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万見
- PDB-4lss: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lss
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC01 in complex with HIV-1 clade A strain KER_2018_11 gp120
要素
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC01
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC01 with N72T mutation
  • envelope glycoprotein GP120
キーワードviral protein/immune system / antibody antigen complex / Neutralizing antibody VRC01 / viral protein-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Zhou, T. / Moquin, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Multidonor Analysis Reveals Structural Elements, Genetic Determinants, and Maturation Pathway for HIV-1 Neutralization by VRC01-Class Antibodies.
著者: Zhou, T. / Zhu, J. / Wu, X. / Moquin, S. / Zhang, B. / Acharya, P. / Georgiev, I.S. / Altae-Tran, H.R. / Chuang, G.Y. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / Luongo, T. / ...著者: Zhou, T. / Zhu, J. / Wu, X. / Moquin, S. / Zhang, B. / Acharya, P. / Georgiev, I.S. / Altae-Tran, H.R. / Chuang, G.Y. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / Luongo, T. / McKee, K. / Schramm, C.A. / Skinner, J. / Yang, Y. / Yang, Z. / Zhang, Z. / Zheng, A. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Simek, M. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Shapiro, L. / Nabel, G.J. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32014年5月7日Group: Other
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: envelope glycoprotein GP120
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC01
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC01 with N72T mutation
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,64421
ポリマ－87,3843
非ポリマー3,26018
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.639, 65.267, 259.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY VRC01


分子量: 24395.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY VRC01 with N72T mutation


分子量: 23159.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 G

#1: タンパク質 envelope glycoprotein GP120


分子量: 39828.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: KER2018_11 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3ZLH8*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 151分子

#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 8% PEG 4000, 6.5% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月3日
放射モノクロメーター: APS ID22 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 30121 / Num. obs: 27290 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.59-2.633.60.727168.9
2.63-2.684.40.667181.7
2.68-2.735.30.731184.3
2.73-2.7960.628188.7
2.79-2.856.50.573186.2
2.85-2.926.90.528188.4
2.92-2.997.10.444188.7
2.99-3.077.10.367188.1
3.07-3.167.20.291186.9
3.16-3.267.20.25188.4
3.26-3.387.10.206189.2
3.38-3.517.10.16189.9
3.51-3.6770.14190.3
3.67-3.8770.115194.4
3.87-4.1170.096197.9
4.11-4.437.20.078199.9
4.43-4.877.40.0721100
4.87-5.587.60.079199.9
5.58-7.027.70.0781100
7.02-507.10.044198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_998精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→32.393 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 1388 5.1 %
Rwork0.1916 --
obs0.1953 27223 90.88 %
all-29955 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.861 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7004 Å2-0 Å20 Å2
2---3.6834 Å20 Å2
3---1.983 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→32.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5966 0 205 145 6316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8918594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9562342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.586-2.67840.36281120.3082141X-RAY DIFFRACTION77
2.6784-2.78560.36261310.29042404X-RAY DIFFRACTION86
2.7856-2.91230.34611570.25622415X-RAY DIFFRACTION87
2.9123-3.06570.30111120.2232509X-RAY DIFFRACTION88
3.0657-3.25760.31621420.22432467X-RAY DIFFRACTION87
3.2576-3.50890.31141410.20732502X-RAY DIFFRACTION90
3.5089-3.86150.29161290.19432652X-RAY DIFFRACTION93
3.8615-4.41910.22611370.15432821X-RAY DIFFRACTION99
4.4191-5.5630.20151590.14242895X-RAY DIFFRACTION100
5.563-32.39580.21421680.17423029X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8391-1.16271.39813.14530.48834.8041-0.03070.16460.2122-0.2672-0.10630.018-0.4866-0.15740.17460.2314-0.02250.03040.1856-0.00710.2712-12.324718.677254.5757
23.08470.20560.19021.90030.7991.28120.0839-0.1386-0.13640.098-0.14480.25340.171-0.32170.03260.1928-0.02160.03150.234-0.01030.2506-13.7416-3.765356.2981
32.1452-0.3672-0.02672.5902-0.54434.5259-0.00930.03430.11940.0285-0.1217-0.4324-0.17640.5810.07190.1833-0.0064-0.00660.25810.00590.2026.3572-9.075138.3425
42.7751-0.6448-1.97453.84-0.54276.3616-0.1005-0.0425-0.3953-0.00370.024-0.22090.88940.30320.01770.46010.1309-0.02240.31040.01350.39489.7025-38.06938.1601
51.28670.141-0.81973.65591.69766.90680.09430.02490.1222-0.20460.0795-0.2664-0.13550.0923-0.18840.25950.04140.00820.24980.02240.21480.3736-2.796817.0809
65.00522.9799-0.73456.4313-2.06644.51280.1585-0.1484-0.2831-0.1886-0.0460.14770.3373-0.3446-0.12820.3305-0.00410.00560.2789-0.06750.2799-3.3656-30.06044.0953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN G AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )G44 - 253
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN G AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )G476 - 492
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN G AND RESID 254:475 )G254 - 475
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:114 )H1 - 114
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 115:216 )H115 - 216
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 3:108 )L3 - 108
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 109:216 )L109 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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