PDB-4l0f: Structure of P450sky (CYP163B3), a cytochrome P450 from skyllamyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l0f

タイトル

Structure of P450sky (CYP163B3), a cytochrome P450 from skyllamycin biosynthesis (open active site)

要素

P450 monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Skyllamycin biosynthesis / Beta-aminoacyl carrier protein oxidase / Skyllamycin nonribosomal peptide synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cryle, M.J.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Cytochrome p450sky interacts directly with the nonribosomal Peptide synthetase to generate three amino Acid precursors in skyllamycin biosynthesis.
著者: Uhlmann, S. / Sussmuth, R.D. / Cryle, M.J.

履歴

登録	2013年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l0f.cif.gz	209.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l0f.ent.gz	164.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l0eC 4loeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qe3-d 3c7d-d 6ldl-d 3tl8-4 3iqd-d 6gii-d 3p6x-d 3a4z-2 2pg7-4 4gni-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: P450 monooxygenase

ヘテロ分子

51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.020, 79.550, 62.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.530, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	P450 monooxygenase / Cytochrome P450 sky32 (CYP163B3) 分子量: 49369.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: Acta 2897 / 遺伝子: sky32 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: F2YRY7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, 12% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9789 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月20日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→48.341 Å / Num. all: 36183 / Num. obs: 35636 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 25.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.57

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.9-2	0.367	4.62	28068	4846	1	94.8
2-2.1	0.268	6.98	27420	4150	1	98.1
2.1-2.2	0.184	8.97	23118	3449	1	99.7
2.2-2.3	0.176	9.64	16284	2783	1	96.1
2.3-2.4	0.133	12.59	17124	2446	1	99.6
2.4-2.5	0.121	14.06	14171	2031	1	100
2.5-3	0.092	17.56	45148	6691	1	99.5
3-3.5	0.061	26.79	22907	3385	1	99.7
3.5-4	0.052	32.77	12485	1904	1	99.5
4-5	0.043	38.39	13116	1906	1	99.7
5-6	0.044	34.75	5660	851	1	99.9
6-8	0.042	37.83	4767	686	1	99.9
8-10	0.037	41.19	1510	244	1	99.2
10-40	0.035	47.64	1732	264	1	98.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 36.93 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.34 Å
Translation	2.5 Å	48.34 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LOE

4loe

解像度: 1.9→48.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.2101 / WR_factor R_work: 0.1708 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8371 / SU B: 7.561 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.1634 / SU R_free: 0.1466 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	1784	5 %	RANDOM
R_work	0.1793	-	-	-
all	0.1814	35636	-	-
obs	0.1814	33891	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.32 Å² / B_iso mean: 24.0539 Å² / B_iso min: 7.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	-1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3403	0	109	418	3930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.258	2.003	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.274	5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.657	23.614	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.713	15	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.786	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.501	1.5	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.909	2	3575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.747	3	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.76	4.5	1372

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	121	-
R_work	0.319	2294	-
all	-	2415	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7011	-0.0667	-0.007	3.6354	-0.0235	2.4432	0.0352	-0.2378	-0.1298	0.492	-0.0278	-0.2211	0.1382	0.1623	-0.0075	0.1156	-0.038	-0.0364	0.0903	-0.0048	0.0616	17.7597	-14.5297	25.817
2	0.3901	0.3297	-0.041	2.5914	-0.083	0.702	-0.0054	0.1253	-0.0765	-0.2115	-0.0151	-0.0995	0.0443	0.0149	0.0205	0.0643	0.0001	0.0325	0.0971	-0.0069	0.0792	12.8334	-19.1187	0.2558
3	39.8403	14.5462	29.7031	5.209	11.3866	24.7402	2.0242	-1.9174	-2.9406	0.841	-0.7926	-1.0427	1.5996	-0.9025	-1.2317	0.2668	-0.0736	-0.1873	0.4102	0.6336	1.234	28.0044	-23.045	-2.2542
4	19.1309	1.2508	13.2935	1.8115	0.9335	11.4472	0.261	0.0216	-1.0459	-0.4566	0.055	-0.4663	-0.0493	-0.0593	-0.316	0.1709	0.0485	0.0942	0.0926	0.0342	0.2667	23.2048	-14.7781	-11.1772
5	0.7034	0.2071	-0.009	1.6662	-0.1192	0.5871	0.0532	-0.0075	-0.0319	0.1268	-0.0798	-0.0574	-0.0065	-0.0118	0.0266	0.0231	0.0005	-0.0031	0.0386	-0.0115	0.0428	10.3179	-21.6234	11.0805
6	8.1061	-8.4766	7.7557	120.5231	15.3127	4.718	0.447	-1.025	-0.0199	0.4703	-0.9769	1.5395	0.2538	-0.9657	0.5299	0.2785	-0.0835	0.0221	0.5048	-0.2566	0.4564	2.6099	-46.3895	-7.116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-14 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	167 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	188 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	217 - 416
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	417 - 423

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