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- PDB-4jca: Crystal Structure of the apo form of the evolved variant of the c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jca
タイトルCrystal Structure of the apo form of the evolved variant of the computationally designed serine hydrolase, OSH55.4_H1. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR273
要素serine hydrolase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
機能・相同性Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CITRIC ACID / RUBIDIUM ION
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.411 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Seetharaman, J. / Tong, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. ...Kuzin, A.P. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Seetharaman, J. / Tong, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Design of activated serine-containing catalytic triads with atomic-level accuracy.
著者: Rajagopalan, S. / Wang, C. / Yu, K. / Kuzin, A.P. / Richter, F. / Lew, S. / Miklos, A.E. / Matthews, M.L. / Seetharaman, J. / Su, M. / Hunt, J.F. / Cravatt, B.F. / Baker, D.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: serine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0863
ポリマ－17,8081
非ポリマー2782
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: serine hydrolase
ヘテロ分子

A: serine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1726
ポリマ－35,6162
非ポリマー5554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area2200 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.870, 66.490, 65.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 serine hydrolase / OSH55.4_H1


分子量: 17808.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 4.2
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: RbCl 0.1M, Sodium Citrate 0.1M, PEG 1000 40%, microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 11749 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 40.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1316精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ETJ

4etj


解像度: 2.411→29.396 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 276 4.54 %
Rwork0.1777 --
obs0.181 6074 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.411→29.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1189 0 14 30 1233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1331649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.971445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4107-3.03670.28851490.20052823X-RAY DIFFRACTION97
3.0367-29.39810.23381270.172975X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.9622 Å / Origin y: 1.3494 Å / Origin z: -18.8879 Å
111213212223313233
T0.3161 Å2-0.0157 Å2-0.0022 Å2-0.3275 Å20.0105 Å2--0.2524 Å2
L3.1555 °21.1086 °20.128 °2-4.243 °20.4998 °2--2.6159 °2
S-0.0104 Å °-0.1119 Å °0.0282 Å °0.216 Å °-0.0348 Å °0.1699 Å °-0.053 Å °-0.0928 Å °0.0252 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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