PDB-4l8i: Crystal structure of RSV epitope scaffold FFL_005

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l8i

タイトル

Crystal structure of RSV epitope scaffold FFL_005

要素

RSV epitope scaffold FFL_005

キーワード

IMMUNE SYSTEM / three-helix bundle

機能・相同性

Ribosome-recycling factor / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Jardine, J. / Correnti, C. / Holmes, M.A. / Strong, R.K. / Schief, W.R.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Proof of principle for epitope-focused vaccine design.
著者: Correia, B.E. / Bates, J.T. / Loomis, R.J. / Baneyx, G. / Carrico, C. / Jardine, J.G. / Rupert, P. / Correnti, C. / Kalyuzhniy, O. / Vittal, V. / Connell, M.J. / Stevens, E. / Schroeter, A. / ...

履歴

登録	2013年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l8i.cif.gz	105.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l8i.ent.gz	82.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l8i_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l8i_full_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示
XML形式データ	4l8i_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	4l8i_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jlrC 4n9gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ekn-4 2oqq-d 7ekn-3 2xny-3 3uun-2 4cqi-d 4wb4-d 4abm-2 3uul-2 4cgb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RSV epitope scaffold FFL_005

B: RSV epitope scaffold FFL_005

27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RSV epitope scaffold FFL_005

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RSV epitope scaffold FFL_005

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.406, 53.406, 178.508
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	RSV epitope scaffold FFL_005 分子量: 13709.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% PEG 3350, 0.2M ammonium citrate tribasic, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20776 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 15.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	6.6	0.392	1933	0.9	1	94
2.07-2.15	7.2	0.258	2039	0.98	1	100
2.15-2.25	7.2	0.194	2038	1.059	1	100
2.25-2.37	7.2	0.143	2051	1.025	1	100
2.37-2.52	7.1	0.107	2062	1.045	1	100
2.52-2.71	7.2	0.084	2069	0.996	1	100
2.71-2.99	7.1	0.069	2086	0.985	1	100
2.99-3.42	7.1	0.062	2088	0.968	1	100
3.42-4.31	7	0.081	2128	1.093	1	99.9
4.31-50	6.4	0.038	2282	1.005	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→46.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.115 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	1064	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2068	-	-	-
obs	0.2089	20687	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.55 Å² / B_iso mean: 40.8097 Å² / B_iso min: 10.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	-0 Å²
2-	-	0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1800	0	0	153	1953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.555	1.945	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.739	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.152	24.457	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.606	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.5	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.607	2	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.538	2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.723	3	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.485	4	707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.693	6	668

LS精密化シェル

解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	70	-
R_work	0.235	1433	-
all	-	1503	-
obs	-	-	98.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3387	-3.6117	-2.2336	5.8665	2.3988	4.0571	-0.0959	-0.532	0.115	0.2457	0.019	-0.4196	-0.0305	0.5066	0.0769	0.1238	-0.1301	-0.0312	0.2808	0.1172	0.1556	-14.6217	10.2643	28.5882
2	3.1778	-1.4987	-1.075	3.2314	0.5234	1.5296	0.0686	-0.1353	-0.0374	-0.0486	-0.1345	-0.0985	-0.0887	0.1683	0.0659	0.1599	-0.0976	0.0026	0.2104	0.0366	0.1363	-21.1076	14.8707	22.967
3	3.8441	1.5336	-4.21	0.933	-1.6492	4.7643	0.2186	0.1257	-0.0002	0.0688	-0.0764	0.0136	-0.3897	-0.1014	-0.1423	0.2137	-0.0675	0.0642	0.1526	-0.0166	0.1685	-22.8899	30.6875	7.4729
4	8.1129	-1.105	-7.0171	1.6293	1.2679	7.5268	0.1487	-0.2601	0.0291	-0.0226	0.002	-0.1779	-0.1002	0.2322	-0.1507	0.1144	-0.0571	0.0166	0.1355	-0.0403	0.1555	-28.3511	21.054	16.2311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	72 - 112

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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