[日本語] English
万見
- PDB-4jll: Crystal Structure of the evolved variant of the computationally d... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jll
タイトルCrystal Structure of the evolved variant of the computationally designed serine hydrolase, OSH55.4_H1 covalently bound with FP-alkyne, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR273
要素Evolved variant of computationally designed serine hydrolase OSH55.4_H1
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / OSH55.4_H1 / ser hydrolase
機能・相同性Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-SEF
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Kuzin, A. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Seetharaman, J. / Tong, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. ...Kuzin, A. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Seetharaman, J. / Tong, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Design of activated serine-containing catalytic triads with atomic-level accuracy.
著者: Rajagopalan, S. / Wang, C. / Yu, K. / Kuzin, A.P. / Richter, F. / Lew, S. / Miklos, A.E. / Matthews, M.L. / Seetharaman, J. / Su, M. / Hunt, J.F. / Cravatt, B.F. / Baker, D.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Evolved variant of computationally designed serine hydrolase OSH55.4_H1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,85011
ポリマ－17,8081
非ポリマー1,04210
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Evolved variant of computationally designed serine hydrolase OSH55.4_H1
ヘテロ分子

A: Evolved variant of computationally designed serine hydrolase OSH55.4_H1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,70022
ポリマ－35,6162
非ポリマー2,08320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.846, 66.977, 37.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-321-

HOH

詳細monomer,18.7 kD,91.8%

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Evolved variant of computationally designed serine hydrolase OSH55.4_H1


分子量: 17808.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic

-
非ポリマー , 6種, 208分子

#2: 化合物 ChemComp-SEF / ethyl (R)-{10-[(hept-6-yn-1-ylcarbamoyl)oxy]decyl}phosphonofluoridate


分子量: 405.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H37FNO4P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 4.2
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:RbCl 0.1M, Sodium Citrate 0.1M, PEG1000 40%, , microbatch under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→50 Å / Num. obs: 32937 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 10.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 43.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3V45

3v45


解像度: 1.36→33.488 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.161 1670 5.07 %random
Rwork0.145 ---
obs0.145 32931 90.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.48 Å2 / Biso mean: 16.414 Å2 / Biso min: 4.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→33.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 66 198 1458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0821789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.58524
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.358-1.3980.182620.1661428149049
1.398-1.4430.217850.1541824190964
1.443-1.4940.1541060.1462218232477
1.494-1.5540.1561450.1392683282893
1.554-1.6250.1391560.13628583014100
1.625-1.710.1521630.13928883051100
1.71-1.8170.1621370.1428743011100
1.817-1.9580.1641590.14228793038100
1.958-2.1550.1551610.13529013062100
2.155-2.4670.1691560.14528973053100
2.467-3.1070.1521610.14928983059100
3.107-33.4990.1661790.14929133092100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.22 Å / Origin y: 1.6786 Å / Origin z: -3.6913 Å
111213212223313233
T0.0493 Å20.003 Å2-0.0059 Å2-0.0767 Å2-0.0038 Å2--0.0695 Å2
L0.9948 °2-0.2243 °2-0.0945 °2-1.2663 °2-0.1076 °2--0.8209 °2
S0.0478 Å °0.0331 Å °0.0657 Å °-0.0586 Å °-0.0131 Å °0.111 Å °-0.0483 Å °-0.0638 Å °-0.0127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 162
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 202
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 207
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 492
5X-RAY DIFFRACTION1allU1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 208
7X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 210

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る