PDB-4axq: CRYSTAL STRUCTURE OF ARCHAEMETZINCIN (AMZA) FROM ARCHAEOGLOBUS FU...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4axq

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF ARCHAEMETZINCIN (AMZA) FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS AT 1.4 A RESOLUTION

要素

ARCHAEMETZINCIN

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / PROTEASE / METZINCIN / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Graef, C. / Schacherl, M. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Archaemetzincin Reveal a Moldable Substrate-Binding Site.
著者: Graef, C. / Schacherl, M. / Waltersperger, S. / Baumann, U.

履歴

登録	2012年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2012年6月27日	ID: 2XHQ
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4axq.cif.gz	112.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4axq.ent.gz	89.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4axq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/4axq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/4axq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zvsC 4a3wC 2x7mS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xwx-d 5boa-6 4koy-d 2beb-1 6v8s-11 2d1o-1 1svw-2 6h1n-d 3wiy-2 1r2q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ARCHAEMETZINCIN

ヘテロ分子

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.339, 88.339, 50.275
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	ARCHAEMETZINCIN 分子量: 18195.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 解説: DSM-4304 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O29917, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THREE RESIDUES AT THE N-TERMINUS ARE A REMAINDER OF THE CLEAVED 6XHIS TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.88 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→25.4 Å / Num. obs: 38202 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.77
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X7M

2x7m

解像度: 1.4→25.409 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.13 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: PHENIX.REFINE 1.8-1069 USED, WITH NEW BULK-SOLVENT AND ANISOTROPIC SCALING ALGORITHM GRID STEP FACTOR IN BULK SOLVENT CORRECTION 4.00.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1864	2021	5.3 %
R_work	0.1641	-	-
obs	0.1652	38201	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→25.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1273	0	2	290	1565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1350
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.23	1835
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.088	517
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	237

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4351	0.2617	140	0.2353	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4351-1.4738	0.2395	140	0.2035	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4738-1.5172	0.2319	142	0.1849	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5172-1.5662	0.2396	143	0.1718	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5662-1.6221	0.2157	143	0.1622	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6221-1.6871	0.1936	147	0.1629	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6871-1.7638	0.2087	144	0.1557	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7638-1.8568	0.175	148	0.1534	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8568-1.9731	0.1811	140	0.1514	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9731-2.1254	0.1615	142	0.1468	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1254-2.3391	0.1774	143	0.1512	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3391-2.6773	0.2015	149	0.1592	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6773-3.3719	0.1773	146	0.171	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3719-25.413	0.1721	154	0.1672	2639	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0738	-0.1188	-0.0144	0.1974	0.0728	0.1229	-0.0583	-0.0905	0.0167	0.0719	0.1144	-0.0563	0.1031	0.0296	0.0067	0.1217	-0.0044	-0.0119	0.1368	0.0119	0.1104	-12.502	24.3534	7.0546
2	0.0393	-0.0363	0.0199	0.0632	-0.0679	0.0739	0.1498	-0.2819	0.1929	0.2259	-0.0067	0.0524	0.0156	0.0584	-0	0.1316	-0.0046	-0.0095	0.1526	-0.022	0.1135	-15.0628	33.1078	11.2818
3	0.1034	-0.0984	0.0438	0.4086	0.086	0.0748	0.0034	-0.0748	-0.1695	0.0562	-0.0318	-0.1916	0.0839	0.1031	0.02	0.0828	-0.0064	-0.0088	0.1686	0.0108	0.1366	-7.0529	26.102	4.3956
4	0.1725	-0.1032	0.0153	0.0615	-0.0018	0.0896	0.0459	0.0883	0.0712	-0.1354	-0.1007	-0.1306	0.0866	0.1247	0.0071	0.1323	0.017	0.0455	0.1388	0.0113	0.1367	-6.4945	31.797	-11.9276
5	0.0157	0.009	-0.026	0.0218	0.0119	0.0684	0.0065	-0.1533	-0.0295	0.1339	-0.043	-0.1384	0.1483	0.1301	0.0009	0.1465	0.0101	0.0099	0.105	0.0093	0.1217	-12.0655	21.9592	1.0326
6	0.4141	-0.2935	0.0422	0.2194	-0.1445	0.5781	0.0585	0.041	0.0522	-0.0366	-0.0703	0.0098	0.007	-0.0079	-0.0074	0.1158	-0.0064	0.0139	0.087	-0.0098	0.0948	-14.2347	34.151	-6.4937
7	0.0732	-0.0612	0.0192	0.225	-0.1456	0.092	-0.0833	-0.0561	0.027	-0.0558	0.0967	-0.0298	-0.0499	-0.0657	0.0194	0.1044	0.0036	-0.0099	0.0939	-0.0184	0.0908	-20.0651	36.9167	3.5581
8	0.0065	0.0253	-0.0429	0.1828	-0.3315	0.6064	-0.1105	0.0081	0.0649	-0.1926	0.1484	0.1563	0.0919	-0.1521	-0.0118	0.1097	-0.041	-0.0608	0.1322	0.0431	0.1853	-30.9509	28.9261	-2.948
9	0.1581	0.0315	0.0881	0.1215	0.0373	0.0384	-0.1401	0.0572	0.0853	-0.2985	0.1517	0.2885	-0.0621	-0.039	0.0004	0.1673	-0.0216	-0.0369	0.1252	0.0209	0.1451	-27.0372	38.4006	-1.8361
10	0.0434	-0.0151	-0.0006	0.0326	0.043	0.0649	0.0813	0.0609	-0.1441	-0.0045	0.099	0.233	0.0588	-0.0429	0.0075	0.0908	-0.0004	-0.0086	0.1491	0.0662	0.1934	-34.0675	24.0782	4.2793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID -3 - 11)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 12 - 26)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 27 - 42)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 43 - 58)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 59 - 69)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 70 - 103)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 104 - 122)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 121 - 132)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 133 - 151)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 152 - 160)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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