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万見
- PDB-4kv5: scFv GC1009 in complex with TGF-beta1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kv5
タイトルscFv GC1009 in complex with TGF-beta1.
要素
  • Single-chain variable fragment GC1009
  • Transforming growth factor beta-1 proprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cysteine knot / Fab / TGF-beta receptor mimetic / TGF-beta / TGF-beta receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


frontal suture morphogenesis / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / positive regulation of primary miRNA processing / morphogenesis of a branching structure / negative regulation of skeletal muscle tissue development / embryonic liver development / regulation of striated muscle tissue development ...frontal suture morphogenesis / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / positive regulation of primary miRNA processing / morphogenesis of a branching structure / negative regulation of skeletal muscle tissue development / embryonic liver development / regulation of striated muscle tissue development / response to laminar fluid shear stress / heart valve morphogenesis / macrophage derived foam cell differentiation / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / regulation of protein import into nucleus / transforming growth factor beta complex / regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of macrophage cytokine production / cellular response to acetaldehyde / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / extracellular matrix assembly / type III transforming growth factor beta receptor binding / myofibroblast differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / odontoblast differentiation / positive regulation of exit from mitosis / salivary gland morphogenesis / negative regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / membrane protein intracellular domain proteolysis / positive regulation of extracellular matrix assembly / ATP biosynthetic process / negative regulation of myoblast differentiation / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / neural tube development / positive regulation of vasculature development / hyaluronan catabolic process / cell-cell junction organization / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / receptor catabolic process / response to salt / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / regulatory T cell differentiation / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of biomineral tissue development / type I transforming growth factor beta receptor binding / ureteric bud development / positive regulation of vascular permeability / oligodendrocyte development / positive regulation of mononuclear cell migration / response to vitamin D / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of interleukin-17 production / face morphogenesis / digestive tract development / response to cholesterol / sprouting angiogenesis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / chondrocyte differentiation / lymph node development / positive regulation of fibroblast migration / aortic valve morphogenesis / phosphate-containing compound metabolic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of fat cell differentiation / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to dexamethasone stimulus / neural tube closure / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / Syndecan interactions / negative regulation of cell cycle / inner ear development / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / negative regulation of phagocytosis / response to immobilization stress / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / defense response to fungus / hematopoietic progenitor cell differentiation / vasculogenesis / positive regulation of collagen biosynthetic process / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / response to progesterone / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of SMAD protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wei, R. / Moulin, A.G. / Mathieu, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Structures of a pan-specific antagonist antibody complexed to different isoforms of TGF beta reveal structural plasticity of antibody-antigen interactions.
著者: Moulin, A. / Mathieu, M. / Lawrence, C. / Bigelow, R. / Levine, M. / Hamel, C. / Marquette, J.P. / Le Parc, J. / Loux, C. / Ferrari, P. / Capdevila, C. / Dumas, J. / Dumas, B. / Rak, A. / ...著者: Moulin, A. / Mathieu, M. / Lawrence, C. / Bigelow, R. / Levine, M. / Hamel, C. / Marquette, J.P. / Le Parc, J. / Loux, C. / Ferrari, P. / Capdevila, C. / Dumas, J. / Dumas, B. / Rak, A. / Bird, J. / Qiu, H. / Pan, C.Q. / Edmunds, T. / Wei, R.R.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.num / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Transforming growth factor beta-1 proprotein
D: Transforming growth factor beta-1 proprotein
A: Transforming growth factor beta-1 proprotein
B: Transforming growth factor beta-1 proprotein
J: Single-chain variable fragment GC1009
H: Single-chain variable fragment GC1009
E: Single-chain variable fragment GC1009
G: Single-chain variable fragment GC1009


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,8668
ポリマ－157,8668
非ポリマー00
水00
1
C: Transforming growth factor beta-1 proprotein
D: Transforming growth factor beta-1 proprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6202
ポリマ－25,6202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
2
A: Transforming growth factor beta-1 proprotein
B: Transforming growth factor beta-1 proprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6202
ポリマ－25,6202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
3
J: Single-chain variable fragment GC1009


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6571
ポリマ－26,6571
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
4
H: Single-chain variable fragment GC1009


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6571
ポリマ－26,6571
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
5
E: Single-chain variable fragment GC1009


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6571
ポリマ－26,6571
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
6
G: Single-chain variable fragment GC1009


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6571
ポリマ－26,6571
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.188, 171.769, 109.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Transforming growth factor beta-1 proprotein


分子量: 12809.812 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 279-390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01137
#2: 抗体
Single-chain variable fragment GC1009


分子量: 26656.588 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami2 (DE3)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 16% PEG 4K, 0.1 M citrate, 4% 2-propanol , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30.96 Å / Num. all: 36102 / Num. obs: 36020 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.05-3.163.380.4671.9199.8
3.16-3.293.390.3912.3199.7
3.29-3.433.390.3612.4199.7
3.43-3.623.390.2842.9199.7
3.62-3.843.40.2224.1199.6
3.84-4.143.380.1884.1199.6
4.14-4.553.280.1216.8199.8
4.55-5.213.270.0948.8199.5
5.21-6.553.290.099.6199.7
6.55-30.963.20.05914.1198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→30.96 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.5 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3003 1925 5.63 %
Rwork0.2288 --
obs0.2329 34186 91.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.0874 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10542 0 0 0 10542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38414675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.243916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.07490.39131120.31942004X-RAY DIFFRACTION80
3.0749-3.1580.38111280.29352054X-RAY DIFFRACTION82
3.158-3.25080.37391270.28052159X-RAY DIFFRACTION86
3.2508-3.35570.34281320.28722216X-RAY DIFFRACTION89
3.3557-3.47550.37321330.2962230X-RAY DIFFRACTION89
3.4755-3.61440.36081420.28242346X-RAY DIFFRACTION92
3.6144-3.77870.31561440.24832394X-RAY DIFFRACTION96
3.7787-3.97750.36111380.26862337X-RAY DIFFRACTION93
3.9775-4.22620.35281410.26492351X-RAY DIFFRACTION93
4.2262-4.55160.28681440.20382402X-RAY DIFFRACTION96
4.5516-5.00810.27481430.19852396X-RAY DIFFRACTION95
5.0081-5.72910.24271450.19792439X-RAY DIFFRACTION97
5.7291-7.2040.33611490.2222476X-RAY DIFFRACTION97
7.204-31.71390.20451470.16672457X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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