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万見
- PDB-4l0u: Crystal structure of Plasmodium vivax Prx1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l0u
タイトルCrystal structure of Plasmodium vivax Prx1a
要素2-Cys peroxiredoxin, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / PEROXIREDOXIN / DISULFIDE / ANTIOXIDANT / MALARIA PARASITE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to stress / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / thioredoxin-dependent peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gretes, M.C. / Karplus, P.A.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Observed octameric assembly of a Plasmodium yoelii peroxiredoxin can be explained by the replacement of native "ball-and-socket" interacting residues by an affinity tag.
著者: Gretes, M.C. / Karplus, P.A.
#1: ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2013年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0 THIS ENTRY 4L0U REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2h66SF ... THIS ENTRY 4L0U REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2h66SF DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2h66: A.K.WERNIMONT,A.DONG,Y.ZHAO,J.LEW,M.MELONE,I.KOZIERADZKI, J.WEIGELT,M.SUNDSTROM,A.M.EDWARDS,C.H.ARROWSMITH, A.BOCHKAREV,R.HUI,J.D.ARTZ,STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-Cys peroxiredoxin, putative
B: 2-Cys peroxiredoxin, putative
C: 2-Cys peroxiredoxin, putative
D: 2-Cys peroxiredoxin, putative
E: 2-Cys peroxiredoxin, putative
F: 2-Cys peroxiredoxin, putative
G: 2-Cys peroxiredoxin, putative
H: 2-Cys peroxiredoxin, putative
I: 2-Cys peroxiredoxin, putative
J: 2-Cys peroxiredoxin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,43912
ポリマ－237,32110
非ポリマー1182
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22640 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area67330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.550, 149.590, 131.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Typical of Prx1 family enzymes, the decamer is comprised of 5 B-type dimers, associated at A-interfaces, i.e. (a2)5.

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要素

#1: タンパク質
2-Cys peroxiredoxin, putative


分子量: 23732.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア 病原虫)
株: SaI-1 / 遺伝子: PVX_118545 / プラスミド: PET28 LIC/TEV DER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CODONPLUS/RIL / 参照: UniProt: A5K421, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 300 K / pH: 4.6
詳細: 1.5 uL of 8 mg/mL protein in 10 mM HEPES pH 7.5 500 mM NaCl + 1.5 uL reservoir solution 5% PEG 4000, 50 mM NaAc, 100 mM NaAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→41.56 Å / Num. obs: 86441 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 57.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.48→2.53 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H66

2h66


解像度: 2.5→40.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 4302 4.98 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 86438 --
原子変位パラメータBiso mean: 54.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.825 Å20 Å2-3.2364 Å2
2---3.9052 Å20 Å2
3---2.0802 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.337 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13476 0 8 260 13744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0127307HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.149472HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6020SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes319HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3992HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it27307HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1809SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact29150SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3366 264 4.69 %
Rwork0.3168 5363 -
all0.3177 5627 -
obs--94.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00960.7387-0.36063.06450.40251.98810.1737-0.17720.14550.4647-0.12230.1120.0562-0.1922-0.0514-0.0421-0.0157-0.0426-0.0660.0014-0.097131.4116-26.205767.3275
20.771-0.52160.07893.18920.45641.0767-0.0258-0.0192-0.06420.23510.021-0.35740.1310.0870.0048-0.04160.0193-0.0918-0.11160.0091-0.00450.4431-6.907668.1586
30.6629-0.02160.2351.5466-0.7743.3480.0527-0.2624-0.08330.0369-0.04180.04320.22260.0778-0.0109-0.066-0.022-0.03-0.024-0.002-0.010612.0203-40.135422.4806
40.6013-0.16810.30140.90490.22643.33260.07180.2501-0.10920.0094-0.0251-0.1380.31330.3048-0.0468-0.1057-0.0018-0.04560.02010.028-0.052833.9004-43.841837.8228
51.7596-0.87470.15051.6002-0.25421.9965-0.0623-0.040.13110.1669-0.0043-0.0028-0.1093-0.11820.0665-0.0376-0.0067-0.0511-0.1253-0.027-0.019735.146623.373166.0921
62.3309-0.04181.35741.3562-0.37432.1544-0.09670.08670.0524-0.0316-0.0401-0.1233-0.15910.21690.1368-0.0394-0.0262-0.0585-0.0690.0013-0.067342.458137.963743.8021
70.92051.0410.36013.392-0.06940.5414-0.05470.07440.1014-0.32750.07060.5262-0.0115-0.0365-0.0159-0.06520.0007-0.0784-0.1463-0.01390.09654.17670.1505-6.8466
80.84-0.3594-0.31672.70020.09751.36650.05910.09210.1592-0.4129-0.0736-0.0913-0.01060.09570.0146-0.05910.0265-0.0198-0.10650.0105-0.040819.7707-21.8889-5.6852
91.5776-0.06841.28981.230.06441.7395-0.0919-0.09860.16450.0619-0.02210.0278-0.1927-0.06790.114-0.03210.0357-0.0464-0.1042-0.0184-0.028615.966240.919419.8283
101.35720.33950.34421.96110.44721.0716-0.01520.03450.0647-0.1445-0.004-0.0882-0.13320.11820.0192-0.0143-0.0028-0.0166-0.11680.0173-0.025223.669730.5989-0.5993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1A 2 A 169
2X-RAY DIFFRACTION2B 2 B 172
3X-RAY DIFFRACTION3C 1 C 172
4X-RAY DIFFRACTION4D 2 D 172
5X-RAY DIFFRACTION5E 2 E 163
6X-RAY DIFFRACTION6F 2 F 170
7X-RAY DIFFRACTION7G 2 G 172
8X-RAY DIFFRACTION8H 2 H 168
9X-RAY DIFFRACTION9I 1 I 177
10X-RAY DIFFRACTION10J 2 J 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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