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- PDB-4llv: The structure of the unbound form of anti-HIV antibody 4E10 Fv -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4llv
タイトルThe structure of the unbound form of anti-HIV antibody 4E10 Fv
要素
  • 4E10 Fv heavy chain
  • 4E10 Fv light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / 4E10 / FV / HIV / immunoglobulin / Antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Finton, K.A.K. / Rupert, P.B. / Strong, R.K.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Autoreactivity and Exceptional CDR Plasticity (but Not Unusual Polyspecificity) Hinder Elicitation of the Anti-HIV Antibody 4E10.
著者: Finton, K.A. / Larimore, K. / Larman, H.B. / Friend, D. / Correnti, C. / Rupert, P.B. / Elledge, S.J. / Greenberg, P.D. / Strong, R.K.
履歴
登録2013年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4E10 Fv heavy chain
B: 4E10 Fv light chain
C: 4E10 Fv heavy chain
D: 4E10 Fv light chain
E: 4E10 Fv heavy chain
F: 4E10 Fv light chain
H: 4E10 Fv heavy chain
L: 4E10 Fv light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,85323
ポリマ－103,4358
非ポリマー1,41715
水5,242291
1
A: 4E10 Fv heavy chain
B: 4E10 Fv light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4238
ポリマ－25,8592
非ポリマー5646
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
2
E: 4E10 Fv heavy chain
F: 4E10 Fv light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8592
ポリマ－25,8592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
3
H: 4E10 Fv heavy chain
L: 4E10 Fv light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3317
ポリマ－25,8592
非ポリマー4725
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
4
C: 4E10 Fv heavy chain
D: 4E10 Fv light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2396
ポリマ－25,8592
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.917, 161.518, 163.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-317-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23H
14B
24F
15B
25L
16C
26E
17C
27H
18E
28H
19F
29L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 127
2010C1 - 127
1020A1 - 126
2020E1 - 126
1030A2 - 125
2030H2 - 125
1040B129 - 231
2040F129 - 231
1050B128 - 234
2050L128 - 234
1060C1 - 126
2060E1 - 126
1070C2 - 125
2070H2 - 125
1080E2 - 126
2080H2 - 126
1090F129 - 231
2090L129 - 231

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

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要素

#1: 抗体
4E10 Fv heavy chain


分子量: 13756.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
4E10 Fv light chain


分子量: 12102.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M NaOAc, 0.8M Li2SO4, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. all: 46684 / Num. obs: 46684 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.39→2.44 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→46.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 12.389 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24516 2353 5.1 %RANDOM
Rwork0.21551 ---
obs0.21702 44146 99.19 %-
all-46684 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.663 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6427 0 81 291 6799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.026679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8991.9549128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7173.00313567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9365892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.26322.751229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27515876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0241537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0217706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021552
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: INTERATOMIC DISTANCE / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A63490.13
12C63490.13
21A47840.16
22E47840.16
31A54900.19
32H54900.19
41B40830.11
42F40830.11
51B50420.14
52L50420.14
61C47750.17
62E47750.17
71C54890.19
72H54890.19
81E50180.14
82H50180.14
91F40740.13
92L40740.13
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.452 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 155 -
Rwork0.265 2976 -
obs--91.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.91040.518-1.44242.01460.19974.68360.0258-0.06340.0237-0.14980.0627-0.0533-0.12080.2533-0.08850.1789-0.02520.01830.1048-0.01610.1045-65.7988-35.36934.3802
25.63360.3713-2.20464.7806-0.26574.94430.40020.48441.184-0.41520.09040.5294-0.4441-0.7203-0.49070.41180.10940.04840.21110.1250.507-78.7968-18.3572-0.8421
31.58090.2488-0.54950.99440.49049.28610.087-0.10730.09760.0407-0.1330.0947-0.3224-0.67190.04590.28360.021-0.03950.3516-0.02870.1237-57.1915-36.9321-39.3145
412.60780.3699-6.02023.40240.48276.28770.35430.24820.58110.0549-0.21120.9258-0.7324-1.4569-0.14320.54590.3252-0.06081.0843-0.10690.4588-75.6875-30.4937-39.409
53.28210.67240.89966.7566-1.21111.3156-0.1738-0.0972-0.8842-0.04160.0111-0.07060.1264-0.43720.16280.3907-0.16860.12150.5953-0.13540.5565-60.7183-60.4703-16.4529
65.64740.12544.50452.3886-1.1165.9503-0.73190.334-0.6005-0.60350.67130.5243-0.1896-1.31010.06060.7824-0.33640.03031.2062-0.31850.7598-76.229-60.5131-30.9302
75.3593-0.15550.68282.40911.26292.1526-0.01340.23490.408-0.13090.09590.03-0.12740.0473-0.08250.2360.00490.01290.1065-0.00950.137-37.5927-29.71-13.2323
84.52450.4147-0.05064.71220.72393.0569-0.12750.01390.56370.0070.0876-0.1069-0.0628-0.02720.03990.14790.0132-0.01910.0114-0.05440.4134-44.7933-11.9012-2.5637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7H2 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8L1 - 107

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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