PDB-4jmb: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jmb

タイトル

Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 5,6,7,8-tetrahydrothieno[2,3-b]quinolin-4-amine

要素

Cytochrome c peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Model system / bulk solvent / ordered waters / docking / ligand binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Barelier, S. / Fischer, M.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Docking to a water-filled model binding site in Cytochrome c Peroxidase
著者: Barelier, S. / Boyce, S.E. / Fish, I. / Fischer, M. / Goodin, D.B. / Shoichet, B.K.

履歴

登録	2013年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jmb.cif.gz	86.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jmb.ent.gz	64.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jmb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jmb_validation.pdf.gz	814.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jmb_full_validation.pdf.gz	817.9 KB	表示
XML形式データ	4jmb_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	4jmb_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jmsC 4jmtC 4jmvC 4jn0C 1kxm 1kxn 4jm5 4jm6 4jm8 4jm9 4jma 4jmw 4jmz 4jpl 4jpt 4jpu 4jqj 4jqk 4jqm 4jqn C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jqm-d 3m28-d 1aee-d 3m2f-d 2rbv-d 1zby-d 1dj5-d 2rbt-d 4a71-d 1zbz-d 2rc2-d 2aqd-d 2rby-d 4xv8-d 2v2e-d 3m2g-d 2anz-d 1aa4-d 3m27-d 5ejx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome c peroxidase

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.820, 74.800, 50.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cytochrome c peroxidase 分子量: 32928.582 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 72-362, DELETIONS G192-A193 / 変異: P190G, W191G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: RM11-1a / 遺伝子: CCP1 CCP CPO YKR066C, SCRG_04081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3LRE1, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-1LW / 5,6,7,8-tetrahydrothieno[2,3-b]quinolin-4-amine / 5,6,7,8-テトラヒドロチエノ[2,3-b]キノリン-4-アミン分子量: 204.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂S
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.22 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Apo crystal grown in 500mM MES, pH 6.0. Soaked into 100mM ZINC00346401 in 500mM MES, pH 6.0, 25% MPD (30min), vapor diffusion, sitting drop, temperature 283K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月8日
放射	モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 100525 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6_289	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→29.19 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1756	5047	5.02 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.1665	100520	99.51 %
all	-	105567	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.144 Å² / k_sol: 0.384 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1975 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.9665 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.231 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2328	0	69	386	2783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2629
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	3591
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.925	967
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	479

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.24	167	0.227	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3148-1.3302	0.2213	168	0.2204	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3302-1.3465	0.2301	165	0.2038	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3465-1.3635	0.2351	166	0.2014	3152	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3635-1.3815	0.1922	166	0.2001	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3815-1.4004	0.1933	165	0.1946	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4004-1.4204	0.2282	167	0.1955	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4204-1.4416	0.1974	167	0.1932	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4416-1.4641	0.1736	167	0.1772	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4641-1.4881	0.1888	167	0.1785	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4881-1.5138	0.1857	165	0.1702	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5138-1.5413	0.1762	168	0.1669	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5413-1.5709	0.1807	168	0.1685	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5709-1.603	0.1688	166	0.1653	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.603-1.6379	0.1877	148	0.1589	3216	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6379-1.6759	0.1641	148	0.1631	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6759-1.7179	0.1467	177	0.1576	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7179-1.7643	0.1715	145	0.1609	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7643-1.8162	0.1655	181	0.1616	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8162-1.8748	0.171	182	0.1654	3152	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8748-1.9418	0.1837	179	0.1643	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9418-2.0195	0.1512	164	0.1589	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0195-2.1114	0.1551	167	0.155	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1114-2.2227	0.1741	185	0.1538	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2227-2.3619	0.1641	181	0.1553	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3619-2.5442	0.1754	182	0.1604	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5442-2.8	0.1497	175	0.1595	3215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.2048	0.1596	150	0.1605	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2048-4.036	0.1858	192	0.1461	3237	X-RAY DIFFRACTION	99
4.036-29.1969	0.1665	159	0.1632	3123	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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