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万見
- PDB-1r77: Crystal structure of the cell wall targeting domain of peptidylgl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r77
タイトルCrystal structure of the cell wall targeting domain of peptidylglycan hydrolase ALE-1
要素Cell Wall Targeting Domain of Glycylglycine Endopeptidase ALE-1
キーワードHYDROLASE / SH3b Domain / Cell Wall Targeting Domain / Lysostaphin / Peptidoglycan Hydrolase / Glycylglycine Endopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


lysostaphin / cell wall organization / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / SH3 Domains / SH3 type barrels. ...Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycyl-glycine endopeptidase ALE-1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus capitis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Lu, J.Z. / Fujiwara, T. / Komatsuzawa, H. / Sugai, M. / Sakon, J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Cell Wall-targeting Domain of Glycylglycine Endopeptidase Distinguishes among Peptidoglycan Cross-bridges.
著者: Lu, J.Z. / Fujiwara, T. / Komatsuzawa, H. / Sugai, M. / Sakon, J.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1997
タイトル: Purification and molecular characterization of glycylglycine endopeptidase produced by Staphylococcus capitis EPK1.
著者: Sugai, M. / Fujiwara, T. / Akiyama, T. / Ohara, M. / Komatsuzawa, H. / Inoue, S. / Suginaka, H.
履歴
登録2003年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE FLAG-tag was added to the N-terminus

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell Wall Targeting Domain of Glycylglycine Endopeptidase ALE-1
B: Cell Wall Targeting Domain of Glycylglycine Endopeptidase ALE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5192
ポリマ－23,5192
非ポリマー00
水3,981221
1
A: Cell Wall Targeting Domain of Glycylglycine Endopeptidase ALE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7591
ポリマ－11,7591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cell Wall Targeting Domain of Glycylglycine Endopeptidase ALE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7591
ポリマ－11,7591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.199, 58.521, 85.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cell Wall Targeting Domain of Glycylglycine Endopeptidase ALE-1


分子量: 11759.253 Da / 分子数: 2 / 断片: Cell Wall Targeting Domain / 変異: FLAG-tag added at N-terminus / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus capitis (バクテリア)
株: EPK1 / プラスミド: pTF479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05156, interstitial collagenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, sodium acetate, MES pH 6.5 or HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)波長
シンクロトロンAPS 17-ID10.97931, 0.97917, 0.95370
シンクロトロンAPS 17-ID21
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2001年6月30日
MARRESEARCH2CCD2000年8月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111)MADMx-ray1
2Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
20.979171
30.95371
411
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 23430 / Num. obs: 22012 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N-terminus truncated SeMet MAD structure

解像度: 1.75→17.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 250222.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1073 4.9 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.202 23430 --
obs0.202 22012 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.2203 Å2 / ksol: 0.389424 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2--4.28 Å20 Å2
3----3.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→17.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1621 0 0 221 1842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 153 4.9 %
Rwork0.254 2974 -
obs--81.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMCBS_TOPPAR:WATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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