PDB-4jfy: Apo structure of phosphotyrosine (pYAb) scaffold

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jfy

タイトル

Apo structure of phosphotyrosine (pYAb) scaffold

要素

Fab heavy chain
Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Koerber, J.T. / Thomsen, N.D. / Hannigan, B.T. / Degrado, W.F. / Wells, J.A.

引用

ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2013
タイトル: Nature-inspired design of motif-specific antibody scaffolds.
著者: Koerber, J.T. / Thomsen, N.D. / Hannigan, B.T. / Degrado, W.F. / Wells, J.A.

履歴

登録	2013年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月26日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jfy.cif.gz	340.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jfy.ent.gz	282.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/4jfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/4jfy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jfxC 4jfzC 4jg0C 4jg1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eyq-d 5cd3-2 4r4b-4 1kfa-1 3idi-d 4hij-1 4kk5-3 3ejy-4 3mxv-d 3qg7-d 5i16-2 2v7n-2 4hih-2 2xzc-d 4r7d-2 5i16-1 6pyd-2 5ds8-1 7lka-1 4jpi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

97.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.260, 152.260, 83.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: 抗体	Fab light chain 分子量: 23303.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 PRO+
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 24947.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 PRO+
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 25% PEG1500, 0.1M MMT, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月31日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.63→131.861 Å / Num. all: 33310 / Num. obs: 33310 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.63-2.77	5.4	0.969	0.8	25294	4688	0.969	97.3
2.77-2.94	7.8	0.677	1.1	35564	4572	0.677	99.9
2.94-3.14	8.4	0.402	1.9	36011	4293	0.402	100
3.14-3.4	8.4	0.226	3.3	33755	4033	0.226	100
3.4-3.72	8.3	0.137	5.3	30949	3707	0.137	100
3.72-4.16	8.3	0.096	7.5	27932	3356	0.096	100
4.16-4.8	8.2	0.069	9.9	24549	2990	0.069	100
4.8-5.88	8.1	0.079	8.3	20486	2528	0.079	100
5.88-8.32	7.6	0.064	10.1	15159	1992	0.064	100
8.32-83.551	7.9	0.031	18.5	9098	1151	0.031	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ELVES		精密化
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.63→76.13 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.829 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2356	1719	5.17 %	RANDOM
R_work	0.1876	-	-	-
obs	0.1901	33257	99.47 %	-
all	-	33257	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.91 Å² / B_iso mean: 88.5244 Å² / B_iso min: 48.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→76.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6537	0	52	56	6645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6746
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.857	9141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1041
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.817	2451

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6301-2.7075	0.2942	133	0.2597	2488	2621	96
2.7075-2.7948	0.3106	133	0.2736	2590	2723	98
2.7948-2.8947	0.311	138	0.2551	2613	2751	100
2.8947-3.0106	0.3377	153	0.2447	2599	2752	100
3.0106-3.1477	0.2765	126	0.2355	2632	2758	100
3.1477-3.3136	0.2934	148	0.2208	2620	2768	100
3.3136-3.5212	0.2777	146	0.2006	2623	2769	100
3.5212-3.7931	0.231	139	0.1858	2659	2798	100
3.7931-4.1748	0.2251	164	0.1722	2615	2779	100
4.1748-4.7788	0.1955	148	0.1438	2645	2793	100
4.7788-6.0204	0.1844	148	0.1562	2678	2826	100
6.0204-76.1619	0.204	143	0.178	2776	2919	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2129	0.4705	-0.8865	0.3138	0.3713	1.6634	0.4184	-1.0849	-0.4743	0.0268	-0.3681	-0.0056	0.0896	0.1926	-0.0002	0.7485	-0.2382	0.0004	1.0699	0.0449	0.8199	35.2055	-47.0052	-1.2532
2	2.757	0.2659	-0.2295	1.1945	1.006	0.9344	0.0899	0.3849	0.6452	0.0643	-0.154	0.1436	-0.6482	-0.2904	0	1.0117	0.0554	0.0585	1.1849	0.1526	0.9205	54.6998	-19.0461	0.0666
3	2.6458	1.872	1.232	1.7368	0.1724	2.4789	0.5336	-1.1733	-0.6897	0.1988	-0.3832	-0.1728	0.6136	0.3712	-0	1.0761	-0.2594	-0.0495	1.3862	0.2692	1.0629	40.4942	-54.6913	12.6479
4	1.1009	-0.0409	-1.9792	2.8371	0.0415	3.4782	0.2908	0.2391	0.6193	-0.0529	-0.2045	0.0674	-0.3674	-1.0692	0.0001	0.9542	0.0287	0.0266	1.3798	-0.0194	0.9772	45.4601	-20.2864	20.6169
5	2.9244	1.2888	-0.0599	2.6115	0.4423	1.1101	0.0367	-0.0377	-0.1015	-0.005	0.0036	-0.1777	0.1288	0.3222	-0.0001	0.6405	0.0002	-0.0064	0.6396	0.0128	0.6261	63.6645	-39.5835	-27.4704
6	1.5231	-0.8249	-0.4154	5.5839	-0.4164	1.7129	0.1514	0.0144	0.0892	0.3287	-0.0684	0.6736	-0.3382	-0.2011	0.0001	0.7298	-0.0702	0.1231	0.649	-0.0565	0.8763	35.4264	-18.9508	-21.3608
7	1.0992	-1.0783	-0.2979	4.0762	-1.014	2.3228	0.1983	0.0897	-0.0248	-0.1976	-0.2932	-0.0044	0.0474	0.0613	0.0001	0.6612	0.0572	0.0148	0.6727	-0.049	0.6466	60.124	-43.5617	-42.3618
8	2.2587	-0.747	-1.7575	4.3713	0.0391	2.7895	0.0323	0.0879	0.1491	-0.6158	-0.1346	0.1134	-0.1785	-0.0874	-0	0.8785	-0.0256	-0.042	0.5738	-0.0205	0.7381	44.4294	-11.4214	-40.4612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 125:214 )	B	125 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1:124 )	B	1 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 109:211 )	A	109 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 1:108 )	A	1 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 125:216 )	H	125 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 1:124 )	H	1 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN L AND RESID 109:213 )	L	109 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 1:108 )	L	1 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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