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万見

- PDB-4j90: Square-shaped octameric structure of KtrA with ATP bound -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j90

タイトル

Square-shaped octameric structure of KtrA with ATP bound

要素

Ktr system potassium uptake protein A

キーワード

METAL TRANSPORT / Square-shaped octameric ring / RCK domain / potassium transport regulation / KtrB membrane protein / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.24 Å

データ登録者

Vieira-Pires, R.S. / Morais-Cabral, J.H.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: The structure of the KtrAB potassium transporter
著者: Vieira-Pires, R.S. / Szollosi, A. / Morais-Cabral, J.H.

履歴

登録	2013年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j90.cif.gz	186.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j90.ent.gz	152.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j7cC 4j91C 2hms 2hmt 2hmu 2hmv 2hmw C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s5c-1 6s2j-1 6s7r-1 6s5d-1 6s5n-2 6s5o-2 4j91-1 6u5p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (7)

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集合体

登録構造単位

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
203 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.838, 122.838, 84.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: A)

-
要素

#1: タンパク質	Ktr system potassium uptake protein A / K(+)-uptake protein KtrA 分子量: 24916.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ktrA, yuaA, BSU31090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O32080
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.37 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes pH7.5, 3% polyethylene glycol 6000, 2.5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月19日

放射

散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9334 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.097→86.86 Å / Num. all: 11441 / Num. obs: 11441 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.1-3.26	3.6	0.991	0.839	0.9	5849	1645	0.523	0.991	0.839	1.6	99.3
3.26-3.46	3.6	0.408	0.345	2.2	5611	1578	0.215	0.408	0.345	3.8	99.8
3.46-3.7	3.6	0.234	0.198	3.8	5257	1477	0.124	0.234	0.198	6.7	99.8
3.7-4	3.5	0.137	0.116	6.7	4906	1382	0.072	0.137	0.116	10.9	99.6
4-4.38	3.5	0.074	0.063	11.9	4572	1288	0.039	0.074	0.063	18	99.9
4.38-4.9	3.5	0.047	0.039	18.3	4003	1133	0.024	0.047	0.039	25.8	99.7
4.9-5.65	3.5	0.043	0.037	19.2	3641	1032	0.023	0.043	0.037	27.8	99.9
5.65-6.93	3.5	0.037	0.031	21.7	2985	857	0.019	0.037	0.031	31.5	99.5
6.93-9.79	3.5	0.025	0.022	26.4	2322	671	0.013	0.025	0.022	46.5	99.4
9.79-45.996	3.3	0.022	0.018	33	1242	378	0.012	0.022	0.018	55.1	97.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.24→86.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.2285 / WR_factor R_work: 0.177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8165 / SU B: 52.497 / SU ML: 0.407 / SU R Cruickshank DPI: 0.3937 / SU R_free: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	477	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1903	-	-	-
all	0.1927	10041	-	-
obs	0.1927	10041	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.19 Å² / B_iso mean: 109.867 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.24→86.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3412	0	62	3	3477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.138	1.984	4748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.042	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.819	25.455	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.882	15	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.285	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2547

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1675 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
MEDIUM THERMAL	5.92	2

LS精密化シェル

解像度: 3.24→3.324 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	33	-
R_work	0.325	702	-
all	-	735	-
obs	-	-	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9587	1.4344	2.1769	1.8994	-0.9865	4.2393	0.0803	0.8474	0.227	-0.5725	-0.2323	0.1567	0.0855	0.2049	0.152	0.3656	0.1966	-0.0047	0.2326	-0.0382	0.083	19.4781	-17.782	-23.7449
2	7.6175	2.0735	-0.7756	4.9185	5.9125	8.7485	-0.3577	0.225	0.1221	0.2036	-0.4949	0.7252	0.5321	-0.7275	0.8526	0.2463	0.0885	-0.0815	0.1591	-0.1541	0.2465	10.1481	-25.0924	-14.536
3	3.9196	1.1786	1.2582	3.2304	-0.8779	1.0012	0.2114	-0.0508	-0.0068	-0.3039	-0.0631	0.2333	0.1522	-0.0175	-0.1482	0.1777	0.0231	0.0519	0.1082	-0.0605	0.1232	22.3038	-24.0201	-6.9517
4	7.2672	1.8446	-0.5837	5.5414	0.0769	4.4484	-0.4967	-0.098	0.627	0.4827	0.262	-0.4683	0.6072	0.3871	0.2347	0.2087	0.142	-0.0316	0.1356	0.0571	0.2184	47.3835	-18.6248	0.5305
5	66.9194	-5.8034	-0.473	7.0237	6.4039	6.2171	-0.8351	-1.3827	-0.9141	-0.1673	0.5775	0.42	-0.1761	0.5853	0.2576	0.5291	0.3238	0.0312	0.4422	0.1042	0.3284	61.6045	-23.7665	2.351
6	1.7041	0.9207	0.8106	2.6451	2.5087	2.3967	-0.143	0.0757	0.1675	0.1874	0.4921	-0.4107	0.2218	0.5351	-0.3491	0.127	0.1929	0.0658	0.3493	0.1419	0.3707	54.621	-19.2516	-0.9268
7	1.533	-1.3047	0.1759	4.628	-1.439	2.8469	0.0045	-0.2618	0.2351	0.777	-0.2021	-0.094	-0.008	-0.5322	0.1975	0.2096	-0.1675	0.0433	0.3099	-0.1573	0.1197	24.2378	-7.5373	9.3837
8	3.7952	0.7054	2.8978	10.0254	-1.3713	2.5853	-0.0079	-0.2642	0.7092	0.5565	-0.637	-0.7746	-0.0399	-0.0866	0.645	0.2038	-0.0698	0.0257	0.3891	-0.2926	0.4695	31.0656	-1.3607	7.8052
9	3.7049	1.7799	2.2895	4.5517	-0.8013	5.3149	-0.0634	0.1081	0.4571	-0.1703	-0.3644	-0.563	-0.0765	-0.001	0.4278	0.0545	-0.0143	0.0962	0.1402	0.0346	0.3669	30.5079	0.7253	-4.2291
10	5.9684	-4.5853	1.7939	8.4463	-1.3034	1.4079	0.1683	0.573	-0.2205	-0.6341	-0.2273	-0.0232	0.3904	0.2178	0.059	0.4171	0.1663	0.1647	0.2093	0.0247	0.0922	39.2034	-27.049	-15.3706
11	17.8141	-9.9706	4.9722	56.8166	-3.5065	1.409	1.3814	-0.3558	-0.0533	-0.8367	-1.357	0.0785	0.4378	0.005	-0.0244	0.3688	0.3193	0.1243	0.6763	0.0401	0.1697	53.7496	-38.7557	-16.5708
12	2.9919	1.2801	-0.1784	5.3923	1.2292	3.4153	-0.1461	0.3945	-0.2731	0.0317	-0.1506	-0.57	0.6724	-0.0415	0.2967	0.4548	0.2412	0.19	0.278	0.0842	0.1535	46.3331	-34.8612	-13.7656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	138 - 166
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	167 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	174 - 222
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	6 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	67 - 79
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	80 - 126
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	127 - 165
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	166 - 173
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	174 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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