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- PDB-3zvs: Crystal structure of Archaemetzincin (AmzA) from Archaeoglobus fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zvs
タイトルCrystal structure of Archaemetzincin (AmzA) from Archaeoglobus fulgidus at 1.4 A resolution complexed with malonate
要素ARCHAEMETZINCIN
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEASE / PROTEASE / METZINCIN / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M54, archaemetzincin, archaeal/bacterial / Peptidase M54, archaemetzincin / Peptidase family M54 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Archaemetzincin
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.396 Å
データ登録者Graef, C. / Schacherl, M. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Archaemetzincin Reveal a Moldable Substrate-Binding Site.
著者: Graef, C. / Schacherl, M. / Waltersperger, S. / Baumann, U.
履歴
登録2011年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references / Other
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARCHAEMETZINCIN
B: ARCHAEMETZINCIN
C: ARCHAEMETZINCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,53913
ポリマ－53,7393
非ポリマー80110
水14,052780
1
A: ARCHAEMETZINCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2485
ポリマ－17,9131
非ポリマー3354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ARCHAEMETZINCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1464
ポリマ－17,9131
非ポリマー2333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ARCHAEMETZINCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1464
ポリマ－17,9131
非ポリマー2333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.302, 63.490, 64.533
Angle α, β, γ (deg.)71.39, 86.68, 82.67
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ARCHAEMETZINCIN


分子量: 17912.850 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 解説: DSM 4304 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29917, 加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 18 % PEG 3350 0.2 M SODIUM MALONATE PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→31.54 Å / Num. obs: 96247 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 12.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XHQ

2xhq
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.396→31.542 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1636 1999 2.1 %
Rwork0.1437 --
obs0.1441 96244 91.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.038 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5357 Å2-3.6061 Å2-1.8012 Å2
2--1.9246 Å20.9687 Å2
3----1.3889 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.396→31.542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3711 0 34 780 4525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4345312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.781498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3957-1.44560.24961960.22658355X-RAY DIFFRACTION81
1.4456-1.50350.22711840.19489535X-RAY DIFFRACTION93
1.5035-1.57190.212000.1769536X-RAY DIFFRACTION93
1.5719-1.65470.20192080.15949650X-RAY DIFFRACTION94
1.6547-1.75840.18712030.15139638X-RAY DIFFRACTION94
1.7584-1.89420.16752050.14619536X-RAY DIFFRACTION93
1.8942-2.08480.18731990.14399492X-RAY DIFFRACTION92
2.0848-2.38630.15181930.13429428X-RAY DIFFRACTION92
2.3863-3.00620.16242110.13679483X-RAY DIFFRACTION93
3.0062-31.55010.12462000.12789592X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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