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Yorodumi- PDB-3tp4: Crystal Structure of engineered protein at the resolution 1.98A, ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tp4 | ||||||
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Title | Crystal Structure of engineered protein at the resolution 1.98A, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR128 | ||||||
Components | computational Design of Enzyme | ||||||
Keywords | Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / OR128 / OSH97 | ||||||
Function / homology | Function and homology information Glycosidases / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.979 Å | ||||||
Authors | Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Rajagopalan, S. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Baker, D. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Rajagopalan, S. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2014 Title: Design of activated serine-containing catalytic triads with atomic-level accuracy. Authors: Rajagopalan, S. / Wang, C. / Yu, K. / Kuzin, A.P. / Richter, F. / Lew, S. / Miklos, A.E. / Matthews, M.L. / Seetharaman, J. / Su, M. / Hunt, J.F. / Cravatt, B.F. / Baker, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tp4.cif.gz | 372.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tp4.ent.gz | 303.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tp4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/3tp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/3tp4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3v45C 4drtC 4essC 4etjC 4etkC 4f2vC 4jcaC 4jllC 4jvvC 2bvyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 50180.277 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pet29b / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: NaAcetate - 0.2M, NaCacodylate 0.1M, PEG8K - 30%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4C / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jun 17, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.979→30 Å / Num. obs: 154916 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.7 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 95.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2BVY Resolution: 1.979→29.256 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.928 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.979→29.256 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 0.7166 Å / Origin y: -5.9576 Å / Origin z: 2.5477 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |