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万見
- PDB-1tgj: HUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 3, CRYSTALLIZED FROM DIOXANE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tgj
タイトルHUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 3, CRYSTALLIZED FROM DIOXANE
要素TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 3
キーワードGROWTH FACTOR / MITOGEN / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine wall breakdown / detection of hypoxia / frontal suture morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / positive regulation of tight junction disassembly / response to laminar fluid shear stress / type II transforming growth factor beta receptor binding ...uterine wall breakdown / detection of hypoxia / frontal suture morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / positive regulation of tight junction disassembly / response to laminar fluid shear stress / type II transforming growth factor beta receptor binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / mammary gland development / cell-cell junction organization / transforming growth factor beta binding / digestive tract development / face morphogenesis / odontogenesis / positive regulation of filopodium assembly / Molecules associated with elastic fibres / lung alveolus development / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / inner ear development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of cell division / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ECM proteoglycans / salivary gland morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of stress fiber assembly / T-tubule / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / response to progesterone / cytokine activity / female pregnancy / positive regulation of protein secretion / growth factor activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / response to estrogen / Platelet degranulation / regulation of cell population proliferation / : / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / response to hypoxia / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-3 / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-3 / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Transforming growth factor beta-3 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mittl, P.R.E. / Priestle, J.P. / Gruetter, M.G.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of TGF-beta 3 and comparison to TGF-beta 2: implications for receptor binding.
著者: Mittl, P.R. / Priestle, J.P. / Cox, D.A. / McMaster, G. / Cerletti, N. / Grutter, M.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Crystal Structure of Human Transforming Growth Factor Beta 2 at 1.95 A Resolution
著者: Schlunegger, M.P. / Grutter, M.G.
履歴
登録1996年7月9日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status / software
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site / _software.name
改定 2.02024年4月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8232
ポリマ－12,7351
非ポリマー881
水1,38777
1
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 3
ヘテロ分子

A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6454
ポリマ－25,4692
非ポリマー1762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area2610 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.300, 49.300, 78.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-155-

HOH

21A-190-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 3 / TGF-BETA3


分子量: 12734.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ONE DIOXANE MOLECULE BOUND / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: STRAIN DEPOSITED AT DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN, MASCHENRODER WEG 1B, 3300 BRAUNSCHWEIG, GERMANY, ACCESSION NUMBER IS DSM 5658
遺伝子: HTGF-BETA3 / プラスミド: PPLMU / 遺伝子 (発現宿主): HTGF-BETA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LC137 / 参照: UniProt: P10600
#2: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM A SOLUTION CONTAINING 15 % DIOXANE. ONE DIOXANE MOLECULE IS BOUND ...THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM A SOLUTION CONTAINING 15 % DIOXANE. ONE DIOXANE MOLECULE IS BOUND IN THE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化pH: 5 / 詳細: 15% (V/V) DIOXANE, 100 MM SODIUM ACETATE, PH 5.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13-6 mg/mlprotein1drop
210 mMacetic acid1drop
315 %(v/v)dioxane1reservoir
4100 mMsodium acetate1reservoirpH5.0
51

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年12月16日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 6323 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.353 / % possible all: 37.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 37.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESデータ収集
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MADNESデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TGF-BETA2 (SCHLUNEGGER & GRUETTER)

解像度: 2→7 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.175 --
obs0.175 6127 76 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 6 77 973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.07
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.89
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.1 Å / % reflection obs: 37.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.89
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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