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万見
- PDB-4lfh: Crystal Structure of 9C2 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lfh
タイトルCrystal Structure of 9C2 TCR
要素
  • 9C2 TCR delta chain
  • 9C2 TCR gamma chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / NKT cells / GammaDelta TCR / CD1d / lipid recognition / PBS-44
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell receptor complex / gamma-delta T cell activation / small molecule binding / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / T cell receptor gamma constant 1 / TRA@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Uldrich, A.P. / Le Nours, J. / Pellicci, D.G. / Gras, S. / Rossjohn, J. / Godfrey, D.I.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2013
タイトル: CD1d-lipid antigen recognition by the gamma delta TCR.
著者: Uldrich, A.P. / Le Nours, J. / Pellicci, D.G. / Gherardin, N.A. / McPherson, K.G. / Lim, R.T. / Patel, O. / Beddoe, T. / Gras, S. / Rossjohn, J. / Godfrey, D.I.
履歴
登録2013年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 9C2 TCR delta chain
G: 9C2 TCR gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4726
ポリマ－54,9422
非ポリマー5294
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.534, 118.534, 89.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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抗体 / タンパク質 / 糖 , 3種, 3分子 DG

#1: 抗体 9C2 TCR delta chain


分子量: 26265.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PJ56*PLUS
#2: タンパク質 9C2 TCR gamma chain


分子量: 28676.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CF51*PLUS
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 218分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40% PEG300, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2 M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射モノクロメーター: double Si(111) with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→83.816 Å / Num. all: 28824 / Num. obs: 28824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rsym value: 0.155
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3OMZ AND 1HXM

3omz

1hxm


解像度: 2.3→41.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9461 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9126 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.229 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 1457 5.06 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1891 28780 99.97 %-
原子変位パラメータBiso max: 159.64 Å2 / Biso mean: 57.2649 Å2 / Biso min: 27.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2774 Å20 Å20 Å2
2---2.2774 Å20 Å2
3---4.5549 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.338 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3397 0 34 215 3646
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1625SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes80HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes502HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3537HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion477SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3785SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3537HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4801HARMONIC21.18
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.18
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 136 4.59 %
Rwork0.2173 2828 -
all0.2188 2964 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2085-0.61261.10461.3123-0.70110.55980.2780.46550.3935-0.4663-0.2839-0.2080.2160.24030.00590.1110.05860.0876-0.0845-0.0225-0.1972-41.5036-8.5393-29.921
22.4439-0.74731.2260.6191-0.44420.34980.1209-0.21420.0662-0.3519-0.0613-0.06340.213-0.184-0.05960.0366-0.07340.0527-0.0157-0.0802-0.088-37.6818-18.5813-13.7938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ D|* }D5 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2{ G|* }G10 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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