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- PDB-1qwy: Latent LytM at 1.3 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qwy
タイトルLatent LytM at 1.3 A resolution
要素peptidoglycan hydrolase
キーワードHYDROLASE / LytM lysostaphin metalloprotease asparagine switch
機能・相同性
機能・相同性情報


lysostaphin / cobalt ion binding / peptide catabolic process / nickel cation binding / cell wall organization / metalloendopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #290 / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Distorted Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycyl-glycine endopeptidase LytM
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Odintsov, S.G. / Sabala, I. / Marcyjaniak, M. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Latent LytM at 1.3A resolution.
著者: Odintsov, S.G. / Sabala, I. / Marcyjaniak, M. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1997
タイトル: Molecular cloning, sequencing and expression of LytM, a unique autolytic gene of Staphylococcus aureus
著者: Ramadurai, L. / Jayaswal, R.
#2: ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 1999
タイトル: Characterization of a chromosomally encoded glycylglycine endopeptidase of Staphylococcus aureus
著者: Ramadurai, L. / Lockwood, K.J. / Nadakavukaren, M.J. / Jayaswal, R.K.
履歴
登録2003年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE At the time of processing, no database sequence was available for this protein. The ...SEQUENCE At the time of processing, no database sequence was available for this protein. The sequence here is from Staphylococcus aureus NCTC8325.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptidoglycan hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8282
ポリマ－31,7621
非ポリマー651
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.332, 53.232, 51.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The monomer in the asymmetric unit is the biological unit

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要素

#1: タンパク質 peptidoglycan hydrolase


分子量: 31762.350 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 26-316 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: NCTC8325 / 遺伝子: LytM / プラスミド: pET15bmod / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O33599, lysostaphin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 170 mM ammonium sulfate, 25.5% (w/v) PEG 8K, 15% (v/v) glycerol, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
140 mg/mlprotein1drop
25 mMTris1droppH7.5
3170 mMammonium sulfate1reservoir
425.5 %(w/v)PEG80001reservoir
515 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.211.28335
回転陽極RIGAKU21.54179
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.283351
21.541791
反射解像度: 1.3→15 Å / Num. all: 54733 / Num. obs: 54733 / % possible obs: 94.05 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 7719 / Rsym value: 0.174 / % possible all: 91.1
反射
*PLUS
% possible obs: 94 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.661 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18084 2781 5.1 %RANDOM
Rwork0.16271 ---
all0.16362 51945 --
obs0.16362 51945 93.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.723 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å2-0.44 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 1 354 2177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3171.8842561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77533338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2625232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2570.21720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2440.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8271.51150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53421827
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0083728
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0464.5734
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.335 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.233 191
Rwork0.236 3479
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / Rfactor Rfree: 0.181 / Rfactor Rwork: 0.164
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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