyl-glycine endopeptidase 分子量: 28177.551 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 248-493 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus simulans (バクテリア) 株: Staphylococcus simulans bv. staphylolyticus / 遺伝子: lss, U66883.1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10547, lysostaphin
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 8.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 85.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES and 1.6 M magnesium sulphate, 2 mM tetraglycine phosphinic acid. EDTA and ammonium sulphate as additives improved crystal quality, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月1日
放射	モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 48693 / Num. obs: 48693 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.295 / R_sym value: 0.295 / Net I/σ(I): 17.34
反射シェル	解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 37.9 % / R_merge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 5.34 / Num. unique all: 3539 / R_sym value: 0.908 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBFlib		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entries 1R77, 2B0P

1r77

2b0p

解像度: 3.5→47.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.823 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.796 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.659 / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NCS AND TLS REFINEMENT HAS BEEN USED. DEPENDING ON THE RESOLUTION CUTOFF WE OBSERVED A WILSON B VALUE IN THE RANGE OF 30 AND 80 AND KEPT THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28684	2435	5 %	RANDOM
R_work	0.26777	-	-	-
obs	0.26873	48689	100 %	-
all	-	48689	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.566 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→47.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7540	0	49	0	7589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	7822
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.193	1.923	10623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.421	3	12593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.457	5	967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.969	23.795	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.977	15	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.819	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.035	0.02	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	5073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	3728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.118	0.2	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.182	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.225	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.252	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.142	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	1.5	4769
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	2	7653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	3	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0	4.5	2970
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1412	medium positional	1.27	0.5
1	2	B	1412	medium positional	0.62	0.5
1	3	C	1412	medium positional	0.71	0.5
1	4	D	1412	medium positional	0.52	0.5
2	1	A	1217	medium positional	0.39	0.5
2	2	B	1217	medium positional	0.28	0.5
2	3	C	1217	medium positional	0.34	0.5
2	4	D	1217	medium positional	0.35	0.5
1	1	A	1412	medium thermal	0	2
1	2	B	1412	medium thermal	0	2
1	3	C	1412	medium thermal	0	2
1	4	D	1412	medium thermal	0	2
2	1	A	1217	medium thermal	0	2
2	2	B	1217	medium thermal	0	2
2	3	C	1217	medium thermal	0	2
2	4	D	1217	medium thermal	0	2

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	162	-
R_work	0.304	3371	-
obs	-	3533	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8326	1.3968	-1.9669	5.1197	1.2308	7.6882	-0.0527	-0.5427	-0.386	0.0058	0.1473	-0.2949	-0.4428	0.1956	-0.0946	-0.3425	0.1022	0.1897	-0.2018	0.0048	-0.2434	62.691	60.389	9.911
2	6.9085	0.8367	-0.1258	5.2525	-0.0424	6.0294	0.0504	0.2341	-0.0216	0.0348	-0.1446	0.3174	-0.1379	-0.0318	0.0942	-0.4445	0.0446	0.0573	-0.4653	-0.0692	-0.3438	76.921	38.984	-37.336
3	12.143	-0.4425	-3.6451	6.2427	-1.4079	9.3435	-0.5714	-0.0029	-2.1458	-0.0822	-0.0966	0.685	0.4359	-0.2541	0.668	-0.2111	0.1021	0.3583	-0.3623	0.0651	0.3492	36.991	41.666	7.705
4	5.3725	-0.0607	-0.8334	6.0934	-0.4447	5.2265	-0.3208	-0.1613	-0.3576	0.1349	0.1047	0.3052	0.2901	-0.0381	0.2161	-0.3625	0.069	0.1554	-0.4118	-0.0059	-0.4279	77.963	13.398	-19.344
5	14.6167	2.889	-3.9611	4.0204	-0.1164	9.1922	0.2062	0.843	1.3688	0.1128	0.1017	0.2334	-0.6667	-0.3823	-0.3079	-0.2519	0.1483	0.0625	-0.2426	0.1409	-0.2417	70.027	68.663	-27.012
6	5.5214	1.6436	-2.3427	8.0543	0.3475	7.4246	0.0579	0.8551	0.1207	-0.3467	-0.3036	0.8036	-0.3883	-0.9777	0.2456	-0.3751	0.114	0.0614	-0.1097	-0.0532	-0.0978	47.1	57.145	-20.196
7	7.9241	2.1008	-1.3126	8.4317	-2.3176	6.0312	0.1496	0.4869	0.2662	-0.1985	0.2799	0.7712	-0.0709	-0.8718	-0.4296	-0.4179	0.0587	-0.0361	-0.2078	-0.0112	-0.1714	46.769	27.756	-28.133
8	9.6508	-1.4176	-3.7311	3.0166	-0.6581	9.0875	-0.5436	-0.4664	-0.6973	0.0229	0.288	0.7341	0.5019	-0.5324	0.2556	-0.2086	-0.0706	0.0709	-0.1087	0.0447	0.0609	39.488	12.956	-7.616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	248 - 370
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	601
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	254 - 370
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	601
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	249 - 370
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	601
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	249 - 370
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	601
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	395 - 480
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	395 - 480
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	395 - 480
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	395 - 480

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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