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- PDB-4l4f: Structure of cyanide and camphor bound P450cam mutant L358A/K178G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l4f
タイトルStructure of cyanide and camphor bound P450cam mutant L358A/K178G/D182N
要素Camphor 5-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / mono-oxygenase / cytochrome P450 / cyanide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CAMPHOR / CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.294 Å
データ登録者Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Synergistic Effects of Mutations in Cytochrome P450cam Designed To Mimic CYP101D1.
著者: Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L.
履歴
登録2013年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Camphor 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4466
ポリマ－46,5731
非ポリマー8735
水9,170509
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.565, 103.413, 106.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Camphor 5-monooxygenase / Cytochrome P450-cam / Cytochrome P450cam


分子量: 46572.816 Da / 分子数: 1 / 変異: C334A, K178G,L358A,D182N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 514分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物 ChemComp-CAM / CAMPHOR


分子量: 152.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 50 mM Tris, 400 mM potassium chloride, 32% PEG4000, 1.2 mM D-camphor, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.294→50 Å / Num. obs: 95488 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 35
反射 シェル解像度: 1.294→1.32 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CPP

2cpp


解像度: 1.294→33.448 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 4770 5 %
Rwork0.1949 --
obs0.1959 95394 94.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.294→33.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3199 0 58 509 3766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1964549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8921242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2941-1.30880.32271360.31122585X-RAY DIFFRACTION81
1.3088-1.32420.30541570.28692921X-RAY DIFFRACTION94
1.3242-1.34030.30681380.27072968X-RAY DIFFRACTION94
1.3403-1.35730.2531610.26472992X-RAY DIFFRACTION93
1.3573-1.37510.28191460.24832929X-RAY DIFFRACTION93
1.3751-1.3940.28851570.23762952X-RAY DIFFRACTION94
1.394-1.41390.24631550.23652975X-RAY DIFFRACTION93
1.4139-1.4350.23621590.22282924X-RAY DIFFRACTION93
1.435-1.45740.22881510.21472957X-RAY DIFFRACTION92
1.4574-1.48130.25551490.21442913X-RAY DIFFRACTION92
1.4813-1.50690.23171480.21832942X-RAY DIFFRACTION93
1.5069-1.53430.25221400.21172948X-RAY DIFFRACTION92
1.5343-1.56380.23731590.20352936X-RAY DIFFRACTION93
1.5638-1.59570.21471700.212984X-RAY DIFFRACTION94
1.5957-1.63040.23011480.19753019X-RAY DIFFRACTION94
1.6304-1.66830.24511580.1993064X-RAY DIFFRACTION95
1.6683-1.710.22571950.19662999X-RAY DIFFRACTION96
1.71-1.75630.24371570.19883087X-RAY DIFFRACTION95
1.7563-1.80790.23071570.19793061X-RAY DIFFRACTION96
1.8079-1.86630.23711420.19773064X-RAY DIFFRACTION96
1.8663-1.9330.19651850.19433073X-RAY DIFFRACTION96
1.933-2.01040.21651650.19853071X-RAY DIFFRACTION96
2.0104-2.10180.22131770.18613035X-RAY DIFFRACTION96
2.1018-2.21260.20081810.1883083X-RAY DIFFRACTION96
2.2126-2.35120.18391460.17953127X-RAY DIFFRACTION96
2.3512-2.53270.21731680.18753136X-RAY DIFFRACTION97
2.5327-2.78750.20711710.19693240X-RAY DIFFRACTION99
2.7875-3.19060.21441730.20343231X-RAY DIFFRACTION99
3.1906-4.01870.21211790.18263214X-RAY DIFFRACTION97
4.0187-33.45890.18541420.17723194X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82330.17020.19942.11930.12780.8596-0.02650.14950.0064-0.33730.06710.09420.0391-0.0064-0.03070.1139-0.0085-0.01320.124-0.00270.091712.59415.986515.6223
20.62470.08720.32011.68690.28121.6389-0.09380.10560.1676-0.22430.01290.1692-0.1523-0.11430.05680.10640.0116-0.00460.13410.02290.178511.41528.699123.8015
30.48330.0206-0.0011.64250.76781.4222-0.0133-0.02040.01750.07250.0537-0.05880.05280.0226-0.03810.0602-0.0005-0.00010.08380.00230.089719.693112.809331.4432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 120 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 121 through 266 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 267 through 414 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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