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- PDB-4jvw: IgM C4-domain from mouse -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvw
タイトルIgM C4-domain from mouse
要素Ig mu chain C region secreted form
キーワードPROTEIN BINDING / Immunoglobulin M / antibody / oligomerization / Immunoglobulin fold / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / IgM B cell receptor complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / B cell receptor complex / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of B cell activation / B cell affinity maturation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin ...CD22 mediated BCR regulation / IgM B cell receptor complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / B cell receptor complex / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of B cell activation / B cell affinity maturation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / regulation of cell morphogenesis / regulation of immunoglobulin production / B cell activation / B cell proliferation / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of B cell proliferation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / MAPK cascade / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of MAPK cascade / blood microparticle / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant mu
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mueller, R. / Graewert, A.M. / Kern, T. / Madl, T. / Peschek, J. / Sattler, M. / Groll, M. / Buchner, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: High-resolution structures of the IgM Fc domains reveal principles of its hexamer formation.
著者: Muller, R. / Grawert, M.A. / Kern, T. / Madl, T. / Peschek, J. / Sattler, M. / Groll, M. / Buchner, J.
履歴
登録2013年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig mu chain C region secreted form
B: Ig mu chain C region secreted form
C: Ig mu chain C region secreted form
D: Ig mu chain C region secreted form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9744
ポリマ－50,9744
非ポリマー00
水7,710428
1
A: Ig mu chain C region secreted form
D: Ig mu chain C region secreted form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4872
ポリマ－25,4872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10920 Å2
手法PISA
2
B: Ig mu chain C region secreted form
C: Ig mu chain C region secreted form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4872
ポリマ－25,4872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.156, 41.207, 67.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-692-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 900
2114B1 - 900
3114C1 - 900
4114D1 - 900

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.858621, 0.512386, 0.015177), (-0.511797, -0.85855, 0.030903), (0.028864, 0.018766, 0.999407)25.53759, 58.69688, -34.34932
3given(0.770901, -0.169418, -0.614011), (0.424042, -0.582805, 0.6932), (-0.47529, -0.794755, -0.377445)30.62411, 6.89823, 57.58217
4given(-0.77048, -0.144965, -0.620762), (-0.633571, 0.2816, 0.720617), (0.070343, 0.948518, -0.308813)42.45343, 29.83218, -12.84653

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要素

#1: タンパク質
Ig mu chain C region secreted form


分子量: 12743.415 Da / 分子数: 4 / 断片: uno residues 324-436 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igh-6 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01872
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M HEPES, 15% PEG 8000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月15日
放射モノクロメーター: Scanning emission monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 31721 / Num. obs: 31721 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JVU

1jvu


解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.441 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23415 1537 5.1 %RANDOM
Rwork0.19756 ---
all0.213 28566 --
obs0.19946 28566 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.083 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å20 Å20.28 Å2
2--1.85 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3357 0 0 428 3785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193459
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.9684746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7433.0027454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1445425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6624.266143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.68615527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0081515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02733
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1577 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL1.120.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.840.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.910.5
4DMEDIUM POSITIONAL1.330.5
1AMEDIUM THERMAL3.622
2BMEDIUM THERMAL3.242
3CMEDIUM THERMAL2.92
4DMEDIUM THERMAL3.812
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 86 -
Rwork0.254 1856 -
obs--84.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5248-0.1856-0.11010.38970.60711.16430.02690.04720.0367-0.0239-0.0554-0.029-0.0684-0.0910.02850.02360.0096-0.0130.01130.0020.03029.786128.657910.391
20.4266-0.12390.5091.1263-0.61383.41380.0307-0.00070.10150.0286-0.038-0.0649-0.0172-0.00760.00730.020.01890.01830.02770.02030.058330.168118.492543.6665
30.6425-0.2422-0.06011.93780.17480.06430.06490.05420.0208-0.0762-0.064-0.1495-0.0515-0.02-0.00090.04460.0168-0.00450.03060.01720.024815.567528.33945.5893
42.2085-0.83530.40532.08880.51530.9960.0648-0.1593-0.02360.197-0.0499-0.0339-0.04160.024-0.01490.0586-0.0365-0.00310.03410.01380.0327.726526.688812.3518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A449 - 556
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 734
3X-RAY DIFFRACTION2B448 - 556
4X-RAY DIFFRACTION2B601 - 702
5X-RAY DIFFRACTION3C449 - 556
6X-RAY DIFFRACTION3C601 - 711
7X-RAY DIFFRACTION4D450 - 556
8X-RAY DIFFRACTION4D601 - 681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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