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万見
- PDB-4jvv: Crystal structure of the evolved variant of the computationally d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvv
タイトルCrystal structure of the evolved variant of the computationally designed serine hydrolase, OSH55.4_H1, covalently bound with diisopropyl fluorophosphate (DFP), Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR273
要素evolved variant of the computationally designed serine hydrolase
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR273 / diisopropyl fluorophosphate / OSH55.4_H1
機能・相同性Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.288 Å
データ登録者Kuzin, A. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Seetharaman, J. / Tong, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. ...Kuzin, A. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Seetharaman, J. / Tong, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Design of activated serine-containing catalytic triads with atomic-level accuracy.
著者: Rajagopalan, S. / Wang, C. / Yu, K. / Kuzin, A.P. / Richter, F. / Lew, S. / Miklos, A.E. / Matthews, M.L. / Seetharaman, J. / Su, M. / Hunt, J.F. / Cravatt, B.F. / Baker, D.
履歴
登録2013年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: evolved variant of the computationally designed serine hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9951
ポリマ－16,9951
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.153, 67.668, 37.537
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細monomer,18.7 kD,91.8%

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要素

#1: タンパク質 evolved variant of the computationally designed serine hydrolase


分子量: 16995.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 10
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: NH4Cl 0.1M, CAPS 0.1M, PEG400 40%, microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.288→50 Å / Num. obs: 7903 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 20.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1296精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JCA

4jca


解像度: 2.288→26.58 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.816 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 25.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 370 4.87 %random
Rwork0.192 ---
obs0.195 7594 95.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.09 Å2 / Biso mean: 31.035 Å2 / Biso min: 13.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.288→26.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1177 0 0 93 1270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1931629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.11451
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.288-2.6190.3091140.2142226234089
2.619-3.2980.3071280.20525192647100
3.298-26.5820.1891280.1772479260797
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.1245 Å / Origin y: -1.0919 Å / Origin z: 15.5821 Å
111213212223313233
T0.1914 Å20.0067 Å20.0096 Å2-0.2175 Å20.0198 Å2--0.1488 Å2
L2.3047 °20.1142 °20.266 °2-5.3235 °20.8697 °2--0.8947 °2
S0.0369 Å °0.023 Å °-0.0918 Å °-0.4521 Å °-0.0257 Å °0.0147 Å °-0.0567 Å °0.0293 Å °0.0065 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 159
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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