PDB-4kz3: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with fragment...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kz3

タイトル

Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with fragment 44 (5-chloro-3-sulfamoylthiophene-2-carboxylic acid)

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC beta-lactamase / class C / hydrolase / cephalosporinase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Eidam, O. / Barelier, S. / Fish, I. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Increasing chemical space coverage by combining empirical and computational fragment screens.
著者: Barelier, S. / Eidam, O. / Fish, I. / Hollander, J. / Figaroa, F. / Nachane, R. / Irwin, J.J. / Shoichet, B.K. / Siegal, G.

履歴

登録	2013年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kz3.cif.gz	310.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kz3.ent.gz	251.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kz3_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kz3_full_validation.pdf.gz	460.9 KB	表示
XML形式データ	4kz3_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	4kz3_validation.cif.gz	55.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kz4C 4kz5C 4kz6C 4kz7C 4kz8C 4kz9C 4kzaC 4kzbC 1ke4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dpx-1 3ixb-2 4jxg-1 1ke3-1 6xfs-2 1ke4-2 3ixh-1 3bls-2 1llb-1 4e3m-2 1fco-2 1my8-2 2rcx-2 1l0e-2 2pu2-2 5joc-1 4old-1 1ke0-1 3bls-1 3ixb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.990, 77.360, 97.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.190, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / AmpC beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-377 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-1U1 / 5-chloro-3-sulfamoylthiophene-2-carboxylic acid 分子量: 241.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄ClNO₄S₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 865 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 1.7 M potassium phosphate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月28日

放射

モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.115869 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→29.6 Å / Num. obs: 88118 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 27.273 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 19.38

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.67-1.71		0.486	2.34	18054	6389	94.2
1.71-1.76		0.402	2.86	17574	6227	94.5
1.76-1.81		0.3	3.87	17084	6041	94.7
1.81-1.87		0.242	4.79	16639	5876	95.2
1.87-1.93		0.184	6.21	16188	5756	95.7
1.93-2		0.138	8.2	15717	5579	95.8
2-2.07		0.103	10.62	15284	5437	96.3
2.07-2.16		0.081	13.44	14677	5212	96.5
2.16-2.25		0.065	16.23	14108	5010	96.7
2.25-2.36		0.056	18.28	13621	4848	96.9
2.36-2.49		0.047	21.67	12837	4575	96.9
2.49-2.64		0.04	24.65	12107	4335	97.3
2.64-2.82		0.033	28.57	11535	4148	97.5
2.82-3.05		0.026	34.92	10483	3809	97.1
3.05-3.34		0.021	42.66	9625	3527	97.8
3.34-3.73		0.017	50.18	8512	3191	96.9
3.73-4.31		0.014	56.59	7937	2842	98.7
4.31-5.28		0.014	59.34	6815	2420	98.6
5.28-7.47		0.015	56.75	5298	1901	98.5
	7.47	0.015	63.74	2684	995	91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KE4

1ke4

解像度: 1.67→29.6 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.887 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1841	3204	3.64 %
R_work	0.1526	-	-
obs	0.1538	88111	96.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.78 Å² / B_iso mean: 21.8915 Å² / B_iso min: 6.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→29.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5596	0	31	865	6492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	5888
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.471	8068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.106	866
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1049
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.936	2147

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.67-1.6949	0.2718	150	0.2323	3585	3735	94
1.6949-1.7214	0.2794	111	0.2222	3654	3765	94
1.7214-1.7496	0.2277	103	0.2104	3602	3705	94
1.7496-1.7797	0.2398	142	0.2025	3611	3753	95
1.7797-1.8121	0.1929	142	0.186	3643	3785	95
1.8121-1.847	0.2165	142	0.1797	3598	3740	95
1.847-1.8846	0.2116	116	0.1805	3644	3760	95
1.8846-1.9256	0.1959	103	0.1758	3697	3800	96
1.9256-1.9704	0.2149	139	0.1663	3680	3819	96
1.9704-2.0197	0.2265	136	0.1591	3682	3818	96
2.0197-2.0743	0.1834	131	0.1545	3692	3823	96
2.0743-2.1353	0.1769	155	0.1466	3672	3827	97
2.1353-2.2042	0.1968	169	0.149	3682	3851	97
2.2042-2.2829	0.1952	127	0.153	3704	3831	97
2.2829-2.3743	0.2096	130	0.1515	3702	3832	97
2.3743-2.4823	0.1813	143	0.1532	3722	3865	97
2.4823-2.6131	0.207	146	0.1539	3763	3909	97
2.6131-2.7767	0.1907	156	0.156	3707	3863	98
2.7767-2.9909	0.1659	162	0.1528	3707	3869	97
2.9909-3.2916	0.181	157	0.1482	3736	3893	98
3.2916-3.767	0.1559	134	0.1324	3768	3902	97
3.767-4.7429	0.1557	171	0.1188	3802	3973	99
4.7429-29.6048	0.1646	139	0.1527	3854	3993	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4354	0.487	0.195	1.86	-0.2287	2.3797	0.1134	-0.352	-0.0327	0.248	-0.0708	0.1717	0.1875	-0.2265	-0.0383	0.1633	-0.0715	0.0311	0.1229	-0.0263	0.1235	18.45	-10.416	26.6278
2	1.704	-0.2084	-0.3315	3.6593	-0.5987	1.6825	-0.0058	0.2312	0.0851	-0.372	-0.0223	-0.1383	-0.0191	0.0538	0.03	0.1108	-0.022	0.01	0.1027	0.0018	0.0662	38.9991	7.8505	8.0445
3	2.1107	1.2574	0.3367	1.8764	0.0477	1.404	0.1016	-0.2558	0.0462	0.239	-0.1536	0.0205	0.0201	-0.019	0.0488	0.1226	-0.019	0.0107	0.0959	-0.0037	0.0749	30.723	-1.0154	23.0525
4	2.6848	-0.3871	0.4834	2.4259	0.6266	1.4358	-0.0643	-0.0146	-0.2396	-0.037	0.1362	-0.2388	0.2297	0.5462	-0.055	0.1353	0.0517	0.0229	0.3143	0.0076	0.1485	83.6266	-12.8161	21.9994
5	0.6867	0.0461	-0.2317	3.0846	0.0712	1.0124	-0.0231	-0.1581	0.0418	0.2453	0.0776	0.0154	-0.0631	0.0978	-0.0501	0.0981	-0.0289	-0.004	0.1504	0.002	0.0785	64.1901	9.7046	36.1049
6	1.0757	-1.0377	0.1683	1.7577	-0.3219	1.661	-0.032	0.0448	-0.0277	-0.089	0.0389	-0.0459	0.0837	0.1901	0.0009	0.0865	-0.0487	0.0117	0.1573	-0.0124	0.0997	71.777	-2.3541	23.4019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:66)	A	4 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 67:182)	A	67 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 183:361)	A	183 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 4:66)	B	4 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 67:182)	B	67 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 183:361)	B	183 - 361

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