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- PDB-4k9e: Crystal structure of KIT D4D5 fragment in complex with anti-Kit a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k9e
タイトルCrystal structure of KIT D4D5 fragment in complex with anti-Kit antibodies Fab79D
要素
  • Mast/stem cell growth factor receptor Kit
  • heavy chain
  • light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / receptor tyrosine kinase (RTK) / IgG / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / stem cell factor receptor activity / Kit signaling pathway / tongue development / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / positive regulation of dendritic cell cytokine production / mast cell chemotaxis / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell differentiation / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of mast cell cytokine production / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / immature B cell differentiation / germ cell migration / erythropoietin-mediated signaling pathway / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of KIT signaling / megakaryocyte development / mast cell degranulation / growth factor binding / stem cell population maintenance / pigmentation / positive regulation of Notch signaling pathway / cytokine binding / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / hemopoiesis / T cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / spermatid development / ectopic germ cell programmed cell death / response to cadmium ion / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / ovarian follicle development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / acrosomal vesicle / SH2 domain binding / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / B cell differentiation / epithelial cell proliferation / erythrocyte differentiation / cell chemotaxis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / stem cell differentiation / Signaling by SCF-KIT / receptor protein-tyrosine kinase / visual learning / cytoplasmic side of plasma membrane / male gonad development / fibrillar center / cytokine-mediated signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell junction / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / protease binding / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Resheynyak, A.V. / Boggon, T.J. / Lax, I. / Schlessinger, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for KIT receptor tyrosine kinase inhibition by antibodies targeting the D4 membrane-proximal region.
著者: Reshetnyak, A.V. / Nelson, B. / Shi, X. / Boggon, T.J. / Pavlenco, A. / Mandel-Bausch, E.M. / Tome, F. / Suzuki, Y. / Sidhu, S.S. / Lax, I. / Schlessinger, J.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: light chain
H: heavy chain
C: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7464
ポリマ－72,5253
非ポリマー2211
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area29660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.577, 94.577, 320.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: 抗体 light chain


分子量: 24940.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 heavy chain


分子量: 23539.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog


分子量: 24044.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 20-24% PEG 400, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 24161 / Num. obs: 24161 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.7-2.85.20.518189.8
2.8-2.916.60.5199.2
2.91-3.0480.419199.7
3.04-3.28.50.282199.8
3.2-3.48.40.182199.8
3.4-3.668.50.116199.9
3.66-4.038.50.087199.9
4.03-4.628.40.068199.9
4.62-5.818.20.0661100
5.81-507.70.04199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→44.779 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 1138 5.17 %
Rwork0.2467 --
obs0.2484 22010 90.82 %
all-22010 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.4151 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4856 0 14 79 4949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7566786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0461757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.8280.4389420.3279783X-RAY DIFFRACTION28
2.828-2.9770.35471590.33922709X-RAY DIFFRACTION97
2.977-3.16350.36021640.31252796X-RAY DIFFRACTION100
3.1635-3.40770.28941400.27232825X-RAY DIFFRACTION100
3.4077-3.75050.2631580.24112828X-RAY DIFFRACTION100
3.7505-4.29280.27521730.21672868X-RAY DIFFRACTION100
4.2928-5.4070.19721430.19672927X-RAY DIFFRACTION100
5.407-44.78540.29231590.23683136X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.45960.3192-0.00071.33380.76495.341-0.58810.7494-0.0422-0.66650.4357-0.1669-0.62581.13290.16450.8197-0.2589-0.00580.6409-0.03520.308918.107-11.8473-30.7038
24.33341.2034-0.961.9578-0.54715.3318-0.415-0.086-0.2824-0.32780.1743-0.11130.7636-0.33970.17470.41940.01850.16390.34540.0320.436353.42011.3519-28.1874
36.53173.1131.86322.83310.33723.807-0.342-0.2402-0.2646-0.14340.0734-0.1553-0.43560.62230.17060.2494-0.019-0.03360.3529-0.0230.243918.4475-12.0358-7.988
43.20441.9061-0.5012.1110.11070.0151-0.2548-0.24660.6571-0.69070.2387-0.11610.46490.4978-0.0270.3265-0.03280.08770.5683-0.03890.3935.6408-0.0001-16.25
52.38930.929-0.16752.7828-1.58115.3985-0.0975-0.51470.3314-0.2015-0.0999-0.3654-0.1677-0.63080.05450.18430.04950.02260.6246-0.01450.423344.0389.6489-16.8604
66.1962.76571.59293.4060.42424.8965-0.5541-0.16150.3858-0.3410.18460.149-0.0148-0.36660.1590.32060.0641-0.09540.1848-0.15170.3409-3.4668-20.7219-16.0686
70.411-0.8375-0.69073.93210.19471.20450.23040.0274-0.0397-0.163-0.04280.2782-0.3259-0.0361-0.20250.22510.1011-0.11730.6514-0.1970.427-11.05965.3649-7.9446
85.02050.63460.50346.0354-2.07915.42290.14710.41330.06720.31720.15920.4816-0.17380.3564-0.39420.43780.14750.01850.7609-0.10450.298-12.654917.4675-6.7019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN L AND (RESID 2:109)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN L AND (RESID 110:227)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN H AND (RESID 0:100)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN H AND (RESID 101:138)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN H AND (RESID 139:219)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 311:387)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESID 388:457)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 458:509)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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