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- PDB-5uxx: Co-crystal structure of the sigma factor RpoE in complex with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uxx
タイトルCo-crystal structure of the sigma factor RpoE in complex with the anti-sigma factor NepR from Bartonella quintana
要素
  • Anti-sigma factor NepR
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードdna binding protein/unknown function / SSGCID / Bartonella quintana / sigma factor / anti-sigma factor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / dna binding protein-unknown function complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma factor NepR / Anti-sigma factor NepR / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 ...Anti-sigma factor NepR / Anti-sigma factor NepR / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-sigma factor NepR / RNA polymerase sigma factor
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella quintana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Co-crystal structure of the sigma factor RpoE in complex with the anti-sigma factor NepR from Bartonella quintana
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Sullivan, A.H. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor
B: Anti-sigma factor NepR
C: RNA polymerase sigma factor
D: Anti-sigma factor NepR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4597
ポリマ－53,1714
非ポリマー2883
水2,774154
1
A: RNA polymerase sigma factor
B: Anti-sigma factor NepR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6823
ポリマ－26,5852
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
2
C: RNA polymerase sigma factor
D: Anti-sigma factor NepR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7784
ポリマ－26,5852
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area11420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.420, 92.420, 127.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN C
112CHAIN B
212CHAIN D

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 18753.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella quintana (バクテリア)
株: Toulouse / 遺伝子: sigH, BQ10960 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3M3R8
#2: タンパク質 Anti-sigma factor NepR


分子量: 7831.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella quintana (strain Toulouse) (バクテリア)
株: Toulouse / 遺伝子: BQ10970, BQ10970 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3LV19
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: BaquA.17208.a.CB1.PS01985 at 24.97mg/ml was mixed 1:1 with a condition based on MCSG2(b11): 29% (w/v) PEG-3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris/HCl, pH = 7.2.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月16日
放射モノクロメーター: DIAMOND[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→46.21 Å / Num. obs: 44774 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.75 % / Biso Wilson estimate: 30.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.75
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
RESOLVE位相決定
PHENIX位相決定
PHENIXdev_1738精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→46.21 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 21.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2182 4.87 %
Rwork0.191 --
obs0.192 44764 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→46.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3212 0 15 154 3381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5234426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5471210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.019504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002573
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A1360X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1360X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
21B398X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D398X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4501-2.50340.26791640.26492681X-RAY DIFFRACTION100
2.5034-2.56160.25371760.25692641X-RAY DIFFRACTION100
2.5616-2.62570.30361140.25382662X-RAY DIFFRACTION100
2.6257-2.69660.25831500.24272607X-RAY DIFFRACTION100
2.6966-2.7760.29831140.23552719X-RAY DIFFRACTION100
2.776-2.86560.27511540.2252610X-RAY DIFFRACTION100
2.8656-2.9680.23921320.22122706X-RAY DIFFRACTION100
2.968-3.08680.23671520.21242640X-RAY DIFFRACTION100
3.0868-3.22720.2221020.21082653X-RAY DIFFRACTION100
3.2272-3.39730.2771460.19842663X-RAY DIFFRACTION100
3.3973-3.61010.18141140.17862659X-RAY DIFFRACTION100
3.6101-3.88870.18961320.15922690X-RAY DIFFRACTION100
3.8887-4.27980.20621100.15392680X-RAY DIFFRACTION100
4.2798-4.89850.17911310.15352681X-RAY DIFFRACTION100
4.8985-6.16930.22211560.19092647X-RAY DIFFRACTION100
6.1693-46.21820.18051350.15652643X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.9916-0.5629-1.35384.23370.44694.74720.0083-0.1297-0.35650.3225-0.1519-0.06030.0745-0.03580.18280.2986-0.0585-0.04660.17530.0430.216158.9841182.448415.9955
27.6094-4.2062-4.65369.30236.43425.1524-0.1383-0.3682-0.59970.48140.04550.23190.840.22710.20.3522-0.065-0.05240.31660.07450.326756.4666173.932812.9126
35.65121.611-1.68036.30595.41226.4877-0.39690.63-0.3333-1.05381.0059-1.5899-0.0870.1292-0.38470.4795-0.07690.00270.28380.0010.428464.4786179.2521-0.6563
42.33930.0853-3.08212.2920.27664.0865-0.15980.7077-0.60150.0193-0.15450.65670.3335-0.85760.25270.2501-0.06950.00110.3278-0.0430.399446.5865180.834910.7194
55.89255.15565.73514.60325.68139.0142-0.07690.9899-0.54220.2145-0.02670.46310.4901-0.59760.17450.47210.05430.06520.7347-0.1130.835434.9411184.98222.0827
64.691.19620.22641.59140.5734.65420.0169-0.06160.08580.1616-0.0170.36020.228-0.31120.00450.2137-0.01420.0230.14820.00360.266751.5965195.156613.6163
74.2925-0.5379-1.88128.32416.52097.37880.1778-0.19710.4968-0.23250.16430.505-0.8378-0.7403-0.10140.2772-0.0027-0.01950.34430.10810.479947.6254203.24038.055
83.8034-0.20911.3972.9506-0.69212.7575-0.04540.2522-0.0037-0.46630.21930.13310.1178-0.0689-0.16620.2828-0.05850.02290.27210.04430.193365.4358202.2146-0.5544
93.93861.38975.85323.9811.39029.1349-0.57160.62141.0031-0.1244-0.1368-0.0491-0.37120.80840.60990.2725-0.03560.04860.34070.01080.413876.1271207.21310.4157
104.15956.2872-4.68659.5369-7.09725.289-0.73430.8548-0.2053-1.43711.204-0.73190.4701-0.4688-0.59720.8012-0.19730.10040.589-0.0690.393666.58193.2528-9.2823
116.6593.6054-0.08174.7439-0.63923.3349-0.38650.3031-0.6687-0.33150.2025-0.9335-0.04220.79290.1580.2753-0.02120.05710.4228-0.02770.357282.3152199.9069-0.0299
128.8911-2.5196-3.86956.29912.74256.3822-0.35181.01490.3298-1.09670.349-0.2525-0.27380.56450.06770.6269-0.0117-0.0140.69-0.05720.405193.4742208.24578.8202
134.67280.7028-1.69083.44551.4173.85870.19590.33990.34020.2251-0.1322-0.4067-0.42790.061-0.04970.2848-0.0564-0.06480.3544-0.06740.342477.0383203.13420.6221
146.91910.0626-1.16498.3518-0.74368.1345-0.07410.0357-0.2802-0.36210.1298-0.2999-0.36140.1459-0.08080.1848-0.001-0.00480.2234-0.05310.265576.4698188.9957.4548
154.5613.55012.63973.53993.57624.32240.2608-0.482-0.75810.920.0039-0.91231.27380.4551-0.41560.3434-0.0029-0.08470.36370.07390.618381.5916186.177416.2156
166.37243.9033-0.45395.9688-0.91090.28930.4059-0.6486-0.73880.20020.01150.15541.304-0.0695-0.29240.816-0.21890.05570.7983-0.08410.390777.9491190.86728.8194
171.6233-1.4641.84426.5678-5.71676.81660.02440.06780.20930.0234-0.0404-0.0271-0.1177-0.03790.02060.173-0.01390.04110.2402-0.02390.274458.5174200.107314.686
186.5437-1.38570.12358.95837.76458.96670.19740.3198-0.14080.76160.279-0.39870.9104-0.041-0.42920.5776-0.0093-0.15190.38110.10460.408264.2313169.464518.9236
194.955-3.3886-0.04913.3071-1.5022.94440.0997-0.4014-0.2964-0.05080.0110.30920.3069-0.2038-0.06050.2451-0.0856-0.04790.3044-0.00770.289270.1021193.100219.4052
203.35771.2681-0.59225.1262-2.76052.1705-0.32320.47080.0994-0.26590.50340.1739-0.32660.4103-0.18040.2675-0.07530.01510.35110.03890.290165.6155212.1313-2.8926
213.18912.3122-0.13524.3937-3.22033.8329-0.6532-0.45550.3496-0.6280.228-0.19761.14540.17130.42280.6425-0.06960.01091.2120.17970.378368.2312209.8165-17.6671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 5 THROUGH 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 33 THROUGH 50 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 51 THROUGH 56 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 57 THROUGH 81 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 82 THROUGH 91 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 92 THROUGH 141 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 142 THROUGH 164 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 2 THROUGH 26 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 27 THROUGH 46 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 47 THROUGH 56 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 57 THROUGH 81 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 82 THROUGH 91 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 92 THROUGH 114 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 115 THROUGH 141 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 142 THROUGH 159 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 160 THROUGH 164 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 15 THROUGH 43 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'B' AND (RESID 44 THROUGH 60 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESID 17 THROUGH 39 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 40 THROUGH 58 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'D' AND (RESID 59 THROUGH 64 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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