[日本語] English
万見
- PDB-4lst: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lst
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC01 in complex with HIV-1 clade C strain ZM176.66 gp120
要素
  • ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC01
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC01
キーワードviral protein/immune system / Neutralizing antibody VRC01 / HIV envelope glycoprotein gp120 / antibody antigen / viral protein-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zhou, T. / Moquin, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Multidonor Analysis Reveals Structural Elements, Genetic Determinants, and Maturation Pathway for HIV-1 Neutralization by VRC01-Class Antibodies.
著者: Zhou, T. / Zhu, J. / Wu, X. / Moquin, S. / Zhang, B. / Acharya, P. / Georgiev, I.S. / Altae-Tran, H.R. / Chuang, G.Y. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / Luongo, T. / ...著者: Zhou, T. / Zhu, J. / Wu, X. / Moquin, S. / Zhang, B. / Acharya, P. / Georgiev, I.S. / Altae-Tran, H.R. / Chuang, G.Y. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / Luongo, T. / McKee, K. / Schramm, C.A. / Skinner, J. / Yang, Y. / Yang, Z. / Zhang, Z. / Zheng, A. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Simek, M. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Shapiro, L. / Nabel, G.J. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32014年5月7日Group: Other
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC01
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,61111
ポリマ－86,8423
非ポリマー1,7708
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area35710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.105, 77.981, 200.351
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C


分子量: 39273.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: ZM176.66 / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: R4GRV3
#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC01


分子量: 24395.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC01


分子量: 23172.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 11.8% PEG 4000, 0.2M Na-Acetate , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: APS 22-BM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 32759 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / % possible all: 56

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_998精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→40.68 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1649 5.05 %
Rwork0.19 --
obs0.193 32670 91.9 %
all-35565 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.91 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 104.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.8265 Å20 Å2-0 Å2
2--10.6871 Å2-0 Å2
3----18.5135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→40.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5988 0 112 71 6171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8968487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0632305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5522-2.62730.3377920.28411618X-RAY DIFFRACTION58
2.6273-2.71210.31531010.28341982X-RAY DIFFRACTION71
2.7121-2.8090.34541340.28332385X-RAY DIFFRACTION87
2.809-2.92140.37231380.27722678X-RAY DIFFRACTION96
2.9214-3.05440.3321390.2622750X-RAY DIFFRACTION99
3.0544-3.21530.32471390.2422805X-RAY DIFFRACTION99
3.2153-3.41670.26241530.22532768X-RAY DIFFRACTION99
3.4167-3.68030.28431260.20882780X-RAY DIFFRACTION100
3.6803-4.05040.27671460.18652799X-RAY DIFFRACTION99
4.0504-4.63580.2181440.14782800X-RAY DIFFRACTION99
4.6358-5.83790.20641630.15732802X-RAY DIFFRACTION98
5.8379-40.6860.19241740.17862854X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.769-1.82190.82417.3658-2.11474.35970.10350.18930.2463-0.0405-0.212-0.55560.46820.61640.15970.6193-0.07190.07540.8397-0.07180.539834.00786.23096.4288
23.56490.7037-0.40433.7512-1.73966.3759-0.0750.6827-0.1497-0.45210.11420.4140.6567-0.207-0.02850.7244-0.1054-0.01620.6584-0.10240.512311.50293.84925.1994
37.5069-2.0111-0.316.29770.96627.5836-0.0235-0.34220.64160.3291-0.0417-0.0069-0.2435-0.26170.08480.5341-0.0615-0.05350.5177-0.02990.40996.250919.571527.22
49.23592.18241.21297.7928-3.01184.85440.1821-0.329-0.06160.41550.08550.4346-0.1669-0.1626-0.25141.15330.08860.02880.7194-0.06310.6714-21.518419.942659.5296
57.195-1.6998-2.72744.4976-0.54248.0259-0.2817-0.8379-0.10020.81120.1112-0.12930.70490.06710.14680.86090.017-0.0710.6977-0.03110.460513.02529.038846.3702
66.61620.27262.04392.07071.24485.84220.39260.149-0.981-0.05340.36780.30320.9185-0.1082-0.7241.3145-0.0262-0.22810.55970.0080.9336-15.3275.199961.253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain G and (resid 44:253 or resid 476:492)
2X-RAY DIFFRACTION2chain G and resid 254:475
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 1:114
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and resid 115:216
5X-RAY DIFFRACTION5chain L and resid 1:108
6X-RAY DIFFRACTION6chain L and resid 109:216

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る