PDB-4l9i: Bovine G Protein Coupled Receptor Kinase 1 in Complex with Paroxetine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l9i

タイトル

Bovine G Protein Coupled Receptor Kinase 1 in Complex with Paroxetine

要素

Rhodopsin kinase

キーワード

Transferase / membrane protein/inhibitor / AGC family kinase / SER/THR KINASE / RGS HOMOLOGY DOMAIN / G PROTEIN COUPLED RECEPTOR KINASE / GRK / GRK1 / RHODOPSIN KINASE / SSRI / HYDROLYASE / GPCR / PHOSPHORYLATION / membrane protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rhodopsin kinase / rhodopsin kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of signal transduction / visual perception / photoreceptor disc membrane / protein autophosphorylation / signal transduction / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Homan, K.T. / Tesmer, J.J.G.

引用

ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional analysis of g protein-coupled receptor kinase inhibition by paroxetine and a rationally designed analog.
著者: Homan, K.T. / Wu, E. / Wilson, M.W. / Singh, P. / Larsen, S.D. / Tesmer, J.J.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l9i.cif.gz	428.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l9i.ent.gz	352.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mk0C 3c4zS 3c50 3v5w C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3c50-d 3c4x-d 3qc9-1 3c51-d 3c4z-1 4pni-1 3c4w-d 3ab4-1 3c4y-d 3qc9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (6) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (6)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (3)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Rhodopsin kinase

B: Rhodopsin kinase

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.788, 122.089, 152.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Rhodopsin kinase / RK / G protein-coupled receptor kinase 1 分子量: 57355.559 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 30-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK1, RHOK / プラスミド: PFastBacDual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P28327, rhodopsin kinase
#2: 化合物	ChemComp-8PR / Paroxetine / (3S,4R)-3-[(1,3-benzodioxol-5-yloxy)methyl]-4-(4-fluorophenyl)piperidine / パロキセチン分子量: 329.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀FNO₃ / コメント: 薬剤, 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75 詳細: 12% PEG3350, 1M NaCl, pH 5.75, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1.0793 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月21日

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 54845 / Num. obs: 54845 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.32-2.36	9.2	0.949	1	100
2.36-2.4	9.2	0.807	1	100
2.4-2.45	9.2	0.732	1	100
2.45-2.5	9.2	0.64	1	100
2.5-2.55	9.2	0.529	1	100
2.55-2.61	9.2	0.456	1	100
2.61-2.68	9.2	0.408	1	100
2.68-2.75	9.2	0.324	1	100
2.75-2.83	9.2	0.272	1	100
2.83-2.92	9.1	0.221	1	100
2.92-3.03	9.2	0.196	1	100
3.03-3.15	9.2	0.157	1	100
3.15-3.29	9.2	0.121	1	100
3.29-3.47	9.2	0.092	1	100
3.47-3.68	9.1	0.075	1	100
3.68-3.97	9.1	0.069	1	100
3.97-4.37	9.1	0.067	1	100
4.37-5	9	0.053	1	100
5-6.29	8.9	0.051	1	100
6.29-50	8.4	0.038	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C4Z

3c4z

解像度: 2.32→29.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.197 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23053	2774	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18604	-	-	-
obs	0.18833	51966	99.92 %	-
all	-	54845	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.787 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.22 Å	0.301 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→29.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7999	0	62	409	8470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	8267
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.976	11157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.764	3	18170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.648	5	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.853	23.531	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.276	15	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.691	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.082	2.261	3990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.082	2.261	3989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.765	3.388	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.324	2.412	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.322→2.382 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	191	-
R_work	0.246	3779	-
obs	-	-	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9022	0.4764	1.3805	0.9904	0.0252	0.9329	-0.0243	-0.2064	0.0348	0.1314	-0.0155	-0.1309	0.0787	-0.0725	0.0398	0.0947	-0.0048	0.045	0.092	-0.0246	0.0853	-32.5909	-12.8504	14.786
2	2.4308	-0.6552	0.2245	3.4188	0.6799	0.9346	-0.0945	-0.0297	-0.2761	0.6385	0.1174	-0.3564	0.3873	0.2198	-0.0229	0.3481	0.0341	-0.052	0.1764	-0.0059	0.202	-12.4574	-38.5774	20.1816
3	1.7902	-0.4414	-0.5687	3.4422	-0.4369	2.6207	0.1847	-0.2045	-0.2057	0.5006	0.0013	0.4273	-0.0097	-0.1473	-0.1859	0.1318	-0.0685	0.0022	0.1276	0.0579	0.1477	-34.7137	-49.5142	15.8774
4	1.7735	0.0079	1.7333	2.5312	0.2809	3.61	-0.1348	-0.0647	0.0239	0.1864	0.034	-0.1354	-0.045	0.0352	0.1008	0.08	-0.0002	0.0283	0.097	0.0432	0.1618	-14.6824	10.7464	25.0691
5	3.0212	0.478	0.6922	3.0493	-1.6616	3.6213	0.0452	0.3275	0.2628	-0.2486	0.0626	0.4336	-0.3966	-0.1918	-0.1078	0.2084	0.0458	-0.0698	0.1819	0.0175	0.2361	-28.8936	34.3328	8.887
6	2.2589	0.4349	0.6172	5.8177	-0.7568	2.6781	-0.1473	-0.0103	0.0547	0.5616	0.0641	-0.1606	-0.1636	-0.0058	0.0833	0.1585	0.038	-0.08	0.1251	-0.0207	0.0459	-15.5062	47.4313	26.4296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	512 - 533
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	602
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	602
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	701 - 807
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	701 - 705
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	181 - 268
8	X-RAY DIFFRACTION	2	A	478 - 511
9	X-RAY DIFFRACTION	2	A	601
10	X-RAY DIFFRACTION	2	A	894 - 933
11	X-RAY DIFFRACTION	3	A	269 - 477
12	X-RAY DIFFRACTION	3	A	808 - 893
13	X-RAY DIFFRACTION	4	B	31 - 180
14	X-RAY DIFFRACTION	4	B	512 - 533
15	X-RAY DIFFRACTION	4	B	603
16	X-RAY DIFFRACTION	4	A	934 - 935
17	X-RAY DIFFRACTION	4	B	706 - 778
18	X-RAY DIFFRACTION	5	B	181 - 268
19	X-RAY DIFFRACTION	5	B	489 - 511
20	X-RAY DIFFRACTION	5	B	601
21	X-RAY DIFFRACTION	5	B	779 - 808
22	X-RAY DIFFRACTION	6	B	269 - 478
23	X-RAY DIFFRACTION	6	B	809 - 874

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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