+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pia | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of S. Aureus Autolysin E | ||||||
![]() | Autolysin E | ||||||
![]() | HYDROLASE / autolysin / glycosidase / peptidoglycan | ||||||
Function / homology | ![]() amidase activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / membrane => GO:0016020 / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mihelic, M. / Renko, M. / Dobersek, A. / Bedrac, L. / Turk, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: The mechanism behind the selection of two different cleavage sites in NAG-NAM polymers Authors: Mihelic, M. / Vlahovicek-Kahlina, K. / Renko, M. / Mesnage, S. / Dobersek, A. / Taler-Vercic, A. / Jakas, A. / Turk, D. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 66.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 47.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 424.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 425.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 26068.279 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 35-258 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.28 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2 M (NH4)2SO4, 2 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.46→23 Å / Num. obs: 41563 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 0.655 / Net I/av σ(I): 33.475 / Net I/σ(I): 39.2 / Num. measured all: 229537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1.466→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.1694 / WRfactor Rwork: 0.1445 / FOM work R set: 0.9053 / SU B: 0.862 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0583 / SU Rfree: 0.0594 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.059 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 70.62 Å2 / Biso mean: 15.919 Å2 / Biso min: 5.83 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.466→23 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.466→1.504 Å / Total num. of bins used: 20
|