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- PDB-4k94: Crystal structure of KIT D4D5 fragment in complex with anti-Kit a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k94
タイトルCrystal structure of KIT D4D5 fragment in complex with anti-Kit antibody Fab19
要素
  • Fab19 heavy chain
  • Fab19 light chain
  • Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードIMMUNE SYSTEM / receptor tyrosine kinase (RTK) / Fab / Ig SF
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / stem cell factor receptor activity / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / Kit signaling pathway / positive regulation of dendritic cell cytokine production / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / immature B cell differentiation / mast cell differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell chemotaxis / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of mast cell cytokine production / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / germ cell migration / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / erythropoietin-mediated signaling pathway / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / tongue development / pigmentation / megakaryocyte development / Regulation of KIT signaling / stem cell population maintenance / mast cell degranulation / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cytokine binding / growth factor binding / somatic stem cell population maintenance / hemopoiesis / ectopic germ cell programmed cell death / spermatid development / T cell differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / response to cadmium ion / ovarian follicle development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SH2 domain binding / B cell differentiation / acrosomal vesicle / cell chemotaxis / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / erythrocyte differentiation / epithelial cell proliferation / stem cell differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / visual learning / Signaling by SCF-KIT / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / fibrillar center / cytoplasmic side of plasma membrane / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / male gonad development / cell-cell junction / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / protease binding / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Resheynyak, A.V. / Boggon, T.J. / Lax, I. / Schlessinger, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for KIT receptor tyrosine kinase inhibition by antibodies targeting the D4 membrane-proximal region.
著者: Reshetnyak, A.V. / Nelson, B. / Shi, X. / Boggon, T.J. / Pavlenco, A. / Mandel-Bausch, E.M. / Tome, F. / Suzuki, Y. / Sidhu, S.S. / Lax, I. / Schlessinger, J.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab19 heavy chain
H: Fab19 light chain
C: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2654
ポリマ－72,0443
非ポリマー2211
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area28620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.580, 48.980, 106.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Fab19 heavy chain


分子量: 24603.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 抗体 Fab19 light chain


分子量: 23396.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog


分子量: 24044.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / プラスミド: pFastBac / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 13% PEG 3350, 0.5 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 29794 / Num. obs: 24912 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.623 / % possible all: 64.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→45.495 Å / SU ML: 0.86 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 1257 5.05 %
Rwork0.198 --
obs0.1998 24910 84.4 %
all-29794 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.527 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3643 Å2-0 Å2-0.0513 Å2
2---1.1882 Å20 Å2
3---1.5524 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4690 0 14 109 4813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.776563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2711707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003835
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.49520.4024380.3103690X-RAY DIFFRACTION22
2.4952-2.60880.31311000.28281717X-RAY DIFFRACTION56
2.6088-2.74630.34271470.2812588X-RAY DIFFRACTION84
2.7463-2.91830.29871610.25483050X-RAY DIFFRACTION99
2.9183-3.14360.26981470.23623097X-RAY DIFFRACTION99
3.1436-3.45990.24211700.19043073X-RAY DIFFRACTION99
3.4599-3.96030.2091640.17713080X-RAY DIFFRACTION99
3.9603-4.98850.16461610.1473147X-RAY DIFFRACTION100
4.9885-45.50320.24111690.19993211X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51130.2107-0.59733.89211.33784.05040.0396-0.1128-0.3689-0.2752-0.0491-0.14810.84440.5713-0.05780.38410.1260.03320.22730.01010.224732.4455-12.81189.158
21.5105-0.27660.59011.8871-0.27551.3249-0.1210.57890.3019-1.2616-0.01640.1232-0.1222-0.03090.12311.3983-0.1239-0.27180.50640.03310.355719.8859-0.0173-23.0815
31.1683-0.05240.38812.86160.30914.1428-0.24590.23290.3481-0.53410.25420.3807-0.6634-0.29220.47710.5274-0.0916-0.00160.331-0.11390.200925.75313.058710.0773
40.3140.15330.48111.75271.22433.13580.18880.02170.1134-0.4492-0.12320.0126-0.80430.6592-0.09270.0984-0.18790.1020.3383-0.01640.13732.21918.885918.3986
50.62361.26470.16622.9461-0.15820.78020.0532-0.02190.0107-0.0615-0.0107-0.1281-0.78110.90060.06410.34-0.19090.03430.2597-0.06340.307733.48248.528110.2417
62.32010.3067-0.07553.5999-0.94583.17070.1541-0.2914-0.06520.13170.06640.4609-0.2117-0.0645-0.20750.1-0.0121-0.00270.1847-0.04820.144827.4050.466714.8329
72.6089-0.47531.74342.10070.29622.9984-0.17160.3267-0.0304-1.06830.25670.9534-0.7525-0.1543-0.05570.8121-0.0147-0.24040.22910.07160.637118.203213.7718-11.6307
83.1129-2.32990.35933.36721.64632.29880.30120.0751-0.5411-0.1229-0.36661.2342-0.2802-0.607-0.09450.681-0.0145-0.12140.28980.05960.508714.18146.2619-6.516
97.20233.25531.92054.81670.25463.8965-0.32480.2192-0.1157-0.85060.13641.4129-0.4081-0.6790.22230.60390.0545-0.14980.3756-0.01920.790912.12029.793-10.6556
104.64310.87250.62842.92510.2531.5058-0.0943-0.2232-0.2966-0.09920.0946-0.2890.35460.6108-0.04670.004-0.0357-0.02610.4560.02940.243937.3869-4.318835.7831
112.3301-0.0011-1.26470.918-0.50511.8125-0.04850.01230.39650.56290.23670.2689-0.36460.2566-0.12890.14140.07030.02550.1763-0.01430.188614.6101-4.169546.9054
123.89123.5156-2.4754.277-2.14451.5859-0.23621.1019-0.4788-0.29220.64850.20250.3778-0.4224-0.03450.41430.1179-0.110.4956-0.05430.7014-9.60021.931547.8635
134.1215-3.9183-4.15485.91273.60284.25-0.5958-1.1386-0.370.96830.3906-0.63380.59171.3818-0.10440.32340.07650.05370.53530.21920.610614.1204-3.446249.9036
141.4906-0.7418-2.93162.91410.39257.02110.3265-0.40030.53280.9556-0.04440.5585-0.7062-0.5143-0.19790.330.05910.09120.3146-0.05680.37371.6825-0.573654.2174
159.70430.186-3.44881.52190.61633.45660.3487-0.46440.94010.27590.2950.8111-0.5998-0.8085-0.1330.29080.28810.08260.57110.15780.6575-8.2283-3.890349.6951
169.55150.6545-6.03851.67120.91184.96750.15440.6460.26960.23010.40630.6971-0.5668-1.5164-0.25180.2270.09540.04670.48460.06850.3397-3.3325-7.226646.5259
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN L AND (RESSEQ 3:108)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN L AND (RESSEQ 109:212)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN H AND (RESSEQ 1:17)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN H AND (RESSEQ 18:83)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN H AND (RESSEQ 84:100)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN H AND (RESSEQ 101:113)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN H AND (RESSEQ 114:147)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H AND (RESSEQ 148:171)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN H AND (RESSEQ 172:217)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESSEQ 310:387)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESSEQ 388:444)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 445:457)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 458:471)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 472:482)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 483:494)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 495:508)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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