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万見
- PDB-6sms: Vegetative Insecticidal Protein 1 (Vip1Ac1) from Bacillus thuring... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sms
タイトルVegetative Insecticidal Protein 1 (Vip1Ac1) from Bacillus thuringiensis
要素Vegetative Insecticidal Protein 1Ac from Bacillus Thuringiensis
キーワードTOXIN / Bacillus thuringiensis / vegetative state insecticidal protein / VIP1 / bacterial toxin
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Al-Maslookhi, H.S. / Berry, C. / Jones, D.
引用ジャーナル: Not Published
タイトル: Bacillus thuringiensis insecticidal protein 1Ac, VIP1Ac
著者: Rizkallah, P.J. / Al Maslookhi, H.S.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vegetative Insecticidal Protein 1Ac from Bacillus Thuringiensis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5068
ポリマ－81,1041
非ポリマー4037
水15,475859
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area30520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.170, 176.240, 48.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1683-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Vegetative Insecticidal Protein 1Ac from Bacillus Thuringiensis


分子量: 81103.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M MES, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→51.29 Å / Num. obs: 154836 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.47→1.51 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.642 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 11339 / CC1/2: 0.605 / Rpim(I) all: 0.656 / Rrim(I) all: 1.772 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.47→51.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / WRfactor Rfree: 0.1909 / WRfactor Rwork: 0.151 / FOM work R set: 0.807 / SU B: 2.911 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.064 / SU Rfree: 0.0635 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1977 7752 5 %RANDOM
Rwork0.1562 ---
obs0.1583 147014 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.7 Å2 / Biso mean: 26.875 Å2 / Biso min: 6.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å2-0 Å20 Å2
2--0.35 Å2-0 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→51.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5714 0 20 860 6594
Biso mean--34.92 39.21 -
残基数----724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0136050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.6488217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4931.58512924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9535767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40725.34294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.364151089
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9461515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021150
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.45536037
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 569 -
Rwork0.321 10758 -
all-11327 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50760.43290.36662.16451.08881.4364-0.06870.1885-0.1044-0.06750.0152-0.01730.00960.03810.05350.008-0.00590.01940.02580.00030.130832.932922.48777.7428
21.1356-0.7373-0.13921.03970.09930.40690.09620.08060.0164-0.0499-0.11740.12910.0095-0.1060.02120.00990.00090.01230.0381-0.00490.1814.878461.182726.7492
31.8119-0.08770.32172.16460.30232.02730.04670.0494-0.0212-0.0151-0.0692-0.08540.12260.12360.02240.0090.00860.01160.0119-0.00260.124236.939251.302732.4821
43.31960.43460.51181.52190.3490.9135-0.0530.00530.1114-0.09390.0635-0.0537-0.06380.0839-0.01040.0243-0.00660.00010.0094-0.01020.193544.750776.045239.151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 260
2X-RAY DIFFRACTION2A261 - 483
3X-RAY DIFFRACTION3A483 - 591
4X-RAY DIFFRACTION4A592 - 739

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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