PDB-3ila: Crystal structure of rabbit ryanodine receptor 1 N-terminal domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ila

タイトル

Crystal structure of rabbit ryanodine receptor 1 N-terminal domain (9-205)

要素

Ryanodine receptor 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BETA TREFOIL / Calcium channel / Calcium transport / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Phosphoprotein / Receptor / S-nitrosylation / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / ryanodine receptor complex / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / cellular response to caffeine / skin development / organelle membrane / intracellularly gated calcium channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Lobo, P.A. / Van Petegem, F.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of the N-terminal domains of cardiac and skeletal muscle ryanodine receptors: insights into disease mutations.
著者: Lobo, P.A. / Van Petegem, F.

履歴

登録	2009年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ila.cif.gz	254.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ila.ent.gz	201.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ila.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ila_validation.pdf.gz	477.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ila_full_validation.pdf.gz	481.3 KB	表示
XML形式データ	3ila_validation.xml.gz	42.7 KB	表示
CIF形式データ	3ila_validation.cif.gz	59 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/3ila ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/3ila	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3im5C 3im6C 3im7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4v0k-2 3e0u-d 4jca-d 6bsx-4 5njk-5 5ap8-3 2gil-4 5y9v-2 1bnl-2 4kg4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Ryanodine receptor 1

B: Ryanodine receptor 1

C: Ryanodine receptor 1

D: Ryanodine receptor 1

E: Ryanodine receptor 1

F: Ryanodine receptor 1

G: Ryanodine receptor 1

H: Ryanodine receptor 1

I: Ryanodine receptor 1

196 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Ryanodine receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ryanodine receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ryanodine receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ryanodine receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Ryanodine receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Ryanodine receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Ryanodine receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Ryanodine receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Ryanodine receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.734, 155.705, 81.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ryanodine receptor 1 / RYR-1 / RyR1 / Skeletal muscle-type ryanodine receptor / Skeletal muscle calcium release channel 分子量: 21771.654 Da / 分子数: 9 / 断片: N-Terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RYR1 / プラスミド: pET28 HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 placI / 参照: UniProt: P11716

#1: タンパク質

Ryanodine receptor 1 / RYR-1 / RyR1 / Skeletal muscle-type ryanodine receptor / Skeletal muscle calcium release channel

分子量: 21771.654 Da / 分子数: 9 / 断片: N-Terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RYR1 / プラスミド: pET28 HMT / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 placI / 参照: UniProt: P11716

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15-25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M BisTris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月27日 / 詳細: Double Crystal Monochromator, mirrors
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 36063 / Num. obs: 32354 / % possible obs: 69.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 59.146 Å² / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 13.28
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique all: 1837 / R_sym value: 0.416 / % possible all: 45.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Ryanodine Receptor isoform 2

解像度: 2.9→48.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.868 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.823 / SU B: 52.997 / SU ML: 0.481 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.536 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31991	1736	5.1 %	RANDOM
R_work	0.27413	-	-	-
all	0.27653	34226	-	-
obs	0.27653	28582	93.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.53 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	-3.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9944	0	0	0	9944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	10079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.784	1.96	13697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.982	5	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.317	23.894	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.061	15	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.011	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	7291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.132	0.2	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.278	0.2	6571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.095	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.124	1.5	7056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.225	2	10665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.165	3	3505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.263	4.5	3032

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	89	-
R_work	0.293	1710	-
obs	-	-	67.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.074	0.1118	-1.0004	3.545	-1.0689	4.4058	-0.017	0.0456	0.1271	0.1542	-0.046	0.1891	-0.2102	-0.022	0.063	-0.4023	0.0166	-0.0385	-0.2792	-0.0339	-0.2861	-11.0024	8.3636	23.4148
2	3.2517	0.3623	-0.9096	2.7835	-1.4405	4.2586	-0.0886	0.0726	-0.225	0.0107	0.1095	-0.1705	-0.3432	0.1833	-0.0209	-0.3917	-0.0619	0.019	-0.26	-0.061	-0.3072	20.4395	5.7458	1.7602
3	2.0568	0.7093	0.3155	4.6668	2.0748	5.4032	-0.0149	-0.038	0.0045	0.0824	-0.1016	0.2288	0.2251	-0.2772	0.1165	-0.4326	-0.0478	-0.0397	-0.2727	0.0184	-0.353	-19.1337	-16.6121	1.407
4	2.225	-0.8283	0.371	6.9187	-1.9408	3.8966	-0.0351	0.0114	-0.0994	-0.0429	-0.09	-0.0519	-0.0865	-0.005	0.1251	-0.3244	-0.0217	0.0617	-0.3842	0.0025	-0.3554	-19.8068	-42.6004	25.0199
5	1.6288	0.02	0.4653	3.4339	0.972	3.7349	0.0813	-0.0213	-0.0013	0.1307	-0.087	-0.0576	0.1856	0.0577	0.0057	-0.3325	-0.0692	0.0076	-0.2863	0.0439	-0.366	-13.1427	-20.3041	49.6144
6	1.5895	0.5098	-0.33	4.6959	-1.016	3.3945	0.0603	-0.0173	0.0717	-0.0361	-0.0677	0.1128	-0.0986	-0.1158	0.0074	-0.3759	0.0056	0.0009	-0.3214	0.0149	-0.3511	22.2293	10.4692	49.8009
7	1.709	0.6666	-0.3347	5.3573	0.1246	3.6344	0.0718	-0.055	0.1232	0.1608	-0.0711	0.0202	0.432	-0.1651	-0.0007	-0.294	0.0009	-0.0549	-0.3461	-0.0026	-0.412	17.5126	-45.0793	52.2736
8	2.8066	-0.8076	1.0169	3.5887	-0.8974	3.4782	0.056	-0.0508	-0.1743	0.023	0.2724	0.4005	0.0009	0.0047	-0.3284	-0.4384	0.0503	0.0417	-0.3241	0.1185	-0.2214	16.5457	-18.6903	24.5892
9	3.3243	0.5516	0.1137	3.9852	-1.9679	3.6209	-0.0639	-0.0651	0.5505	-1.0366	-0.1492	0.3123	0.3947	0.3923	0.2131	-0.4902	0.0744	-0.0376	-0.4136	0.0649	-0.2805	19.2363	-44.1904	6.5785

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 205
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 205
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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