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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l4f | ||||||
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タイトル | Structure of cyanide and camphor bound P450cam mutant L358A/K178G/D182N | ||||||
要素 | Camphor 5-monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / mono-oxygenase / cytochrome P450 / cyanide complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.294 Å | ||||||
データ登録者 | Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: Synergistic Effects of Mutations in Cytochrome P450cam Designed To Mimic CYP101D1. 著者: Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4l4f.cif.gz | 186.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4l4f.ent.gz | 145.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4l4f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4l4f_validation.pdf.gz | 823.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4l4f_full_validation.pdf.gz | 827.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4l4f_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4l4f_validation.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46572.816 Da / 分子数: 1 / 変異: C334A, K178G,L358A,D182N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase |
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-非ポリマー , 5種, 514分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-CYN / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CAM / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 50 mM Tris, 400 mM potassium chloride, 32% PEG4000, 1.2 mM D-camphor, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.294→50 Å / Num. obs: 95488 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 35 |
反射 シェル | 解像度: 1.294→1.32 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CPP 解像度: 1.294→33.448 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.294→33.448 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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