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- PDB-4kgg: Crystal structure of light mutant2 and dcr3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kgg
タイトルCrystal structure of light mutant2 and dcr3 complex
要素(Tumor necrosis factor ...) x 2
キーワードCytokine/Signaling Protein / LIGHT / DCR3 / TNF / TNFR / TNF14 / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / NEW HVEM / N-GLYCOSYLATION / MEMBRANE / SECRETED PROTEIN / CYTOKINE / IFN / JELLY-ROLL FOLD / BIND TNF RECEPTOR HVEM AND LTBR / LTBR / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / ATOMS-TO-ANIMALS: THE IMMUNE FUNCTION NETWORK / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / IMMUNE SYSTEM / Cytokine-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of T cell chemotaxis / T cell chemotaxis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / T cell homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation ...TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of T cell chemotaxis / T cell chemotaxis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / T cell homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / T cell proliferation / T cell costimulation / T cell activation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / immune response / signaling receptor binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor receptor 6B, N-terminal / : / Tumour necrosis factor / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. ...Tumor necrosis factor receptor 6B, N-terminal / : / Tumour necrosis factor / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Liu, W. / Bonanno, J.B. / Zhan, C. / Kumar, P.R. / Toro, R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN) / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Mechanistic basis for functional promiscuity in the TNF and TNF receptor superfamilies: structure of the LIGHT:DcR3 assembly.
著者: Liu, W. / Zhan, C. / Cheng, H. / Kumar, P.R. / Bonanno, J.B. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Structure summary
改定 1.22014年12月31日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7278
ポリマ－72,5054
非ポリマー1,2224
水81145
1
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子

C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子

C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,18124
ポリマ－217,51612
非ポリマー3,66512
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area40540 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area75630 Å2
手法PISA
2
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子

C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子

C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,07712
ポリマ－108,7586
非ポリマー2,3196
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area14060 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area45470 Å2
手法PISA
3
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子

D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子

D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 110 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,10412
ポリマ－108,7586
非ポリマー1,3466
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area13170 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area43460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.754, 148.754, 148.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

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Tumor necrosis factor ... , 2種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B / Decoy receptor 3 / DcR3 / Decoy receptor for Fas ligand / M68


分子量: 19044.217 Da / 分子数: 2 / 断片: 30-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF6B, DCR3, TR6, UNQ186/PRO212 / プラスミド: PMT-BIP-HIS-V5 / 発現宿主: DROSOPHILA (ハエ) / 参照: UniProt: O95407
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 / Herpes virus entry mediator ligand / HVEM-L / Herpesvirus entry mediator ligand / Tumor necrosis ...Herpes virus entry mediator ligand / HVEM-L / Herpesvirus entry mediator ligand / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 / membrane form / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 / soluble form


分子量: 17208.436 Da / 分子数: 2 / 断片: 83-240 / Mutation: R195S, V196N, W198F, K214E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF14, HVEML, LIGHT, UNQ391/PRO726 / プラスミド: PET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-PHYS / 参照: UniProt: O43557

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 47分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.49 %
結晶化温度: 290 K / pH: 7
詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris:HCl, 2.5 M Sodium Chloride, PH7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 27912 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 20.1429
反射 シェル解像度: 2.78→2.83 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 4.12 / Rsym value: 0.648 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4J6G

4j6g


解像度: 2.78→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 9.099 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23466 1398 5 %RANDOM
Rwork0.17814 ---
obs0.18087 26405 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.051 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4622 0 80 45 4747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194849
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9831.9716622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2693.00810011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6265600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46822.19210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.79315683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8671544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.781→2.853 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 111 -
Rwork0.266 1929 -
obs--99.56 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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