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万見
- PDB-4jn6: Crystal Structure of the Aldolase-Dehydrogenase Complex from Myco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jn6
タイトルCrystal Structure of the Aldolase-Dehydrogenase Complex from Mycobacterium tuberculosis HRv37
要素
  • 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
  • Acetaldehyde dehydrogenase
キーワードLYASE/OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / TIM Barrel / Aldolase-Dehydrogenase / LYASE-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


propanal dehydrogenase (CoA-propanoylating) / 4-hydroxy-2-oxohexanoate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase activity / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / 2-isopropylmalate synthase activity / : / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / cell wall / L-leucine biosynthetic process ...propanal dehydrogenase (CoA-propanoylating) / 4-hydroxy-2-oxohexanoate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase activity / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / 2-isopropylmalate synthase activity / : / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / cell wall / L-leucine biosynthetic process / catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / NAD binding / manganese ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DmpG-like communication / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase, N-terminal catalytic TIM barrel domain / DmpG-like communication domain / Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase, C-terminal / Prokaryotic acetaldehyde dehydrogenase, dimerisation / : / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding ...DmpG-like communication / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase, N-terminal catalytic TIM barrel domain / DmpG-like communication domain / Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase, C-terminal / Prokaryotic acetaldehyde dehydrogenase, dimerisation / : / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXALATE ION / Propanal dehydrogenase (CoA-propanoylating) / 4-hydroxy-2-oxohexanoate aldolase / 4-hydroxy-2-oxohexanoate aldolase / Propanal dehydrogenase (CoA-propanoylating)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Carere, J. / McKenna, S.E. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Characterization of an Aldolase-Dehydrogenase Complex from the Cholesterol Degradation Pathway of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Carere, J. / McKenna, S.E. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.
履歴
登録2013年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
B: Acetaldehyde dehydrogenase
C: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
D: Acetaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9239
ポリマ－137,6144
非ポリマー3095
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10320 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area41900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.690, 142.690, 148.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-422-

HOH

21C-590-

HOH

31D-476-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / HOA / 4-hydroxy-2-keto-pentanoic acid aldolase / 4-hydroxy-2-oxopentanoate aldolase


分子量: 36487.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Co-expressed with HsaG on the same plasmid
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: HRv37 / 遺伝子: Rv3534c, MT3638 / プラスミド: pTIP-QC1-His / 発現宿主: Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株 (発現宿主): RHA1
参照: UniProt: P71867, UniProt: P9WMK5*PLUS, 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
#2: タンパク質 Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase [acetylating]


分子量: 32319.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Co-expressed with HsaF on the same plasmid
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: HRv37 / 遺伝子: mhpF, Rv3535c, MT3639 / プラスミド: pTIP-QC1-His / 発現宿主: Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株 (発現宿主): RHA1
参照: UniProt: P71866, UniProt: P9WQH3*PLUS, acetaldehyde dehydrogenase (acetylating)

-
非ポリマー , 4種, 358分子

#3: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% PEG 4000, 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris, 10% glycerol and 10 mM sodium oxalate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→45.9 Å / Num. all: 108006 / Num. obs: 105918 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDXデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model based on 1NVM

1nvm


解像度: 1.93→45.889 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic, TLS / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2064 5296 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.1757 108006 --
obs0.1757 105899 98.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→45.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9413 0 15 353 9781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99513025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1553473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.95190.40571690.35143220X-RAY DIFFRACTION95
1.9519-1.97480.34461730.33683282X-RAY DIFFRACTION95
1.9748-1.99890.32341710.32123257X-RAY DIFFRACTION96
1.9989-2.02420.33241710.30173238X-RAY DIFFRACTION96
2.0242-2.05090.28491730.28883288X-RAY DIFFRACTION96
2.0509-2.0790.29061730.26373293X-RAY DIFFRACTION97
2.079-2.10870.30381730.25453280X-RAY DIFFRACTION96
2.1087-2.14010.27261720.24483279X-RAY DIFFRACTION97
2.1401-2.17360.29691750.23453315X-RAY DIFFRACTION97
2.1736-2.20920.26441750.21323331X-RAY DIFFRACTION97
2.2092-2.24730.22861740.20343304X-RAY DIFFRACTION98
2.2473-2.28820.24041750.19733319X-RAY DIFFRACTION98
2.2882-2.33220.24731780.18833383X-RAY DIFFRACTION98
2.3322-2.37980.21241740.17833302X-RAY DIFFRACTION98
2.3798-2.43150.23611780.17483379X-RAY DIFFRACTION98
2.4315-2.48810.22631780.17893387X-RAY DIFFRACTION98
2.4881-2.55030.22881770.17793356X-RAY DIFFRACTION99
2.5503-2.61930.23541770.1733357X-RAY DIFFRACTION99
2.6193-2.69630.20991790.17153399X-RAY DIFFRACTION99
2.6963-2.78330.23351770.16943373X-RAY DIFFRACTION100
2.7833-2.88280.2251800.17633421X-RAY DIFFRACTION100
2.8828-2.99820.21541800.1683411X-RAY DIFFRACTION100
2.9982-3.13460.19551790.16723404X-RAY DIFFRACTION100
3.1346-3.29980.18921810.16713438X-RAY DIFFRACTION100
3.2998-3.50650.21651780.16053388X-RAY DIFFRACTION99
3.5065-3.77710.18461810.15053427X-RAY DIFFRACTION100
3.7771-4.1570.1661790.14683415X-RAY DIFFRACTION100
4.157-4.7580.15481800.13653410X-RAY DIFFRACTION100
4.758-5.99250.18451810.16283451X-RAY DIFFRACTION100
5.9925-45.90170.16741850.14673496X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6701-0.8372-0.39892.0283-0.09165.50880.2621-0.8302-0.14130.1612-0.040.1764-0.4557-0.5608-0.22231.15230.1329-0.40240.5943-0.08440.64121.714848.4753212.8593
23.6375-0.5122-0.94764.68770.71550.7430.0521-0.0656-1.0278-0.01060.0330.1881.19260.0440.0020.98540.0693-0.18140.3446-0.05980.71613.8933-57.7909154.8679
31.050.3210.3272.03610.85531.2085-0.2156-0.12880.16660.23440.1259-0.2793-0.38120.05890.08750.97450.1687-0.35080.3931-0.11220.57877.53435.9956191.3277
42.14610.8944-0.43582.9689-0.26493.6753-0.0460.1899-0.186-0.20190.08680.17710.33390.0544-0.03710.2490.063-0.05460.2106-0.0660.28442.3968-32.1706152.8724
50.8914-0.1450.20861.89150.1211.1157-0.1875-0.15780.02110.37040.11980.1151-0.2363-0.10740.0530.62280.2073-0.14510.3509-0.06670.4224-4.258911.7654186.3969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 3:124 OR RESID 280:298 ) )B3 - 124
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 3:124 OR RESID 280:298 ) )B280 - 298
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND ( RESID 3:124 OR RESID 280:298 ) )D3 - 124
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND ( RESID 3:124 OR RESID 280:298 ) )D280 - 298
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 125:279 )B125 - 279
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 125:279 )D125 - 279
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 4:341 )A4 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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