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- PDB-6qyc: Crystal structure of MtrC from Shewanella baltica OS185 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qyc
タイトルCrystal structure of MtrC from Shewanella baltica OS185
要素Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome / Membrane protein / greek key / multiheme
機能・相同性: / Decaheme cytochrome c component MtrC/MtrF N-terminal domain / Decahaem cytochrome, c-type, OmcA/MtrC / : / Outer membrane cytochrome MtrC/MtrF-like, domains II/IV / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / HEME C / Multiheme cytochrome MtrC
機能・相同性情報
生物種Shewanella baltica OS185 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Clarke, T.A. / Edwards, M.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilP01819X 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilL023733X 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: The Crystal Structure of a Biological Insulated Transmembrane Molecular Wire.
著者: Edwards, M.J. / White, G.F. / Butt, J.N. / Richardson, D.J. / Clarke, T.A.
履歴
登録2019年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family
B: Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family
C: Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,38843
ポリマ－192,3883
非ポリマー19,00040
水16,448913
1
A: Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,51915
ポリマ－64,1291
非ポリマー6,38914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,43514
ポリマ－64,1291
非ポリマー6,30513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,43514
ポリマ－64,1291
非ポリマー6,30513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.520, 291.500, 87.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family


分子量: 64129.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella baltica OS185 (バクテリア)
遺伝子: NCTC10735_02683 / 発現宿主: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) / 株 (発現宿主): MR-1 / 参照: UniProt: P0DSN4*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.4 M Sodium Acetate, 5% PEG 6000, 5% PEG 8000, 5% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.72001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.72001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→90.52 Å / Num. obs: 104279 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 50.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 1317009 / Scaling rejects: 3
反射 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 1.887 / Num. unique obs: 7485 / CC1/2: 0.475 / Rpim(I) all: 0.612 / Rrim(I) all: 1.986 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.29→87.2 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 5313 5.1 %
Rwork0.1826 --
obs0.185 104187 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.89 Å2 / Biso mean: 52.3964 Å2 / Biso min: 30.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→87.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13410 0 1306 914 15630
Biso mean--46.5 51.77 -
残基数----1817
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.29-2.3160.38711470.32853265341299
2.316-2.34330.36221750.29733172334798
2.3433-2.37190.31131910.27253155334696
2.3719-2.40190.30891580.25783111326996
2.4019-2.43350.30531550.25223193334897
2.4335-2.46680.34041580.24863275343399
2.4668-2.50210.31061880.238132663454100
2.5021-2.53940.28051910.220632393430100
2.5394-2.57910.27041800.215432873467100
2.5791-2.62140.30051730.216832883461100
2.6214-2.66660.26041960.211532713467100
2.6666-2.71510.28011610.209332803441100
2.7151-2.76730.30221620.218833063468100
2.7673-2.82380.27671550.216233113466100
2.8238-2.88520.26461880.218332663454100
2.8852-2.95230.27941590.220933073466100
2.9523-3.02620.26671860.218333013487100
3.0262-3.1080.25621650.219133073472100
3.108-3.19940.27831720.214532753447100
3.1994-3.30270.28431660.211933253491100
3.3027-3.42080.28261870.204333033490100
3.4208-3.55770.25191740.200833083482100
3.5577-3.71960.24221830.190133313514100
3.7196-3.91580.21542060.167133193525100
3.9158-4.16110.1871780.154433363514100
4.1611-4.48240.17731720.138133603532100
4.4824-4.93340.15492030.134333253528100
4.9334-5.64720.17591830.140433943577100
5.6472-7.11430.20512110.153533953606100
7.1143-87.26320.18151900.155536033793100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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