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- PDB-4kny: Crystal structure of the response regulator KdpE complexed to DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kny
タイトルCrystal structure of the response regulator KdpE complexed to DNA in an active-like conformation
要素
  • (Promoter DNA) x 2
  • KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / receiver domain / DNA-binding domain / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.945 Å
データ登録者Kumar, S. / Narayanan, A. / Yernool, D.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: An asymmetric heterodomain interface stabilizes a response regulator-DNA complex.
著者: Narayanan, A. / Kumar, S. / Evrard, A.N. / Paul, L.N. / Yernool, D.A.
履歴
登録2013年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
B: KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
Y: Promoter DNA
Z: Promoter DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4344
ポリマ－69,4344
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.140, 133.140, 133.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE


分子量: 25495.242 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0694, JW5096, kdpE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21866
#2: DNA鎖 Promoter DNA


分子量: 9025.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#3: DNA鎖 Promoter DNA


分子量: 9418.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.16 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10-15% PEG 4K, 0.1 M sodium acetate buffer (pH 5.5), 0.1 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→66.57 Å / Num. all: 26044 / Num. obs: 25980 / % possible obs: 99.75 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.95→3.05 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1352)精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZH4, 3ZQ7

1zh4

3zq7


解像度: 2.945→66.57 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 2011 7.74 %Random
Rwork0.2086 ---
obs0.2116 25980 99.8 %-
all-26044 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.945→66.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 981 0 25 4562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7636590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5371843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003691
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9451-3.01880.38631380.30031672X-RAY DIFFRACTION100
3.0188-3.10040.29771430.27431695X-RAY DIFFRACTION100
3.1004-3.19160.28861460.25551669X-RAY DIFFRACTION100
3.1916-3.29470.33741410.25581679X-RAY DIFFRACTION100
3.2947-3.41240.3271430.26831692X-RAY DIFFRACTION100
3.4124-3.5490.25651400.23521698X-RAY DIFFRACTION100
3.549-3.71050.25811400.2171698X-RAY DIFFRACTION100
3.7105-3.90610.28981410.20851696X-RAY DIFFRACTION100
3.9061-4.15080.22071410.19771707X-RAY DIFFRACTION100
4.1508-4.47130.2131460.18471715X-RAY DIFFRACTION100
4.4713-4.92110.22241440.17221722X-RAY DIFFRACTION100
4.9211-5.63290.22711450.19651741X-RAY DIFFRACTION100
5.6329-7.09550.28481490.22741763X-RAY DIFFRACTION100
7.0955-66.5870.20041540.18211822X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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