PDB-4l4e: Structure of cyanide and camphor bound P450cam mutant L358A/K178G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l4e

タイトル

Structure of cyanide and camphor bound P450cam mutant L358A/K178G

要素

Camphor 5-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mono-oxygenase / cytochrome P450

機能・相同性

機能・相同性情報

camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.261 Å

データ登録者

Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Synergistic Effects of Mutations in Cytochrome P450cam Designed To Mimic CYP101D1.
著者: Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2013年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l4e.cif.gz	186.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l4e.ent.gz	145 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l49C 4l4aC 4l4bC 4l4cC 4l4dC 4l4fC 4l4gC 2cppS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2h7s-2 1uyu-1 4cp4-d 2h7q-d 2qbm-d 1t87-1 1gjm-d 1phd-d 1gem-d 2gqx-1 1phg-d 5cp4-d 2a1m-1 1re9-d 4g3r-1 2gqx-2 3wrm-1 4l4c-1 1t88-1 2h7s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Camphor 5-monooxygenase

ヘテロ分子

47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.644, 103.594, 106.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Camphor 5-monooxygenase / Cytochrome P450-cam / Cytochrome P450cam 分子量: 46573.805 Da / 分子数: 1 / 変異: C334A, K178G, L358A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 525分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物	ChemComp-CAM / CAMPHOR / (+)-カンファ- 分子量: 152.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 50 mM Tris, 400 mM potassium chloride, 32% PEG4000, 1.2 mM D-camphor, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→50 Å / Num. obs: 109438 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 39
反射シェル	解像度: 1.26→1.28 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CPP

2cpp

解像度: 1.261→34.546 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	5465	5 %
R_work	0.1895	-	-
obs	0.1905	109358	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.261→34.546 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3199	0	58	520	3777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3339
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.215	4549
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.191	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2605-1.2749	0.3236	147	0.2666	3209	X-RAY DIFFRACTION	93
1.2749-1.2899	0.2949	157	0.2529	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2899-1.3056	0.2875	177	0.2451	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3056-1.3221	0.2607	202	0.2349	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3221-1.3395	0.2375	200	0.2391	3413	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3395-1.3579	0.3099	185	0.2342	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3579-1.3773	0.2446	161	0.224	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3773-1.3978	0.2295	183	0.2156	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3978-1.4197	0.2655	177	0.2137	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4197-1.4429	0.2258	182	0.1998	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4429-1.4678	0.2199	196	0.1986	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4678-1.4945	0.2423	177	0.1903	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4945-1.5233	0.2149	191	0.1943	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5233-1.5544	0.1936	206	0.1901	3376	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5544-1.5882	0.2148	184	0.1895	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5882-1.6251	0.1951	171	0.1834	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6251-1.6657	0.2009	163	0.1772	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6657-1.7108	0.1921	176	0.1802	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7108-1.7611	0.2168	182	0.1883	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7611-1.818	0.1924	187	0.1943	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.818-1.8829	0.2086	176	0.1933	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8829-1.9583	0.1881	178	0.1882	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9583-2.0474	0.2148	191	0.194	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0474-2.1554	0.2051	193	0.1849	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1554-2.2904	0.2304	187	0.1799	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2904-2.4672	0.1984	180	0.1889	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4672-2.7154	0.212	188	0.1896	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7154-3.1081	0.2262	167	0.2011	3567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1081-3.915	0.2034	206	0.1806	3548	X-RAY DIFFRACTION	99
3.915-34.5594	0.1908	195	0.1726	3655	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4068	0.1527	0.1711	1.8576	0.5372	0.8562	-0.0353	0.0635	0.0275	-0.1939	0.0489	0.0697	-0.0323	-0.0202	-0.0115	0.0596	-0.001	-0.0087	0.1093	0.016	0.0984	13.6194	13.8244	21.5017
2	0.8588	-0.3227	0.6672	2.0415	-0.4533	2.1166	-0.1108	0.1323	0.1946	-0.2652	-0.0018	0.2044	-0.2331	-0.1433	0.0885	0.1499	-0.0014	-0.0234	0.1528	0.017	0.2177	9.1765	27.4739	18.1558
3	0.5266	0.0496	0.0203	1.6436	0.8497	1.6637	-0.0172	-0.0453	0.0168	0.1215	0.0491	-0.0397	0.0656	0.0336	-0.0327	0.0594	0.0019	-0.0012	0.075	0.0047	0.0841	19.7993	12.8468	31.4792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 170 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 171 through 266 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 267 through 414 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 525分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 525分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 525分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)