+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cog | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of kynurenine formamidase from Burkholderia cenocepacia | ||||||
![]() | KYNURENINE FORMAMIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / KYNURENINE FORMAMIDASE (KYNB) / EC 3.5.1.9 / AEROBIC TRYPTOPHAN DEGRADATION VIA ANTHRANILATE. | ||||||
機能・相同性 | ![]() arylformamidase / formamidase activity / arylformamidase activity / anthranilate metabolic process / tryptophan catabolic process to kynurenine / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Diaz-Saez, L. / Srikannathasan, V. / Zoltner, M. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Bacterial Kynurenine Formamidase Reveals a Crowded Binuclear-Zinc Catalytic Site Primed to Generate a Potent Nucleophile. 著者: Diaz-Saez, L. / Srikannathasan, V. / Zoltner, M. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 164 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 493.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 508.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 22890.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: J2315 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 7種, 1106分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CD / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K 詳細: 14 % (W/V) PEG 3350, 5 MM COCL2, 5 MM CDCL2, 5 MM MGCL2 AND 5 MM NICL2. 293 K. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月23日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→28.37 Å / Num. obs: 134904 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: KYNURENINE FORMAMIDASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 解像度: 1.6→134.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.414 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.874 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→134.84 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|