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Yorodumi- PDB-4p2t: Crystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSH... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p2t | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) protease in complex with a dimer disruptor | ||||||||||||||||||||||||
Components | KSHV Protease | ||||||||||||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / protein-protein interaction inhibition / serine protease / inhibitor complex / beta barrel and alpha helices | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information assemblin / virion component => GO:0044423 / viral release from host cell / viral process / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | Human herpesvirus 8 | ||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.15 Å | ||||||||||||||||||||||||
Authors | Gable, J.E. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | United States, 7items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2014 Title: Broad-spectrum allosteric inhibition of herpesvirus proteases. Authors: Gable, J.E. / Lee, G.M. / Jaishankar, P. / Hearn, B.R. / Waddling, C.A. / Renslo, A.R. / Craik, C.S. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p2t.cif.gz | 239.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p2t.ent.gz | 197.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p2t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4p3hC 3njqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 21321.240 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-194 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human herpesvirus 8 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O36607, UniProt: Q2HRB6*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-DMS / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 0.1M sodium acetate pH 7.8, 0.88 M NaH2PO4, 1.32 M K2HPO4, 0.2 M KCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 17, 2013 / Details: mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.09→74.753 Å / Num. all: 150688 / Num. obs: 22809 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/av σ(I): 6.026 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 150688 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Starting model: 3NJQ Resolution: 2.15→74.753 Å / FOM work R set: 0.8 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.49 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 202.94 Å2 / Biso mean: 42.73 Å2 / Biso min: 6.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→74.753 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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