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- PDB-1qnz: NMR structure of the 0.5b anti-HIV antibody complex with the gp12... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qnz
タイトルNMR structure of the 0.5b anti-HIV antibody complex with the gp120 V3 peptide
要素
  • 0.5B ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
  • 0.5B ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
  • GP120
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / V3 PEPTIDE / BINDING SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / adaptive immune response / immune response / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...: / : / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain V-III region PC 7043 / Ig heavy chain V region 102 / Envelope protein
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Tugarinov, V. / Zvi, A. / Levy, R. / Hayek, Y. / Matsushita, S. / Anglister, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: NMR Structure of an Anti-Gp120 Antibody Complex with a V3 Peptide Reveals a Surface Important for Co-Receptor Binding
著者: Tugarinov, V. / Zvi, A. / Levy, R. / Hayek, Y. / Matsushita, S. / Anglister, J.
履歴
登録1999年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 0.5B ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
L: 0.5B ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
P: GP120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6093
ポリマ－27,6093
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: 抗体 0.5B ANTIBODY (HEAVY CHAIN)


分子量: 13323.770 Da / 分子数: 1 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01750*PLUS
#2: 抗体 0.5B ANTIBODY (LIGHT CHAIN)


分子量: 12267.469 Da / 分子数: 1 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01665
#3: タンパク質・ペプチド GP120


分子量: 2017.406 Da / 分子数: 1 / 断片: V3 PEPTIDE / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q79416
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS DETERMINED BY ALLOWING THE CDRS OF THE 0.5B ANTIBODY AND THE V3 PEPTIDE RESIDUES TO MOVE WHILE THE FRAMEWORK OF THE ANTIBODY WAS MODELED AS DESCRIBED.

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試料調製

試料状態イオン強度: 10 mM sodium phosphate buffer mM / pH: 7.15 / 圧: 1 atm / 温度: 305 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8BRUNGER精密化
NMRDraw構造決定
NMRView構造決定
X-PLOR3.8構造決定
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS DETERMINED ALLOWING THE ANTIBODY CDR RESIDUES AND THE COMPLEXED V3 PEPTIDE RESIDUES TO MOVE, WHILE THE ANTIBODY FRAMEWORK WAS HELD FIXED DURING REFINEMENT AND ...詳細: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS DETERMINED ALLOWING THE ANTIBODY CDR RESIDUES AND THE COMPLEXED V3 PEPTIDE RESIDUES TO MOVE, WHILE THE ANTIBODY FRAMEWORK WAS HELD FIXED DURING REFINEMENT AND MODELED AS DESCRIBED PREVIOUSLY
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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