PDB-4k2e: HlyU from Vibrio cholerae N16961

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k2e

タイトル

HlyU from Vibrio cholerae N16961

要素

Transcriptional activator HlyU

キーワード

TRANSCRIPTION ACTIVATOR / Winged helix / DNA-binding domain / Hemolysin gene transcription regulator / DNA / S-HYDROXYCYSTEINE

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Mukherjee, D. / Datta, A.B. / Chakrabarti, P.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of HlyU, the hemolysin gene transcription activator, from Vibrio cholerae N16961 and functional implications.
著者: Mukherjee, D. / Datta, A.B. / Chakrabarti, P.

履歴

登録	2013年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k2e.cif.gz	169.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k2e.ent.gz	136.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ooiC 3jthS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cuo-1 4ooi-2 4ooi-1 1t2u-d 3ka8-d 3t1n-2 3coj-2 2v70-2 2co5-d 1ds9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional activator HlyU

B: Transcriptional activator HlyU

C: Transcriptional activator HlyU

D: Transcriptional activator HlyU

51 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional activator HlyU

B: Transcriptional activator HlyU

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transcriptional activator HlyU

D: Transcriptional activator HlyU

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.334, 42.188, 88.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional activator HlyU 分子量: 12737.831 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: hlyU, VC_0678 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52695
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.05M potassium phosphate monobasic, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月16日
放射	モノクロメーター: Osmic Confocal Max-Flux optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→26.531 Å / Num. all: 36629 / Num. obs: 36262 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.75 % / B_iso Wilson estimate: 37.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.69 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JTH

3jth

解像度: 1.8→26.53 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 2 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2395	1816	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1894	-	-	-
all	0.1919	36629	-	-
obs	0.1919	36213	98.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2984	0	0	203	3187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3024
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.303	4062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.052	1174
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	490
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	506

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8-1.8487	0.324	134	0.3247	2664	100
1.8487-1.9031	0.3492	139	0.3023	2648	100
1.9031-1.9645	0.2947	118	0.2823	2671	100
1.9645-2.0347	0.3022	134	0.2448	2643	100
2.0347-2.1161	0.2602	141	0.215	2680	100
2.1161-2.2123	0.2944	135	0.2029	2634	100
2.2123-2.3289	0.2715	152	0.1944	2616	99
2.3289-2.4747	0.2539	141	0.2038	2665	99
2.4747-2.6656	0.2897	141	0.2128	2639	99
2.6656-2.9336	0.252	141	0.2069	2649	99
2.9336-3.3574	0.2208	149	0.1901	2658	99
3.3574-4.2272	0.2033	135	0.1529	2650	97
4.2272-26.534	0.2218	156	0.1707	2580	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7874	0.0178	1.5238	6.4594	1.1698	6.0715	-0.1118	-0.3535	-0.2167	0.5673	0.2507	0.2819	-0.1057	-0.3917	-0.1733	0.3104	-0.0012	0.0075	0.2827	-0.0336	0.2429	17.2292	11.1935	0.4196
2	2.1295	2.3784	1.1656	3.8406	-0.6138	8.743	0.0405	0.5275	0.3211	-1.15	0.2352	-0.115	-0.4824	-0.1229	-0.1968	0.4966	0.0458	0.0571	0.3392	0.0218	0.3162	21.0715	15.1729	-13.8146
3	8.6855	-0.6102	2.6409	3.5085	2.3653	6.5439	0.0715	0.7687	-0.0407	-1.0458	-0.1299	0.2195	0.4988	-0.3311	-0.098	0.6429	-0.067	-0.083	0.3535	0.0317	0.346	12.3232	8.1554	-14.9189
4	7.6921	3.4085	1.4742	5.2424	5.0681	5.7503	-0.551	0.1419	0.7927	-0.1408	-0.0867	1.5584	-0.6226	-0.7461	0.6438	0.4269	0.0318	-0.047	0.5703	0.0251	0.4493	9.1556	17.8754	1.5841
5	8.0105	-0.1985	-0.9446	5.6957	2.6905	1.7862	-0.1163	1.369	1.4702	-1.1436	0.081	0.8572	-0.7442	-0.1946	-0.1087	0.5338	-0.0301	-0.1039	0.5482	0.1294	0.4912	20.2963	22.8273	2.2993
6	4.6897	0.158	1.2149	5.6031	-0.7307	8.5351	0.3531	-0.2304	-0.4885	0.3863	-0.0171	0.2266	0.4716	-0.4109	-0.3558	0.3435	-0.0126	-0.0205	0.3137	0.0314	0.2698	22.0389	10.6567	20.9225
7	5.0004	-4.5342	6.2555	4.5941	-5.7985	8.2596	-0.271	-0.0823	0.1548	0.6807	0.0187	-0.6449	-0.4545	0.4255	0.1435	0.3617	-0.0038	0.0112	0.3616	0.0153	0.3164	29.9563	17.1158	17.3614
8	5.2926	0.2433	-2.8482	8.8131	-0.1585	2.6378	-0.2703	-1.0961	0.4402	0.8712	0.2732	0.0089	-0.5628	-0.4264	-0.0124	0.3824	0.0903	0.0614	0.4283	-0.0525	0.2645	22.5455	22.0396	25.7562
9	9.7656	1.3712	3.731	3.3972	5.4286	8.9497	0.144	-0.8513	-0.3006	0.2691	-0.3573	0.7766	0.8999	-0.7394	0.2818	0.4393	0.0238	0.0566	0.6051	0.0968	0.3494	10.9771	12.886	11.6703
10	6.9882	0.5253	0.3754	6.4695	0.1612	7.684	-0.1971	0.2614	0.4583	-0.9188	-0.0089	-0.0381	-0.1996	0.0744	0.1011	0.33	0.024	-0.0314	0.3422	0.0016	0.2494	-12.1581	26.948	35.8595
11	5.4117	1.4049	-1.6774	5.3456	-0.5491	4.9111	-0.2346	-0.1565	-0.0788	-0.0005	0.137	0.9409	1.1897	-1.3336	0.0785	0.4762	-0.1751	-0.0185	0.4966	0.0323	0.4	-25.1896	17.0072	42.5864
12	4.1359	-3.4516	3.4321	8.0792	-2.0094	3.4564	0.2685	-0.2662	-0.5294	-0.5174	0.1572	0.2298	0.585	-0.0079	-0.5212	0.5649	-0.0496	-0.0976	0.4522	0.0234	0.3477	-11.4832	16.7567	30.4011
13	9.2479	-2.7429	-0.0499	1.9652	0.3895	3.6587	-0.0782	-0.5923	-1.0591	-0.1977	-0.0938	0.7838	1.2747	0.2379	0.0684	0.5186	0.0034	0.012	0.3479	0.0145	0.372	-5.1624	18.1849	40.0866
14	8.7053	0.2928	-4.0073	9.4801	1.2136	8.4481	0.1555	0.4708	1.17	-0.1656	0.0243	0.3288	0.0481	0.0224	-0.2196	0.3055	-0.0759	-0.0482	0.3593	0.0827	0.394	-1.548	34.2972	30.8769
15	8.5604	-1.6769	-2.6549	2.8891	0.2824	9.6209	0.632	1.1178	1.7993	-1.1096	-0.3558	-1.0945	-1.4139	-0.1634	-0.0446	0.7528	0.018	0.0246	0.5912	0.2643	0.7477	5.4369	38.0778	24.3331
16	4.6872	-4.2922	1.7007	4.1156	-2.1133	2.9483	-0.1864	-0.8343	0.8884	0.4893	-0.1702	-0.3174	-1.559	0.1801	0.449	0.7405	-0.1164	-0.0829	0.574	-0.0269	0.555	7.0532	34.6619	36.9533
17	3.298	2.433	-3.3479	8.2342	-2.6017	3.4647	-0.0427	-0.2658	-0.2231	-0.6037	-0.3324	-1.385	-0.2764	0.9925	0.1842	0.5145	-0.019	0.0981	0.6414	0.1292	0.5659	12.6004	30.2779	27.3149
18	3.6285	-2.3481	-0.2385	8.4303	3.4843	2.9908	0.1667	0.7846	-0.0931	-0.9777	-0.137	0.4506	0.0539	0.1877	-0.0104	0.584	-0.0621	-0.0659	0.4801	0.0392	0.3476	-6.9647	25.5469	25.089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 11:46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 47:70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 71:89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 90:105 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 14:28 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 29:57 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 58:71 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 72:89 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 90:105 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 11:40 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESID 41:89 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESID 90:105 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESID 14:28 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESID 29:40 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESID 41:57 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESID 58:71 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESID 72:89 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESID 90:105 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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